基因页：PTBP1

Summary？
基因 5725
象征 PTBP1
同义词 hnrnp-i | hnrnpi | hnrpi | ptb | ptb-1 | ptb-t | ptb2 | ptb3 | ptb4 | ptb4 | pptb
Description 息肉嘧啶道结合蛋白1
Reference MIM：600693|HGNC：HGNC：9583|Ensembl：ENSG00000011304|HPRD:02823|Vega：Otthumg00000181789
基因类型 蛋白质编码
地图位置 19p13.3
Pascal P值 0.276
Sherlock p-value 0.002
胎儿β 0.945
DMG 2（＃研究）
主持人 Myers' cis & trans

基因in Data Sources
基因集名称 基因组方法 Description 信息
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：Vaneijk_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 6
DMG：Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 6
表达 Meta-analysis of gene expression p价值：1.41

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p（dis） β(dis) fdr（dis） 学习
CG17357561 19 807322 PTBP1 3.767E-4 0.458 0.043 DMG：Wockner_2014
cg07073964 19 698371 PTBP1 5.303E-4 2.907 DMG：Vaneijk_2014
CG17823175 19 828170 PTBP1 1.157E-4 2.471 DMG：Vaneijk_2014
cg07239938 19 852813 PTBP1 4.209E-4 2.06 DMG：Vaneijk_2014
CG09134726 19 841082 PTBP1 4.309E-4 2.012 DMG：Vaneijk_2014
CG18084554 19 929046 PTBP1 1.745E-4 1.976 DMG：Vaneijk_2014

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS4436485 Chr10 103245360 PTBP1 5725 0.19 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
hnrnph3 0.93 0.92
HNRNPA1P2 0.92 0.84
HDAC2 0.92 0.84
Anp32a 0.90 0.87
SUMO2 0.90 0.84
Smarce1 0.90 0.88
hnrnph1 0.89 0.86
CBX3 0.89 0.81
haus1 0.89 0.76
放 0.89 0.84
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
TNFSF12 -0.62 -0.68
pth1r -0.61 -0.75
HLA-F -0.61 -0.73
aldoc -0.60 -0.71
C5orf53 -0.60 -0.70
LDHD -0.59 -0.70
AIFM3 -0.59 -0.71
FBXO2 -0.59 -0.66
TSC22D4 -0.59 -0.73
CA4 -0.58 -0.76

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0000166 nucleotide binding IEA -
去：0003676 核酸结合 IEA -
去：0003723 RNA结合 IEA -
去：0005515 蛋白质结合 IEA -
去：0005515 蛋白质结合 IPI 10653975|16373488|16713569
去：0008187 多吡艾胺氨酸道的结合 TAS 1906036
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0000398 核mRNA剪接，通过剪接体 经验 12226669
去：0006397 mRNA处理 IEA -
去：0008380 RNA剪接 TAS 1906036
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005634 nucleus IEA -
去：0005654 核质 TAS 1641332
去：0005730 核仁 TAS 1641332
去：0030530 异质核核糖核蛋白复合物 TAS 1641332

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
含有前mRNA的封顶内含子的反应组处理 140 77 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome mRNA处理 161 86 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome mRNA剪接 111 58 All SZGR 2.0 genes in this pathway
家长mtor信号向上 567 375 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Liu Sox4靶向DN 309 191 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Pramoonjago Sox4靶向DN 51 35 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Puiffe入侵被腹水抑制 82 51 All SZGR 2.0 genes in this pathway
迪亚兹慢性巨态性白血病 1382 904 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GINESTIER BREAST CANCER ZNF217 AMPLIFIED DN 335 193 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GINESTIER BREAST CANCER 20Q13 AMPLIFICATION DN 180 101 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Odonnell TFRC靶向 456 228 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Senese HDAC1靶向 457 269 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS UP 238 144 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Senese HDAC2靶向 114 66 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION UP 1278 748 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Wood EBV EBNA1靶向 110 71 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PUJANA BRCA1 PCC网络 1652 1023 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nuytten Nipp1靶向DN 848 527 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NUYTTEN EZH2 TARGETS DN 1024 594 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Peng Leucine剥夺DN 187 122 All SZGR 2.0 genes in this pathway
宁慢性阻塞性肺疾病 157 105 All SZGR 2.0 genes in this pathway
彭雷帕霉素反应dn 245 154 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Schlingemann皮肤致癌作用TPA 42 24 All SZGR 2.0 genes in this pathway
江VHL目标 138 91 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病 1691 1088 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CREIGHTON ENDOCRINE THERAPY RESISTANCE 1 528 324 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Rizki肿瘤侵入性3D DN 270 181 All SZGR 2.0 genes in this pathway
级结肠癌 871 505 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mellman Tut1靶向 19 11 All SZGR 2.0 genes in this pathway
JIANG HYPOXIA VIA VHL 34 24 All SZGR 2.0 genes in this pathway
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D 882 506 All SZGR 2.0 genes in this pathway
洛佩兹通过FN1信号传导翻译 35 21 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-1/206 45 51 1a HSA-MIR-1 UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUA
hsa-miR-206SZ Uggaauguaaggaagugugugg
HSA-MIR-613 aggaauguucuuugcc
mir-124.1 330 337 1A，M8 HSA-MIR-124A UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
mir-124/506 329 336 1A，M8 HSA-MIR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124brain UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-133 1031 1037 1a HSA-MIR-133A uugguccccuucaaccagcugu
HSA-MIR-133B uguguccccuucaaccagcua
miR-153 687 693 1a HSA-MIR-153 UUGCAUAGUCACAAAAGUGA
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 61 67 1a HSA-MIR-17-5P caaagugcuuacugcagguagu
hsa-miR-20abrain UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU
hsa-miR-20bSZ caaagugcuugugcagguag
HSA-MIR-519D caaagugccucccuuuagugugu
miR-200bc/429 1292 1298 M8 hsa-miR-200b uaauacugccugguaaugaugac
hsa-miR-200c UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGG
hsa-miR-429 UAAUACUGUCUGGUAAAACCGU
mir-326 94 100 1a hsa-miR-326 CCUCUGGGCCCUUCCUCCAG
mir-448 686 693 1A，M8 hsa-miR-448 UUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAU
mir-9 1033 1039 M8 HSA-MIR-9SZ ucuuuguuaucuagcuguauga