基因页：PTPR
概括？
| 基因 | 5802 |
| 象征 | PTPR |
| 同义词 | ptpsigma |
| 描述 | 蛋白酪氨酸磷酸酶，受体型S型 |
| 参考 | MIM：601576|HGNC：HGNC：9681|ENSEMBL：ENSG00000105426|HPRD：03344|Vega：Otthumg00000180325 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 19p13.3 |
| Pascal P值 | 0.174 |
| 胎儿β | 0.332 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 支持 | 酪氨酸激酶信号传导 G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSESUS G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSUS g2cdb.humanpsd G2CDB.HUMANPSP COMPOSITESET Darnell FMRP目标 Ascano FMRP目标 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV：GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 1 |
| 网络 | 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 | PPI网络中最短路径的贡献：0.2273 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG09282805 | 19 | 5340122 | PTPR | 6.96E-10 | -0.019 | 9.72E-7 | DMG：JAFFE_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| trappc9 | 0.86 | 0.84 |
| PSMD2 | 0.86 | 0.85 |
| VPS18 | 0.86 | 0.86 |
| DDB1 | 0.86 | 0.88 |
| DGCR2 | 0.86 | 0.85 |
| PFKL | 0.85 | 0.86 |
| P4HB | 0.84 | 0.84 |
| AP1M1 | 0.84 | 0.84 |
| VCP | 0.84 | 0.83 |
| ELAC2 | 0.84 | 0.85 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| MT-CO2 | -0.73 | -0.77 |
| AF347015.21 | -0.73 | -0.77 |
| AF347015.31 | -0.73 | -0.75 |
| AF347015.33 | -0.70 | -0.73 |
| higd1b | -0.69 | -0.70 |
| mt-cyb | -0.69 | -0.72 |
| ifi27 | -0.68 | -0.68 |
| AF347015.8 | -0.68 | -0.73 |
| AF347015.27 | -0.68 | -0.73 |
| 鼻孔 | -0.66 | -0.67 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005001 | 跨膜受体蛋白酪氨酸磷酸酶活性 | 塔斯 | 8524829 | |
| 去：0004872 | 受体活性 | IEA | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 16273344 | |
| 去：0004725 | 蛋白酪氨酸磷酸酶活性 | IEA | - | |
| GO：0016787 | 水解酶活性 | IEA | - | |
| 去：0016791 | 磷酸酶活性 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007155 | 细胞粘附 | IEA | - | |
| 去：0006470 | 蛋白氨基酸去磷酸化 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0016020 | 膜 | IEA | - | |
| 去：0005887 | 质膜的积分 | 塔斯 | 8524829 |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| CHD3 | Mi-2a |mi2-alpha |ZFH | 染色体群酶DNA结合蛋白3 | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| EEF1G | EF1G |GIG35 | 真核翻译伸长因子1伽玛 | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| EIF4A2 | BM-010 |ddx2b |EIF4A |EIF4F | 真核翻译起始因子4a，同工型2 | 亲和力捕获ms | Biogrid | 17353931 |
| Fez1 | - | 魅力和伸长蛋白Zeta 1（Zygin I） | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| Kat5 | esa1 |htatip |htatip1 |plip |提示|TIP60 |CPLA2 | K（赖氨酸）乙酰转移酶5 | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| KIAA1377 | - | KIAA1377 | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| mobkl3 | 2c4d |CGI-95 |MGC12264 |mob1 |mob3 |prei3 | MOB1，MPS一个粘合激酶激活剂样3（酵母） | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| PFN2 | D3S1319E |PFL | profilin 2 | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| PPFIA1 | FLJ41337 |FLJ42630 |FLJ43474 |嘴唇1 |lip1 |Liprin |MGC26800 | 蛋白质酪氨酸磷酸酶，受体类型，F多肽（PTPRF），相互作用蛋白（Liprin），α1 | - | HPRD，Biogrid | 8524829 |
| PPFIA2 | FLJ41378 |MGC132572 | 蛋白酪氨酸磷酸酶，受体类型，F多肽（PTPRF），相互作用蛋白（Liprin），α2 | - | HPRD，Biogrid | 9624153 |
| PPFIA3 | KIAA0654 |lpna3 |MGC126567 |MGC126569 | 蛋白酪氨酸磷酸酶，受体类型，F多肽（PTPRF），相互作用蛋白（Liprin），α3 | - | HPRD，Biogrid | 9624153 |
| PTN | 竖琴|HBGF8 |hbnf |negf1 | pleiotiotirophin | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| Ptprd | HPTP |hptp-delta |hptpd |MGC119750 |MGC119751 |MGC119752 |MGC119753 |ptpd |R-PTP-DELTA | 蛋白酪氨酸磷酸酶，受体类型，D | - | HPRD，Biogrid | 9566880 |
| setDB1 | eset |kg1t |KIAA0067 |KMT1E | 设定域，分叉1 | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| tubb2a | tubb |tubb2 |DJ40E16.7 | 微管蛋白，β2A | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| UBR1 | JBS |MGC142065 |MGC142067 | 泛素蛋白连接酶E3成分N-验证1 | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| UNC119 | HRG4 | UNC-119同源物（秀丽隐杆线虫） | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
| UTP14A | KIAA0266 |NY-CO-16 |SDCCAG16 |DJ537K23.3 | UTP14，U3小核仁核糖核蛋白，同源物A（酵母） | 两个杂交 | Biogrid | 16169070 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| Odonnell TFRC靶向 | 456 | 228 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿霉素DN的Graessmann凋亡 | 1781年 | 1082 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Graessmann对MC和阿霉素DN的反应 | 770 | 415 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 悍马皮肤癌进度DN | 100 | 64 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Schlosser血清反应 | 134 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 里克曼肿瘤区分井与适度的 | 109 | 69 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 唱歌转移基质 | 110 | 70 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Taci的Moreaux多发性骨髓瘤 | 412 | 249 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TACI UP淋巴细胞的淋巴细胞成熟 | 92 | 58 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| URS脂肪细胞分化 | 74 | 51 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Sansom APC MYC目标 | 217 | 138 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Stearman肺癌早期与晚期 | 125 | 89 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bonome卵巢癌的生存次优秀 | 510 | 309 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Yauch刺猬信号传导旁分泌 | 149 | 85 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Boylan多发性骨髓瘤C D | 139 | 95 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 霍夫曼大到小的BII淋巴细胞DN | 72 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hoffmann小型BII至未成熟B淋巴细胞DN | 50 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hofmann骨髓增生综合征低风险 | 22 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hofmann骨髓增生综合征高风险 | 10 | 7 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 米利假足型haptotaxis dn | 668 | 419 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 开罗肝脏开发 | 166 | 105 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| figueroa aml甲基化簇1 DN | 48 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| figueroa aml甲基化簇4 dn | 15 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 棕熊UVC响应迟到 | 1137 | 655 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ewsr1 fli1融合DN的TORCHIA目标 | 321 | 200 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Smad2或Smad3的Koinuma目标 | 824 | 528 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Delacroix Rarg Bound MEF | 367 | 231 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-190 | 830 | 837 | 1A，M8 | HSA-MIR-190 | ugauuauguuugauauauauaggu |