基因页:Rab2a
Summary?
基因ID | 5862 |
Symbol | Rab2a |
同义词 | LHX | Rab2 |
描述 | Rab2a,Ras Oncogene家族成员 |
参考 | MIM:179509|HGNC:HGNC:9763|ENSEMBL:ENSG00000104388|HPRD:01539|Vega:Otthumg00000134298 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 8Q12.1 |
Pascal P值 | 0.001 |
Sherlock P值 | 0.786 |
胎儿β | 0.012 |
支持 | 细胞内贩运 G2CDB.HUMAN_CLATHRIN G2Cdb.human_Synaptosome G2Cdb.humanNRC G2CDB.HUMANPSP 潜在的突触基因 |
基因in Data Sources
Section I. Genetics and epigenetics annotation
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/RAB2A_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
KDM4A | 0.97 | 0.97 |
rspry1 | 0.97 | 0.96 |
SSRP1 | 0.97 | 0.96 |
EDC3 | 0.96 | 0.95 |
MTA2 | 0.96 | 0.94 |
ZSCAN21 | 0.96 | 0.93 |
NUP62 | 0.96 | 0.95 |
setDB1 | 0.96 | 0.95 |
ints4 | 0.96 | 0.93 |
FAM48A | 0.96 | 0.94 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AF347015.27 | -0.78 | -0.91 |
AF347015.31 | -0.78 | -0.91 |
MT-CO2 | -0.77 | -0.91 |
C5orf53 | -0.77 | -0.76 |
AIFM3 | -0.76 | -0.77 |
HLA-F | -0.76 | -0.76 |
AF347015.33 | -0.76 | -0.88 |
S100B | -0.76 | -0.84 |
FXYD1 | -0.75 | -0.87 |
mt-cyb | -0.74 | -0.88 |
第三节。基因本体论注释
Molecular function | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0000166 | 核苷酸结合 | IEA | - | |
去:0003924 | GTPase activity | 塔斯 | 2501306 | |
去:0005524 | ATP结合 | IEA | - | |
去:0005525 | GTP结合 | IEA | - | |
去:0008134 | 转录因子结合 | IEA | - | |
Biological process | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0006355 | 调节转录,DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
去:0007264 | 小GTPase介导的信号转导 | IEA | - | |
去:0006888 | ER to Golgi vesicle-mediated transport | 塔斯 | 8910601 | |
GO:0016192 | vesicle-mediated transport | IEA | - | |
去:0015031 | 蛋白质运输 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0000139 | 高尔基膜 | IEA | - | |
去:0005794 | 高尔基体 | IEA | - | |
去:0005789 | 内质网膜 | IEA | - | |
去:0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
去:0005783 | 内质网 | IEA | - | |
GO:0016020 | 膜 | IEA | - | |
去:0033116 | er-golgi中间室膜 | IEA | - | |
GO:0042470 | 黑色素体 | IEA | - |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
miRNA family | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-142-3p | 289 | 296 | 1A,M8 | HSA-MIR-142-3P | uguaguuuccuacuuuaugga |
mir-192/215 | 218 | 225 | 1A,M8 | HSA-MIR-192 | cugaccuaugaauugacagcc |
hsa-miR-215 | AUGACCUAUGAAUUGACAGAC | ||||
mir-381 | 133 | 140 | 1A,M8 | HSA-MIR-381 | UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU |
miR-495 | 240 | 246 | 1a | HSA-MIR-495脑 | Aaacaaacauggugcacuuuuu |
miR-542-3p | 104 | 110 | 1a | HSA-MIR-542-3P | ugugacauugauaacugaaa |