基因页:CCDC47
概括?
基因 | 57003 |
象征 | CCDC47 |
同义词 | GK001 | MSTP041 |
描述 | 包含47 |
参考 | HGNC:HGNC:24856|ENSEMBL:ENSG00000108588|HPRD:17041|Vega:Otthumg00000178933 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 17q23.3 |
Pascal P值 | 0.098 |
TADA P值 | 0.009 |
胎儿β | -0.901 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
支持 | COMPOSITESET |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
DNM:Fromer_2014 | 整个外显子组测序分析 | 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究,该研究使用基因组DNA报告了DNM。 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
DNM表
基因 | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CCDC47 | CHR17 | 61833664 | 一个 | G | NM_020198 | p.295l> p | 错过 | 精神分裂症 | DNM:Fromer_2014 |
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG14511089 | 17 | 61832212 | CCDC47 | 9.61E-5 | 0.32 | 0.027 | DMG:Wockner_2014 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS9294120 | CHR6 | 79308808 | CCDC47 | 57003 | 0.15 | 反式 | ||
RS17131942 | Chr10 | 4072207 | CCDC47 | 57003 | 0.14 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/CCDC47_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Bidus转移 | 214 | 134 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
哈马凋亡通过Trail Up | 584 | 356 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
lastowska神经母细胞瘤复制编号 | 181 | 108 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mohankumar TLX1靶向 | 414 | 287 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nuytten Nipp1靶向DN | 848 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mir192和Mir215的Georges目标 | 893 | 528 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mori浆细胞向上 | 51 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nikolsky乳腺癌17q21 Q25 Amplicon | 335 | 181 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
肯尼CTNNB1靶向DN | 52 | 34 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
宁慢性阻塞性肺疾病 | 157 | 105 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
彭雷帕霉素的反应 | 203 | 130 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
由Foxp3绑定的Marson未刺激 | 1229 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
肝癌DN中的阿塞维多甲基化 | 940 | 425 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
王肿瘤的侵入性 | 374 | 247 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
开罗肝母细胞瘤上课 | 605 | 377 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
棕熊UVC响应迟到 | 1137 | 655 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |