基因页:普拉
概括?
基因 | 5813 |
象征 | 普拉 |
同义词 | mrd31 | pur-alpha | pur1 | puralpha |
描述 | 富含嘌呤的元素结合蛋白A |
参考 | MIM:600473|HGNC:HGNC:9701|HPRD:02721| |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 5Q31 |
Pascal P值 | 6.042E-4 |
Sherlock P值 | 0.603 |
胎儿β | -1.65 |
DMG | 2(#研究) |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
支持 | RNA和蛋白质合成 G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSESUS G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSUS g2cdb.humanpsd G2CDB.HUMANPSP COMPOSITESET |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 2 |
DMG:Nishioka_2013 | 全基因组DNA甲基化分析 | 作者研究了来自18例第一期精神分裂症(FESZ)和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。 | 2 |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR:0.0032 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中:1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG15563057 | 5 | 139493612 | 普拉 | -0.031 | 0.26 | DMG:Nishioka_2013 | |
CG15563057 | 5 | 139493612 | 普拉 | 5.1e-10 | -0.018 | 8.65e-7 | DMG:JAFFE_2016 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS6032295 | CHR20 | 44178138 | 普拉 | 5813 | 0.04 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/PURA_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23岁)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0003691 | 双链端粒DNA结合 | 艾达 | 15777841 | |
去:0003697 | 单链DNA结合 | ISS | - | |
去:0003705 | RNA聚合酶II转录因子活性,增强子结合 | 塔斯 | 9334258 | |
去:0008134 | 转录因子结合 | ISS | - | |
GO:0046332 | Smad结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007399 | 神经系统的发展 | IEA | 神经突(GO期限:5) | - |
去:0006350 | 转录 | IEA | - | |
去:0006270 | DNA复制启动 | 塔斯 | 1545807 | |
去:0006268 | 在复制过程中放松的DNA | 艾达 | 15777841 | |
去:0008284 | 细胞增殖的阳性调节 | IEA | - | |
GO:0045892 | 转录,DNA依赖性的负调控 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0000784 | 核染色体,端粒区域 | 我知道了 | 15777841 | |
去:0005634 | 核 | 艾达 | 9716182 | |
去:0005662 | DNA复制因子复合物 | ISS | - | |
去:0005737 | 细胞质 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
GAZDA钻石黑芬贫血红斑dn | 493 | 298 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mullighan NPM1突变签名1向上 | 276 | 165 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mullighan NPM1签名3 | 341 | 197 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim WT1靶向8小时 | 164 | 122 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ENK UV响应角质形成细胞DN | 485 | 334 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿霉素DN的Graessmann凋亡 | 1781年 | 1082 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
MYC增强的Schlosser血清反应 | 108 | 74 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schlosser血清反应DN | 712 | 443 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
钙虹膜肌肌敏感与恢复 | 5 | 5 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
gotzmann上皮到间充质过渡dn | 206 | 136 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Stark前额叶皮层22Q11删除DN | 517 | 309 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mir192和Mir215的Georges目标 | 893 | 528 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Shen Smarca2目标 | 424 | 268 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
考夫曼DNA复制基因 | 147 | 87 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
罗斯急性髓样白血病CBF | 82 | 57 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kannan TP53靶向DN | 21 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
郭十六进制目标 | 81 | 54 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
LEI MYB目标 | 318 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zhan多发性骨髓瘤 | 64 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lee Calorie限制性新皮层 | 83 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
CUI TCF21目标2 DN | 830 | 547 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
kaab失败的心房 | 38 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bacolod抗烷基化剂DN | 60 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Creighton内分泌疗法抗性2 | 473 | 224 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿塞维多肝癌 | 973 | 570 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿塞维多肝肿瘤与正常的相邻组织向上 | 863 | 514 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
黄成人组织茎模块 | 721 | 492 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
马滕斯三维诺蛋白响应DN | 841 | 431 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
lu eszh2靶向DN | 414 | 237 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gabriely miR21靶标 | 289 | 187 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Linsley mir16目标 | 206 | 127 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
pasini suz12靶向 | 112 | 65 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
CTBP1的PURBEY目标不是SATB1 | 344 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
rao由SALL4同工型B绑定 | 517 | 302 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-101 | 73 | 79 | 1a | HSA-MIR-101 | uacaguacugauaacugaag |
mir-103/107 | 1571年 | 1577年 | 1a | HSA-MIR-103脑 | agcagcauuguacggcuauga |
HSA-MIR-107脑 | agcagcauuguacgggcuauca | ||||
mir-129-5p | 474 | 480 | 1a | HSA-MIR-129脑 | cuuuuugcgguggggcuugc |
HSA-MIR-129-5P | cuuuuugcgguggggcuugcu | ||||
HSA-MIR-129脑 | cuuuuugcgguggggcuugc | ||||
HSA-MIR-129-5P | cuuuuugcgguggggcuugcu | ||||
mir-142-5p | 217 | 223 | M8 | HSA-MIR-142-5P | cauaaaguagaaagcacuac |
mir-144 | 72 | 79 | 1A,M8 | HSA-MIR-144 | uacaguauagauguauguaguag |
mir-15/16/195/424/497 | 246 | 252 | 1a | HSA-MIR-15A脑 | uagcagcacauaugguugug |
HSA-MIR-16脑 | uagcagcacguaaauauuggcg | ||||
HSA-MIR-15B脑 | uagcagcacaucaugguuaca | ||||
HSA-MIR-195SZ | uagcagaaaaauauuggc | ||||
HSA-MIR-424 | Cagcagcaauucauguuuugaa | ||||
HSA-MIR-497 | cagcagcacacuguguuugu | ||||
HSA-MIR-15A脑 | uagcagcacauaugguugug | ||||
HSA-MIR-16脑 | uagcagcacguaaauauuggcg | ||||
HSA-MIR-15B脑 | uagcagcacaucaugguuaca | ||||
HSA-MIR-195SZ | uagcagaaaaauauuggc | ||||
HSA-MIR-424 | Cagcagcaauucauguuuugaa | ||||
HSA-MIR-497 | cagcagcacacuguguuugu | ||||
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D | 216 | 222 | 1a | HSA-MIR-17-5P | caaagugcuuacugcagguagu |
HSA-MIR-20A脑 | uaaagugcuuauagugcagguag | ||||
HSA-MIR-106A | aaaagugcuuacugugcagguagc | ||||
HSA-MIR-106BSZ | uaaagugcugacagugcagau | ||||
HSA-MIR-20BSZ | caaagugcuugugcagguag | ||||
HSA-MIR-519D | caaagugccucccuuuagugugu | ||||
HSA-MIR-17-5P | caaagugcuuacugcagguagu | ||||
HSA-MIR-20A脑 | uaaagugcuuauagugcagguag | ||||
HSA-MIR-106A | aaaagugcuuacugugcagguagc | ||||
HSA-MIR-106BSZ | uaaagugcugacagugcagau | ||||
HSA-MIR-20BSZ | caaagugcuugugcagguag | ||||
HSA-MIR-519D | caaagugccucccuuuagugugu | ||||
mir-21 | 371 | 377 | 1a | HSA-MIR-21脑 | uagcuuaucagacugauguuga |
HSA-MIR-590 | gagcuuauucauaaaaagugcag | ||||
mir-218 | 470 | 476 | 1a | HSA-MIR-218脑 | uugugcuugaucuaaccaugu |
mir-221/222 | 1276 | 1282 | M8 | HSA-MIR-221脑 | agcuacauugucugugggggguc |
HSA-MIR-222脑 | agcuacaucuggcuacugggucuc | ||||
mir-223 | 168 | 175 | 1A,M8 | HSA-MIR-223 | ugucuuugucaauacccc |
mir-24 | 1210 | 1217 | 1A,M8 | HSA-MIR-24SZ | uggcucucagagcaggaagag |
mir-26 | 302 | 308 | M8 | HSA-MIR-26A脑 | Uucaaguaauccaggauaggc |
HSA-MIR-26BSZ | uucaaguaauucaggauagguu | ||||
mir-27 | 782 | 788 | 1a | HSA-MIR-27A脑 | uucacaguggcuaaguuccgc |
HSA-MIR-27B脑 | uucacaguggcuaaguucugc | ||||
mir-29 | 1285 | 1292 | 1A,M8 | HSA-MIR-29ASZ | uagcaccaucugaaaucgguu |
HSA-MIR-29BSZ | uagcaccauuugaaaucaguguu | ||||
HSA-MIR-29CSZ | uagcaccauuugaaaucggu | ||||
mir-30-3p | 1447 | 1453 | M8 | HSA-MIR-30A-3P | cuuucagucggauguugcagc |
HSA-MIR-30E-3P | cuuucagucggauguauacagc | ||||
mir-31 | 190 | 196 | 1a | HSA-MIR-31 | Aggcaagaugcuggcauagcug |
mir-330 | 928 | 935 | 1A,M8 | HSA-MIR-330脑 | GCAAAGCACGGCCUGCAGAGA |
mir-369-3p | 559 | 565 | 1a | HSA-MIR-369-3P | aauauacaugguugaucuuu |
mir-374 | 411 | 417 | 1a | HSA-MIR-374 | uuauaauacaAccugauaagug |
HSA-MIR-374 | uuauaauacaAccugauaagug | ||||
mir-410 | 428 | 434 | 1a | HSA-MIR-410 | aauauaacacagauggcugu |
mir-448 | 732 | 738 | M8 | HSA-MIR-448 | uugcauauguaggauguccccau |
mir-485-3p | 1395 | 1401 | 1a | HSA-MIR-485-3P | gucauacgggcucucucucucucu |
mir-488 | 743 | 749 | 1a | HSA-MIR-488 | cccagauauggcacucucucaa |
mir-495 | 526 | 532 | 1a | HSA-MIR-495脑 | Aaacaaacauggugcacuuuuu |
mir-503 | 246 | 252 | 1a | HSA-MIR-503 | uagcagcgggaacaguucugcag |
mir-539 | 518 | 524 | 1a | HSA-MIR-539 | ggagaauuauccuuggugugu |
mir-543 | 650 | 656 | 1a | HSA-MIR-543 | aaacauucgcggugcacuucu |
mir-544 | 657 | 663 | M8 | HSA-MIR-544 | auucugcauuuuuuagcaagu |
mir-9 | 854 | 860 | M8 | HSA-MIR-9SZ | ucuuuguuaucuagcuguauga |
mir-93.hd/291-3p/294/295/302/372/373/520 | 1419 | 1425 | M8 | HSA-MIR-93脑 | aaagugcuguucgugcagguag |
HSA-MIR-302A | uaagugcuugcauguuuguga | ||||
HSA-MIR-302B | uaagugcuuccauguuuaguag | ||||
HSA-MIR-302C | uaagugcuuccauguucagugg | ||||
HSA-MIR-302D | Uaagugcuauguugugugu | ||||
HSA-MIR-372 | aaagugcugcgacauuugagcgu | ||||
HSA-MIR-373 | Gaagugcuucgauuuggggugu | ||||
HSA-MIR-520E | Aaagugcuuuuuugaggg | ||||
HSA-MIR-520A | aaagugcuucccuuguggugu | ||||
HSA-MIR-520B | aaagugcuuuuuuagaggg | ||||
HSA-MIR-520C | aaagugcuuuuuuaggggug | ||||
HSA-MIR-520D | aaaguguuugugggguggguu |