基因页:Rab13
概括?
基因 | 5872 |
象征 | Rab13 |
同义词 | Gig4 |
描述 | Rab13,Ras Oncogene家族成员 |
参考 | MIM:602672|HGNC:HGNC:9762|Ensembl:ENSG00000143545|HPRD:04053|Vega:Otthumg0000000036589 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 1q21.2 |
Sherlock P值 | 0.419 |
胎儿beta | 0.576 |
耶和华 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
支持 | G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSESUS COMPOSITESET |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组关联研究 | GWAS | |
PMID:COOCCUR | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR:0.0235 | |
GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | PSR:0.00814 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中:2 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 耶和华 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS2797257 | CHR1 | 215911297 | Rab13 | 5872 | 0.05 | 反式 | ||
RS7595584 | CHR2 | 175652187 | Rab13 | 5872 | 6.091E-5 | 反式 | ||
RS17029291 | CHR3 | 32402138 | Rab13 | 5872 | 0.03 | 反式 | ||
SNP_A-A-1853527 | 0 | Rab13 | 5872 | 0.13 | 反式 | |||
RS7677329 | CHR4 | 21586153 | Rab13 | 5872 | 0.15 | 反式 | ||
RS16870339 | CHR5 | 2705169 | Rab13 | 5872 | 0.06 | 反式 | ||
RS6973230 | CHR7 | 146072498 | Rab13 | 5872 | 0.11 | 反式 | ||
RS12569493 | CHR10 | 74886042 | Rab13 | 5872 | 0.14 | 反式 | ||
RS16930362 | CHR10 | 74890320 | Rab13 | 5872 | 0.1 | 反式 | ||
RS17110576 | CHR10 | 100409976 | Rab13 | 5872 | 0.12 | 反式 | ||
RS10145685 | CHR14 | 22794892 | Rab13 | 5872 | 0.16 | 反式 | ||
RS624778 | CHR15 | 48073967 | Rab13 | 5872 | 0.01 | 反式 | ||
RS532707 | CHR15 | 48074070 | Rab13 | 5872 | 0.01 | 反式 | ||
RS553338 | CHR15 | 48076921 | Rab13 | 5872 | 0.01 | 反式 | ||
RS596942 | CHR15 | 48082150 | Rab13 | 5872 | 0.01 | 反式 | ||
RS16958358 | CHR17 | 55502410 | Rab13 | 5872 | 0.1 | 反式 | ||
RS9965053 | CHR18 | 3166191 | Rab13 | 5872 | 0.18 | 反式 | ||
RS17056775 | CHR18 | 72988809 | Rab13 | 5872 | 0.15 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/RAB13_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键词 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0000166 | 核苷酸结合 | IEA | - | |
去:0003924 | GTPase活性 | tas | 8294494 | |
去:0005524 | ATP结合 | IEA | - | |
去:0005525 | GTP结合 | IEA | - | |
去:0008134 | 转录因子结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键词 | PubMed ID |
去:0006355 | 调节转录,DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
去:0007155 | 细胞粘附 | tas | 8294494 | |
去:0007264 | 小GTPase介导的信号转导 | IEA | - | |
去:0016192 | 囊泡介导的运输 | tas | 8294494 | |
去:0015031 | 蛋白质转运 | IEA | - | |
细胞成分 | 去学期 | 证据 | 神经关键词 | PubMed ID |
去:0005923 | 紧密连接 | IEA | 大脑(GO期限:10) | - |
去:0005923 | 紧密连接 | tas | 大脑(GO期限:10) | 8294494 |
去:0005794 | 高尔基体 | IEA | - | |
去:0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
去:0005737 | 细胞质 | 艾达 | 18029348 | |
去:0005886 | 质膜 | IEA | - | |
GO:0031410 | 细胞质囊泡 | IEA | - | |
去:0030659 | 细胞质囊泡膜 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #SZGR 2.0途径中的基因 | 信息 |
---|---|---|---|
kegg紧密连接 | 134 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Piccaluga血管免疫细胞淋巴瘤 | 205 | 140 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Smirnov在癌症中循环内皮细胞 | 158 | 103 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
莱茵所有糖皮质激素治疗DN | 362 | 238 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
runx1 runx1t1融合单核细胞的TONKS目标向上 | 204 | 140 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dittmer Pthlh靶向 | 112 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim WT1靶向12小时 | 162 | 116 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Wood EBV EBNA1目标DN | 47 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nuytten EZH2靶向DN | 1024 | 594 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
弗里德曼衰老 | 77 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
tarte浆细胞与Plasmablast向上 | 398 | 262 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NPM1本地化的Alcalay AML | 140 | 83 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zhu CMV 24小时DN | 91 | 64 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zhu CMV全部DN | 128 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
海勒被甲基化沉默 | 282 | 183 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Heller HDAC靶向被甲基化沉默的目标 | 461 | 298 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
伽玛辐射2G后的Amundson生存率不佳 | 171 | 96 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
巴索毛毛细胞白血病DN | 80 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Chung水泡细胞毒性向上 | 134 | 84 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
西部肾上腺皮质肿瘤DN | 546 | 362 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Rutella对CSF2RB和IL4的响应 | 338 | 225 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Rutella对HGF的反应 | 418 | 282 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Rutella对HGF与CSF2RB和IL4的反应 | 408 | 276 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
李内膜T祖细胞 | 21 | 14 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Meissner ES ICP与H3K4Me3 | 34 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
MEISSNER NPC ICP带有H3K4ME3 | 20 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Meissner Brain ICP带有H3K4ME3 | 32 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
米利伪虫 | 43 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
米利假跨道趋化性 | 74 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
米利假足 | 518 | 299 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Valk AML群集4 | 31 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
jison镰状细胞疾病 | 181 | 106 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen ES ICP与H3K4Me3 | 718 | 401 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen NPC ICP,带有H3K4Me3 | 445 | 257 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Acosta增殖独立MYC目标DN | 116 | 74 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lee BMP2目标 | 745 | 475 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
phong TNF响应不是通过p38 | 337 | 236 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |