基因页面:VANGL2

总结吗?
GeneID 57216年
象征 VANGL2
同义词 LPP1 | LTAP | STB1 | STBM | STBM1
描述 VANGL平面细胞极性蛋白2
参考 MIM: 600533|HGNC: HGNC: 15511|运用:ENSG00000162738|HPRD: 02758|织女:OTTHUMG00000033122
基因型 蛋白质编码
地图上的位置 1 q23.2
夏洛克假定值 0.059
胎儿β 1.999
DMG 1(#研究)
eGene 小脑半球
小脑
迈尔斯的顺式和反式
元

基因数据来源
基因集名称 基因的方法设置 描述 信息
简历:PGCnp 全基因组关联研究 GWAS
DMG: Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 这个数据集包括4641个不同甲基化探针对应2929个独特的基因之间的精神分裂症患者(n = 24)和控制(n = 24)。 2
GSMA_I 基因组扫描分析 Psr: 0.0235
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析(所有样品) Psr: 0.00814
GO_Annotation neuro-related关键字映射到基因本体论注释 支安打与neuro-related关键词:1

部分即遗传学和表观遗传学注释

@不同甲基化基因

探针 染色体 位置 最近的基因 P (dis) β(dis) 罗斯福(dis) 研究
cg13428480 1 160370208 VANGL2 4.03 e-5 -0.433 0.02 DMG: Wockner_2014
cg11659961 1 160369972 VANGL2 4.32的军医 -0.632 0.045 DMG: Wockner_2014

@eQTL注释

SNP ID 染色体 位置 eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS距离 eQTL类型
rs16829545 chr2 151977407 VANGL2 57216年 0.01 反式
rs16955618 chr15 29937543 VANGL2 57216年 0.04 反式

第二部分。转录组注释

通用基因表达(GTEx)

不可用

基因表达在发展脉络(BrainCloud)

补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。

基因表达的时空变化(BrainSpan)

补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。

没有大脑中的基因区域


第三部分。基因本体论注释

分子功能 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0005515 蛋白结合 国际空间站 - - - - - -
生物过程 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0035058 感觉纤毛生源论 国际空间站 神经元(词级:10) - - - - - -
去:0001736 建立平面极性 国际空间站 - - - - - -
去:0001843 神经管闭合 国际空间站 - - - - - -
去:0001947 心脏循环 国际空间站 - - - - - -
去:0007275 多细胞有机体的发展 国际能源机构 - - - - - -
去:0045176 顶端的蛋白质定位 国际空间站 - - - - - -
蜂窝组件 去的术语 证据 神经的关键词 PubMed ID
去:0016020 膜 国际能源机构 - - - - - -
去:0016021 不可或缺的膜 国际空间站 - - - - - -

部分诉通路注释

路径名称 通道尺寸 # SZGR 2.0基因通路 信息
KEGG WNT信号通路 151年 112年 所有SZGR 2.0基因通路
刘前列腺癌DN 481年 290年 所有SZGR 2.0基因通路
森古普塔鼻咽癌起来 294年 178年 所有SZGR 2.0基因通路
DN SENESE HDAC3目标 536年 332年 所有SZGR 2.0基因通路
多德鼻咽癌DN 1375年 806年 所有SZGR 2.0基因通路
由阿霉素DN GRAESSMANN细胞凋亡 1781年 1082年 所有SZGR 2.0基因通路
GRAESSMANN MC和阿霉素DN 770年 415年 所有SZGR 2.0基因通路
通过ELK3 DN严重缺氧 156年 106年 所有SZGR 2.0基因通路
GUENTHER增长球形VS附着 21 15 所有SZGR 2.0基因通路
SCHAEFFER前列腺癌发展6小时DN 514年 330年 所有SZGR 2.0基因通路
ROZANOV MMP14目标了 266年 171年 所有SZGR 2.0基因通路
《图片报》极品致癌签名 261年 166年 所有SZGR 2.0基因通路
马顿斯维甲酸反应了 857年 456年 所有SZGR 2.0基因通路
由1日EGF ZWANG瞬变脉冲 1839年 928年 所有SZGR 2.0基因通路

部分VI. microRNA注释

microrna的家庭 目标位置 microrna的ID microrna的seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
let-7/98 2590年 2596年 m8 hsa-let-7a大脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
hsa-let-7b大脑 UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
hsa-let-7c大脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU
hsa-let-7d大脑 AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGU
hsa-let-7e大脑 UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU
hsa-let-7f大脑 UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU
hsa - mir - 98大脑 UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU
hsa-let-7g深圳 UGAGGUAGUAGUUUGUACAGU
hsa-let-7i大脑 UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU
hsa-let-7a大脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
hsa-let-7b大脑 UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
hsa-let-7c大脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU
hsa-let-7d大脑 AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGU
hsa-let-7e大脑 UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU
hsa-let-7f大脑 UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU
hsa - mir - 98大脑 UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU
hsa-let-7g深圳 UGAGGUAGUAGUUUGUACAGU
hsa-let-7i大脑 UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU
miR-125/351 1080年 1086年 m8 hsa - mir - 125 b大脑 UCCCUGAGACCCUAACUUGUGA
hsa - mir - 125 a大脑 UCCCUGAGACCCUUUAACCUGUG
mir - 128 2041年 2048年 1、m8 hsa - mir - 128 a UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
hsa - mir - 128 b UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
mir - 216 3032年 3038年 m8 hsa - mir - 216 UAAUCUCAGCUGGCAACUGUG
miR-26 118年 125年 1、m8 hsa-miR-26a大脑 UUCAAGUAAUCCAGGAUAGGC
hsa-miR-26b深圳 UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU
miR-27 2042年 2048年 m8 hsa-miR-27a大脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b大脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC
mir - 378 2225年 2231年 m8 hsa - mir - 378 CUCCUGACUCCAGGUCCUGUGU
mir - 410 3264年 3270年 1 hsa - mir - 410 AAUAUAACACAGAUGGCCUGU
mir - 493 - 5 - p 3250年 3256年 1 hsa - mir - 493 - 5 - p UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU
mir - 496 3145年 3151年 1 hsa - mir - 496 AUUACAUGGCCAAUCUC
mir - 504 1107年 1113年 m8 hsa - mir - 504 AGACCCUGGUCUGCACUCUAU