Gene Page:PSMD9

概括?
基因 5715
象征 PSMD9
Synonyms Rpn4|p27
Description proteasome 26S subunit, non-ATPase 9
Reference MIM：603146|HGNC:HGNC:9567|Ensembl:ENSG00000110801|HPRD:04394|Vega:OTTHUMG00000168945
Gene type protein-coding
Map location 12Q24.31-Q24.32
Pascal p-value 0.09
Fetal beta 0.105
DMG 1 (# studies)

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 2
PMID:cooccur High-throughput literature-search 系统的搜索in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Literature High-throughput literature-search Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
cg00243897 12 122326549 PSMD9 1.82E-5 -0.384 0.016 DMG:Wockner_2014
cg05989984 12 122355599 PSMD9;WDR66 2.45e-5 0.472 0.017 DMG:Wockner_2014


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
LONP2 0.91 0.90
MTMR15 0.90 0.87
NBR1 0.89 0.90
TRAPPC10 0.89 0.89
TEX2 0.88 0.88
C6orf89 0.88 0.88
ITCH 0.88 0.92
SRP68 0.88 0.87
WAC 0.88 0.84
BCL2L13 0.88 0.86
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.21 -0.72 -0.60
IL32 -0.67 -0.63
C1orf54 -0.66 -0.61
VAMP5 -0.62 -0.52
C1orf61 -0.62 -0.59
IFI27 -0.61 -0.54
HIGD1B -0.61 -0.53
GNG11 -0.61 -0.51
MT-CO2 -0.60 -0.53
AF347015.31 -0.60 -0.53

V.途径注释

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
Wnt的Reactome信号传导 65 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CROSS PRESENTATION OF SOLUBLE EXOGENOUS ANTIGENS ENDOSOMES 48 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ANTIGEN PROCESSING CROSS PRESENTATION 76 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome ER吞噬体途径 61 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL CYCLE 421 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ORC1 REMOVAL FROM CHROMATIN 67 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME DOWNSTREAM SIGNALING EVENTS OF B CELL RECEPTOR BCR 97 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ACTIVATION OF NF KAPPAB IN B CELLS 64 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SIGNALING BY THE B CELL RECEPTOR BCR 126 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME P53 INDEPENDENT G1 S DNA DAMAGE CHECKPOINT 51 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CDK MEDIATED PHOSPHORYLATION AND REMOVAL OF CDC6 48 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF AMINO ACIDS AND DERIVATIVES 200 136 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME REGULATION OF ORNITHINE DECARBOXYLASE ODC 49 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME REGULATION OF APOPTOSIS 58 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL CYCLE MITOTIC 325 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL CYCLE CHECKPOINTS 124 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CYCLIN E ASSOCIATED EVENTS DURING G1 S TRANSITION 65 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME P53 DEPENDENT G1 DNA DAMAGE RESPONSE 57 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME M G1 TRANSITION 81 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G1 S TRANSITION 112 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CDT1 ASSOCIATION WITH THE CDC6 ORC ORIGIN COMPLEX 56 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DNA的反应组合成 92 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AUTODEGRADATION OF THE E3 UBIQUITIN LIGASE COP1 51 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF MRNA 284 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF RNA 330 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MITOTIC G1 G1 S PHASES 137 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME REGULATION OF MITOTIC CELL CYCLE 85 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MITOTIC M M G1 PHASES 172 98 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ASSEMBLY OF THE PRE REPLICATIVE COMPLEX 65 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME REGULATION OF MRNA STABILITY BY PROTEINS THAT BIND AU RICH ELEMENTS 84 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME DESTABILIZATION OF MRNA BY AUF1 HNRNP D0 53 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME DNA REPLICATION 192 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组凋亡 148 94 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HIV INFECTION 207 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HOST INTERACTIONS OF HIV FACTORS 132 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME APC C CDH1 MEDIATED DEGRADATION OF CDC20 AND OTHER APC C CDH1 TARGETED PROTEINS IN LATE MITOSIS EARLY G1 72 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME APC C CDC20 MEDIATED DEGRADATION OF MITOTIC PROTEINS 73 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AUTODEGRADATION OF CDH1 BY CDH1 APC C 64 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SCF BETA TRCP MEDIATED DEGRADATION OF EMI1 51 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME IMMUNE SYSTEM 933 616 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME适应性免疫系统 539 350 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CLASS I MHC MEDIATED ANTIGEN PROCESSING PRESENTATION 251 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ANTIGEN PROCESSING UBIQUITINATION PROTEASOME DEGRADATION 212 129 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME S PHASE 109 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SCFSKP2 MEDIATED DEGRADATION OF P27 P21 56 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME VIF MEDIATED DEGRADATION OF APOBEC3G 52 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRABARCZYK BCL11B TARGETS DN 57 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE UP 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Nanog目标 988 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMITH TERT TARGETS UP 145 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER PBL KIDNEY TRANSPLANT OK VS DONOR UP 151 100 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KUMAR TARGETS OF MLL AF9 FUSION 405 264 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REN ALVEOLAR RHABDOMYOSARCOMA DN 408 274 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAAB FAILED HEART ATRIUM DN 141 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PELLICCIOTTA HDAC IN ANTIGEN PRESENTATION UP 64 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WINTER HYPOXIA METAGENE 242 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由PML Rara Fusion绑定的Martens 456 287 该途径中的所有SZGR 2.0基因