Gene Page:PTX3
概括?
| 基因 | 5806 |
| Symbol | PTX3 |
| Synonyms | TNFAIP5|TSG-14 |
| Description | pentraxin 3 |
| Reference | MIM:602492|HGNC:HGNC:9692|Ensembl:ENSG00000163661|HPRD:03928|Vega:OTTHUMG00000158750 |
| Gene type | protein-coding |
| Map location | 3q25 |
| Pascal p-value | 0.795 |
| Fetal beta | 3.801 |
| eGene | Myers' cis & trans |
数据源中的基因
| Gene set name | Method of gene set | Description | Info |
|---|---|---|---|
| PMID:cooccur | High-throughput literature-search | Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included. | |
| Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias | Click to show details |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
eQTL annotation
eQTL annotation| SNP ID | Chromosome | Position | eGene | Gene Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS distance | eQTL type |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs10994209 | chr10 | 61877705 | PTX3 | 5806 | 0.05 | trans |
Section II. Transcriptome annotation
General gene expression (GTEx)
Gene expression during devlopment (BrainCloud)
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)
Footnote:
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.
No co-expressed genes in brain regions
Section V. Pathway annotation
| Pathway name | Pathway size | # SZGR 2.0 genes in pathway | Info |
|---|---|---|---|
| ST ADRENERGIC | 36 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ST MYOCYTE AD PATHWAY | 27 | 25 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SENGUPTA NASOPHARYNGEAL CARCINOMA WITH LMP1 UP | 408 | 247 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TURASHVILI BREAST NORMAL DUCTAL VS LOBULAR UP | 68 | 40 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TURASHVILI BREAST DUCTAL CARCINOMA VS DUCTAL NORMAL DN | 198 | 110 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE LIVE UP | 485 | 293 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP | 1382 | 904 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS MESENCHYMAL DN | 460 | 312 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| OSWALD HEMATOPOIETIC STEM CELL IN COLLAGEN GEL UP | 233 | 161 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 16D DN | 143 | 83 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SENESE HDAC1 TARGETS UP | 457 | 269 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS UP | 238 | 144 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SENESE HDAC3 TARGETS UP | 501 | 327 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE FIMA UP | 544 | 308 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE LPS UP | 431 | 237 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION DN | 329 | 219 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KIM WT1 TARGETS UP | 214 | 155 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GRAHAM CML QUIESCENT VS NORMAL DIVIDING UP | 57 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHIARADONNA NEOPLASTIC TRANSFORMATION KRAS CDC25 DN | 51 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHIARADONNA NEOPLASTIC TRANSFORMATION CDC25 UP | 120 | 73 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CASTELLANO NRAS TARGETS UP | 68 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CONCANNON APOPTOSIS BY EPOXOMICIN DN | 172 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN | 394 | 258 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MCBRYAN PUBERTAL BREAST 4 5WK UP | 271 | 175 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MCBRYAN PUBERTAL TGFB1 TARGETS DN | 62 | 44 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PEREZ TP63 TARGETS | 355 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PEREZ TP53 AND TP63 TARGETS | 205 | 145 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 XPCS DN | 88 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FARMER BREAST CANCER BASAL VS LULMINAL | 330 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DACOSTA ERCC3 ALLELE XPCS VS TTD UP | 28 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 DN | 855 | 609 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LIEN BREAST CARCINOMA METAPLASTIC VS DUCTAL UP | 83 | 51 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NUYTTEN EZH2 TARGETS UP | 1037 | 673 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| INGRAM SHH TARGETS DN | 64 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS UP | 811 | 508 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 里克曼头颈癌 | 100 | 63 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| AMIT SERUM RESPONSE 480 MCF10A | 39 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| JEON SMAD6 TARGETS UP | 24 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHANG RESPONSE TO IKK INHIBITOR AND TNF UP | 223 | 140 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ONDER CDH1 TARGETS 2 UP | 256 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DER IFN GAMMA RESPONSE DN | 11 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ALCALAY AML BY NPM1 LOCALIZATION UP | 140 | 83 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GILDEA METASTASIS | 30 | 14 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LEI MYB TARGETS | 318 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HALMOS CEBPA TARGETS UP | 52 | 34 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GERY CEBP TARGETS | 126 | 90 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| VERHAAK AML WITH NPM1 MUTATED UP | 183 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| VERNELL RETINOBLASTOMA PATHWAY UP | 70 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARCINIAK ER STRESS RESPONSE VIA CHOP | 25 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TAVOR CEBPA TARGETS UP | 48 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REN ALVEOLAR RHABDOMYOSARCOMA DN | 408 | 274 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN | 1237 | 837 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BROWNE HCMV INFECTION 16HR DN | 86 | 62 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MCDOWELL ACUTE LUNG INJURY UP | 45 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SATO SILENCED BY METHYLATION IN PANCREATIC CANCER 1 | 419 | 273 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WANG SMARCE1 TARGETS UP | 280 | 183 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 《图片报》极品ONCOGENIC SIGNATURE | 261 | 166 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FOSTER TOLERANT MACROPHAGE DN | 409 | 268 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SMID BREAST CANCER RELAPSE IN BRAIN UP | 39 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SMID BREAST CANCER RELAPSE IN BONE DN | 315 | 197 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 乳腺癌萧述三腔的DN | 564 | 326 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SMID BREAST CANCER BASAL UP | 648 | 398 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHENG IL22 SIGNALING UP | 56 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BOQUEST STEM CELL UP | 260 | 174 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BLUM RESPONSE TO SALIRASIB UP | 245 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WANG TUMOR INVASIVENESS DN | 210 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WU SILENCED BY METHYLATION IN BLADDER CANCER | 55 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HINATA NFKB TARGETS KERATINOCYTE UP | 91 | 63 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HINATA NFKB TARGETS FIBROBLAST UP | 84 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SCHOEN NFKB SIGNALING | 34 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CAIRO LIVER DEVELOPMENT UP | 166 | 105 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NAKAYAMA SOFT TISSUE TUMORS PCA2 DN | 80 | 51 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HIRSCH CELLULAR TRANSFORMATION SIGNATURE UP | 242 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHICAS RB1 TARGETS SENESCENT | 572 | 352 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHICAS RB1 TARGETS GROWING | 243 | 155 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHICAS RB1 TARGETS CONFLUENT | 567 | 365 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 UP | 430 | 288 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BRUINS UVC RESPONSE LATE | 1137 | 655 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LEE BMP2 TARGETS DN | 882 | 538 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PLASARI TGFB1 TARGETS 10HR DN | 244 | 157 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PHONG TNF TARGETS UP | 63 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PHONG TNF RESPONSE VIA P38 PARTIAL | 160 | 106 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DURAND STROMA S UP | 297 | 194 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZWANG CLASS 1 TRANSIENTLY INDUCED BY EGF | 516 | 308 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |