Summary
基因ID 5862
Symbol Rab2a
同义词 LHX | Rab2
描述 Rab2a,Ras Oncogene家族成员
参考 MIM:179509|HGNC:HGNC:9763|ENSEMBL:ENSG00000104388|HPRD:01539|Vega:Otthumg00000134298
基因类型 蛋白质编码
地图位置 8Q12.1
Pascal P值 0.001
Sherlock P值 0.786
胎儿β 0.012
支持 细胞内贩运
G2CDB.HUMAN_CLATHRIN
G2Cdb.human_Synaptosome
G2Cdb.humanNRC
G2CDB.HUMANPSP
潜在的突触基因

基因in Data Sources
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
Literature 高通量文献搜索 与精神分裂症Co-occurance关键词:schizophrenia,schizophrenias 点击显示详细信息
网络 Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network PPI网络中最短路径的贡献:0.0044

Section I. Genetics and epigenetics annotation


第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

Footnote:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
KDM4A 0.97 0.97
rspry1 0.97 0.96
SSRP1 0.97 0.96
EDC3 0.96 0.95
MTA2 0.96 0.94
ZSCAN21 0.96 0.93
NUP62 0.96 0.95
setDB1 0.96 0.95
ints4 0.96 0.93
FAM48A 0.96 0.94
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
AF347015.27 -0.78 -0.91
AF347015.31 -0.78 -0.91
MT-CO2 -0.77 -0.91
C5orf53 -0.77 -0.76
AIFM3 -0.76 -0.77
HLA-F -0.76 -0.76
AF347015.33 -0.76 -0.88
S100B -0.76 -0.84
FXYD1 -0.75 -0.87
mt-cyb -0.74 -0.88

第三节。基因本体论注释

Molecular function 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0000166 核苷酸结合 IEA -
去:0003924 GTPase activity 塔斯 2501306
去:0005524 ATP结合 IEA -
去:0005525 GTP结合 IEA -
去:0008134 转录因子结合 IEA -
Biological process 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0006355 调节转录,DNA依赖性的调节 IEA -
去:0007264 小GTPase介导的信号转导 IEA -
去:0006888 ER to Golgi vesicle-mediated transport 塔斯 8910601
GO:0016192 vesicle-mediated transport IEA -
去:0015031 蛋白质运输 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去:0000139 高尔基膜 IEA -
去:0005794 高尔基体 IEA -
去:0005789 内质网膜 IEA -
去:0005622 细胞内 IEA -
去:0005783 内质网 IEA -
GO:0016020 IEA -
去:0033116 er-golgi中间室膜 IEA -
GO:0042470 黑色素体 IEA -

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
Biocarta Rab Pathway 12 8 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Onken Uveal黑色素瘤 783 507 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GAZDA钻石黑芬贫血红斑dn 493 298 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Tien肠益生菌6小时 55 34 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Tien肠益生菌24小时DN 214 133 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Wamunyokoli卵巢癌LMP 265 158 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Graessmann血清剥夺DN的细胞凋亡 234 147 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Graessmann对MC和血清剥夺DN的反应 84 54 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿霉素DN的Graessmann凋亡 1781年 1082 All SZGR 2.0 genes in this pathway
riz红细胞分化 77 51 All SZGR 2.0 genes in this pathway
RIZ红细胞分化CCNE1 40 26 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Gruetzmann胰腺癌 358 245 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Caffarel对THC 24小时5 DN的响应 59 35 All SZGR 2.0 genes in this pathway
pasqualucci淋巴瘤通过GC阶段 283 177 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mir192和Mir215的Georges目标 893 528 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Shen Smarca2目标 424 268 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nikolsky乳腺癌8Q12 Q22 AMPLICON 132 82 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BYSTRYKH造血细胞和脑QTL Trans 185 114 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿斯顿主要抑郁症 49 36 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BYSTRYKH HEMATOPOIESIS STEM CELL QTL TRANS 882 572 All SZGR 2.0 genes in this pathway
彭葡萄糖剥夺DN 169 112 All SZGR 2.0 genes in this pathway
弗莱赫纳活检肾脏移植被拒绝vs ok dn 546 351 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Flechner活检肾脏移植OK vs捐助者 555 346 All SZGR 2.0 genes in this pathway
霍夫曼细胞淋巴瘤 50 35 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病初期 390 242 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏病dn 1237 837 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Kayo卡路里限制肌肉DN 87 59 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病 1691 1088 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染48小时DN 504 323 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KIM GASTRIC CANCER CHEMOSENSITIVITY 103 64 All SZGR 2.0 genes in this pathway
welcsh brca1靶向 198 132 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sesto对UV C5的反应 46 36 All SZGR 2.0 genes in this pathway
江口大脑皮层DN 54 43 All SZGR 2.0 genes in this pathway
马丁内斯对trabectedin dn的反应 271 175 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CREIGHTON ENDOCRINE THERAPY RESISTANCE 5 482 296 All SZGR 2.0 genes in this pathway
由FOXP3绑定的Marson刺激 1022 619 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MARSON BOUND BY FOXP3 UNSTIMULATED 1229 713 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Kyng DNA受伽马辐射损伤 81 59 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Kyng DNA损伤DN 195 135 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Massarweh tamoxifen抗性 578 341 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BONOME OVARIAN CANCER POOR SURVIVAL UP 31 22 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL SUBOPTIMAL DEBULKING 510 309 All SZGR 2.0 genes in this pathway
陈代谢综合征网络 1210 725 All SZGR 2.0 genes in this pathway
由MYC DN监管 253 192 All SZGR 2.0 genes in this pathway
萨森对促性腺营养蛋白的反应 91 59 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sasson对Forskolin的反应 90 58 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Johnstone Parvb目标3 DN 918 550 All SZGR 2.0 genes in this pathway
棕熊UVC响应迟到 1137 655 All SZGR 2.0 genes in this pathway
FEVR CTNNB1靶向 682 433 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Fortschegger PHF8靶向DN 784 464 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

miRNA family 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-142-3p 289 296 1A,M8 HSA-MIR-142-3P uguaguuuccuacuuuaugga
mir-192/215 218 225 1A,M8 HSA-MIR-192 cugaccuaugaauugacagcc
hsa-miR-215 AUGACCUAUGAAUUGACAGAC
mir-381 133 140 1A,M8 HSA-MIR-381 UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU
miR-495 240 246 1a HSA-MIR-495 Aaacaaacauggugcacuuuuu
miR-542-3p 104 110 1a HSA-MIR-542-3P ugugacauugauaacugaaa