基因页面:PTPN4
总结吗?
| GeneID | 5775年 |
| 象征 | PTPN4 |
| 同义词 | 梅格| PTPMEG | PTPMEG1 |
| 描述 | 蛋白质酪氨酸磷酸酶,non-receptor类型4 |
| 参考 | MIM: 176878|HGNC: HGNC: 9656|运用:ENSG00000088179|HPRD: 01471|织女:OTTHUMG00000131436 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 2 q14.2 |
| 帕斯卡假定值 | 0.571 |
| 夏洛克假定值 | 0.026 |
| 胎儿β | -0.834 |
| eGene | 小脑 迈尔斯的顺式和反式 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| GSMA_I | 基因组扫描分析 | Psr: 0.023 | |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | Psr: 0.00755 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
eQTL注释
eQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs4366501 | chr11 | 133380324 | PTPN4 | 5775年 | 0.05 | 反式 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
没有大脑中的基因区域
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0004726 | non-membrane生成蛋白质酪氨酸磷酸酶活性 | 助教 | 1648233 | |
| 去:0016787 | 水解酶活性 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005198 | 结构分子活动 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0008092 | 细胞骨架蛋白绑定 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0006470 | 蛋白质氨基酸脱磷酸作用 | 助教 | 1648233 | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0005856 | 细胞骨架 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005737 | 细胞质 | 助教 | 1648233 | |
| 去:0005886 | 等离子体膜 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0019898 | 外在膜 | 国际能源机构 | - - - - - - |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| HORIUCHI WTAP目标了 | 306年 | 188年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MULLIGHAN NPM1突变签名1 | 276年 | 165年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MULLIGHAN NPM1签名3 | 341年 | 197年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 罗德里格斯甲状腺未分化癌DN | 537年 | 339年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| SILIGAN受EWS FLT1融合 | 47 | 34 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 通过ERCC3 DN滑落紫外线反应 | 855年 | 609年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 八木AML外事局标记 | 191年 | 131年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 西方肾上腺皮质肿瘤DN | 546年 | 362年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布卢姆应对SALIRASIB DN | 342年 | 220年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 乳头状甲状腺癌方丹DN | 80年 | 53 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir - 128 | 52 | 58 | m8 | hsa - mir - 128 a | UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU |
| hsa - mir - 128 b | UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC | ||||
| mir - 142 - 5 - p | 143年 | 149年 | m8 | hsa - mir - 142 - 5 - p | CAUAAAGUAGAAAGCACUAC |
| mir - 143 | 329年 | 335年 | m8 | hsa - mir - 143大脑 | UGAGAUGAAGCACUGUAGCUCA |
| miR-17-5p / 20/93.mr / 106/519.d | 141年 | 148年 | 1、m8 | hsa-miR-17-5p | CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU |
| hsa-miR-20a大脑 | UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 106 a | AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC | ||||
| hsa - mir - 106 b深圳 | UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU | ||||
| hsa-miR-20b深圳 | CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 519 d | CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU | ||||
| mir - 183 | 56 | 63年 | 1、m8 | hsa - mir - 183 | UAUGGCACUGGUAGAAUUCACUG |
| mir - 330 | 208年 | 214年 | m8 | hsa - mir - 330大脑 | GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGA |