Gene Page:PSMD2

Summary？
基因 5708
象征 PSMD2
Synonyms p97 | rpn1 | s2 |陷阱2
Description 蛋白酶体26S亚基，非ATPase 2
参考erence MIM:606223|HGNC：HGNC：9559|Ensembl:ENSG00000175166|HPRD：05870|Vega：Otthumg00000156796
基因类型 蛋白质编码
Map location 3q27.1
Pascal p-value 0.105
Sherlock p-value 0.003
TADA p-value 0.014
胎儿β -0.404
主持人 Cerebellar Hemisphere
伏隔核基底神经节
Myers' cis & trans
Support G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2Cdb.humanPSD
G2Cdb.humanPSP
CompositeSet
一个scano FMRP targets

Gene in Data Sources
基因集名称 Method of gene set Description 信息
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DNM:Fromer_2014 Whole Exome Sequencing analysis 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究，该研究使用基因组DNA报告了DNM。
Network Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network PPI网络中最短路径的贡献：0.0069

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@DNM表

Gene 染色体 位置 参考 alt 成绩单 一个一个change Mutation type 筛 CG46 特征 学习
PSMD2 CHR3 184025295 一个 G NM_002808 p.729M>V missense Schizophrenia DNM:Fromer_2014

@eQTL annotation

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID pvalue QVALUE TSS距离 EQTL类型
rs17432613 CHR1 18346091 PSMD2 5708 0.19 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

Footnote:
一个total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation 斯皮尔曼的相关性
FGD1 0.91 0.92
SARM1 0.89 0.91
GLT25D1 0.89 0.91
DTX4 0.89 0.92
asxl1 0.89 0.90
UBAP2 0.89 0.89
CCDC120 0.89 0.90
frmd4a 0.88 0.87
GPR173 0.88 0.90
ZMYM3 0.88 0.88
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation 斯皮尔曼的相关性
AF347015.31 -0.74 -0.87
AF347015.27 -0.73 -0.86
S100B -0.73 -0.83
MT-CO2 -0.73 -0.87
AIFM3 -0.72 -0.75
AF347015.33 -0.72 -0.85
TSC22D4 -0.71 -0.77
HEPN1 -0.71 -0.75
mt-cyb -0.71 -0.85
C5orf53 -0.70 -0.74

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005488 binding IEA -
去：0005515 蛋白质结合 IPI 11278995
GO:0030234 酶调节剂活性 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0042176 调节蛋白质分解代谢过程 IEA -
GO:0031145 后期促进复合依赖性蛋白酶体依赖性蛋白质分解代谢过程 经验 11285280
GO：0051436 在有丝分裂细胞周期期间泛素 - 蛋白连接酶活性的负调控 经验 15029244
GO：0051437 positive regulation of ubiquitin-protein ligase activity during mitotic cell cycle 经验 12791267
Cellular component 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO：0000502 proteasome complex TAS 8811196
GO:0005829 细胞质 IEA -
GO:0005838 蛋白酶体调节粒子 TAS 8774743

Section IV. Protein-protein interaction annotation

互动者 别名b 官方全名b 实验 Source PubMed ID
C1orf103 FLJ11269 | RIF1 | RP11-96K19.1 染色体1开放阅读框103 Two-hybrid Biogrid 16169070
MCC DKFZp762O1615 | FLJ38893 | FLJ46755 | MCC1 结直肠癌突变 一个ffinity Capture-MS Biogrid 17353931
NEK6 SID6-1512 NIMA（从不在有丝分裂基因A）相关激酶6 一个ffinity Capture-MS Biogrid 17353931
PAAF1 FLJ11848 |PAAF |RPN14 |WDR71 proteasomal ATPase-associated factor 1 一个ffinity Capture-MS Biogrid 17353931
PSMC1 MGC24583 | MGC8541 | P26S4 | S4 | p56 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 1 - HPRD,BioGRID 10625621
PSMC2 MGC3004 | MSS1 | Nbla10058 | S7 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 2 - HPRD,BioGRID 10625621
PSMC4 MGC13687 |MGC23214 |MGC8570 |MIP224 |S6 |TBP7 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 4 一个ffinity Capture-MS Biogrid 17353931
PSMD10 dJ889N15.2 | p28 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 10 一个ffinity Capture-MS Biogrid 17353931
PSMD13 HSPC027 |rpn9 |S11 |P40.5 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 13 一个ffinity Capture-MS Biogrid 17353931
PSMD5 KIAA0072 |MGC23145 |S5B 蛋白酶体（Prosome，大蛋白）26S亚基，非ATPase，5 - HPRD,BioGRID 10625621
PSMD6 KIAA0107 | Rpn7 | S10 | SGA-113M | p44S10 蛋白酶体（Prosome，大蛋白）26S亚基，非ATPase，6 一个ffinity Capture-MS Biogrid 17353931
PTN HARP | HBGF8 | HBNF | NEGF1 pleiotiotirophin Two-hybrid Biogrid 16169070
tnfrsf1a CD120A |FPF |MGC19588 |TBP1 |TNF-R |tnf-r-i |TNF-R55 |tnfar |TNFR1 |TNFR55 | TNFR60 | p55 | p55-R | p60 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 1A - HPRD,BioGRID 7601280|9126987
UBE3C KIAA0010 | KIAA10 ubiquitin protein ligase E3C - HPRD,BioGRID 12692129
UBLCP1 CPUB1 | FLJ25267 | MGC10067 含有CTD磷酸酶1的泛素样结构域 Two-hybrid Biogrid 16189514
UNC119 HRG4 unc-119 homolog (C. elegans) Two-hybrid Biogrid 16169070
WDR8 FLJ20430 | MGC99569 WD repeat domain 8 一个ffinity Capture-MS Biogrid 17353931
ZBTB16 PLZF | ZNF145 zinc finger and BTB domain containing 16 Two-hybrid Biogrid 16169070


Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
kegg蛋白酶体 48 28 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME SIGNALING BY WNT 65 41 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
可溶性外源抗原内体的反应组交叉表现 48 29 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome抗原加工交叉呈现 76 48 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME ER PHAGOSOME PATHWAY 61 40 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组细胞周期 421 253 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome ORC1从染色质中去除 67 37 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
B细胞受体BCR的Reactome下游信号传导事件 97 66 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
B细胞中NF Kappab的反应组激活 64 43 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME SIGNALING BY THE B CELL RECEPTOR BCR 126 90 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME P53 INDEPENDENT G1 S DNA DAMAGE CHECKPOINT 51 31 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组CDK介导的磷酸化和CDC6的去除 48 27 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
氨基酸和衍生物的反应组代谢 200 136 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
鸟氨酸脱羧酶ODC的反应组调节 49 33 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME REGULATION OF APOPTOSIS 58 34 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组细胞周期MITOTIC 325 185 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome细胞周期检查点 124 70 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME CYCLIN E ASSOCIATED EVENTS DURING G1 S TRANSITION 65 40 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome P53依赖G1 DNA损伤响应 57 35 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome M G1过渡 81 45 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME G1 S TRANSITION 112 63 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME CDT1 ASSOCIATION WITH THE CDC6 ORC ORIGIN COMPLEX 56 31 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME SYNTHESIS OF DNA 92 53 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME AUTODEGRADATION OF THE E3 UBIQUITIN LIGASE COP1 51 30 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
mRNA的反应组代谢 284 128 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
READEM RNA的代谢 330 155 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome有丝分裂G1 G1 S相 137 79 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME REGULATION OF MITOTIC CELL CYCLE 85 46 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome有丝分裂M M G1相 172 98 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
复制前复合物的反应组装 65 36 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME REGULATION OF MRNA STABILITY BY PROTEINS THAT BIND AU RICH ELEMENTS 84 50 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
AUF1 HNRNP D0对mRNA的反应组不稳定 53 31 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome DNA复制 192 110 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME APOPTOSIS 148 94 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome HIV感染 207 122 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME HOST INTERACTIONS OF HIV FACTORS 132 81 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome APC C CDH1介导的CDC20和其他APC C CDH1靶向蛋白质的降解早期G1早期 72 38 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME APC C CDC20 MEDIATED DEGRADATION OF MITOTIC PROTEINS 73 40 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME AUTODEGRADATION OF CDH1 BY CDH1 APC C 64 34 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome SCF Beta TRCP介导的EMI1降解 51 32 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME IMMUNE SYSTEM 933 616 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome适应性免疫系统 539 350 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome I类MHC介导的抗原加工表现 251 156 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME ANTIGEN PROCESSING UBIQUITINATION PROTEASOME DEGRADATION 212 129 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME S PHASE 109 66 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome SCFSKP2介导的P27 P21降解 56 34 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome VIF介导的apobec3g降解 52 30 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
WINTER HYPOXIA UP 92 57 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
中村肿瘤区周围与中央 285 181 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
迪亚兹慢性巨态性白血病 1382 904 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
BORCZUK MALIGNANT MESOTHELIOMA UP 305 185 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Basaki YBX1靶向 290 177 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 24HR UP 557 331 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
纳德里乳腺癌预后 50 26 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
tomida转移 26 13 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
DARWICHE PAPILLOMA RISK HIGH VS LOW DN 32 21 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
带有E盒的WEI MYCN目标 795 478 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Schaeffer前列腺开发6小时DN 514 330 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
他靶向DN 7 6 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
BASSO B LYMPHOCYTE NETWORK 143 96 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
PENG LEUCINE DEPRIVATION DN 187 122 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
VANTVEER BREAST CANCER METASTASIS DN 121 65 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
BYSTRYKH HEMATOPOIESIS STEM CELL QTL TRANS 882 572 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Rhodes未分化的癌症 69 44 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Zhu CMV全部 120 89 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Zhu CMV 24小时 93 65 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
PELLICCIOTTA HDAC IN ANTIGEN PRESENTATION UP 64 40 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
一个CEVEDO LIVER CANCER UP 973 570 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
阿塞维多肝肿瘤与正常的相邻组织向上 863 514 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Mitsiades对aplidin DN的反应 249 165 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
ITO PTTG1 TARGETS DN 9 7 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Chung水泡细胞毒性 134 84 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Chang Core血清反应 212 128 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Hsiao家政基因 389 245 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Hoshida肝癌亚类S1 237 159 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Kim所有疾病少突胶质细胞编号corr up 756 494 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
KIM BIPOLAR DISORDER OLIGODENDROCYTE DENSITY CORR UP 682 440 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
FIGUEROA AML METHYLATION CLUSTER 6 DN 38 19 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 Target position miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-495 112 118 1 HSA-MIR-495brain Aaacaaacauggugcacuuuuu