基因页:rabggtb
概括?
基因 | 5876 |
象征 | rabggtb |
同义词 | GGTB |
描述 | Rab geranylgeranylsylansferase beta亚基 |
参考 | MIM:179080|HGNC:HGNC:9796|ENSEMBL:ENSG00000137955|HPRD:01532|Vega:Otthumg00000009786 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 131 |
Pascal P值 | 0.267 |
Sherlock P值 | 0.225 |
DEG P值 | DEG:Maycox_2009:cc_ba10_fold_change = 1.08:cc_ba10_disease_p = 0.0061:hbb_ba9_fold_change = 1.24:hbb_ba9_disease_p = 0.0152 |
胎儿β | 1.236 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DEG:Maycox_2009 | 微阵列确定验尸后30000多个mRNA转录本的表达 | 我们包括了51个基因,其表达变化在两个精神分裂症队列之间很常见。 | |
GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | PSR:0.02692 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/RABGGTB_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
FAM177A1 | 0.83 | 0.80 |
TMEM68 | 0.81 | 0.80 |
SRP54 | 0.81 | 0.79 |
Rab11a | 0.81 | 0.83 |
ptges3 | 0.81 | 0.81 |
Rab18 | 0.81 | 0.79 |
B3GALNT1 | 0.80 | 0.81 |
BIRC2 | 0.80 | 0.81 |
ASCC1 | 0.80 | 0.80 |
LRRC40 | 0.79 | 0.79 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
MT-CO2 | -0.57 | -0.65 |
AF347015.33 | -0.56 | -0.65 |
AF347015.8 | -0.55 | -0.64 |
AF347015.27 | -0.54 | -0.63 |
AF347015.31 | -0.54 | -0.63 |
mt-cyb | -0.54 | -0.63 |
AC018755.7 | -0.53 | -0.61 |
FXYD1 | -0.53 | -0.61 |
AF347015.15 | -0.53 | -0.64 |
AF347015.2 | -0.52 | -0.62 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 12620389 | |
去:0004659 | 前转移酶活性 | IEA | - | |
去:0004663 | Rab-蛋白质黄烷基凝血酶转移酶活性 | IEA | - | |
GO:0016740 | 转移酶活性 | IEA | - | |
去:0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
GO:0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006464 | 蛋白质修饰过程 | nas | 8380507 | |
去:0007601 | 视觉感知 | 塔斯 | 8380507 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
PID PRL信号事件途径 | 23 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Onken紫菜叶黑色素瘤DN | 526 | 357 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Puiffe入侵被腹水DN抑制 | 145 | 91 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim WT1靶向DN | 459 | 276 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bidus转移 | 214 | 134 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
多德鼻咽癌DN | 1375 | 806 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
罗德里格甲状腺癌的分化不佳 | 633 | 376 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿霉素DN的Graessmann凋亡 | 1781年 | 1082 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Graessmann对MC和阿霉素DN的反应 | 770 | 415 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
berenjeno由Rhoa Up Troment | 536 | 340 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
李肺癌 | 41 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schlosser MYC靶向血清抑制 | 159 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schramm Inhba目标DN | 24 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
liang造血细胞数大与微小的DN | 45 | 24 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PUJANA BRCA1 PCC网络 | 1652 | 1023 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nuytten EZH2靶向DN | 1024 | 594 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
buytaert光动力疗法压力 | 811 | 508 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
带有E盒的WEI MYCN目标 | 795 | 478 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Flechner PBL肾脏移植被拒绝与OK DN | 51 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
弗莱赫纳活检肾脏移植被拒绝vs ok dn | 546 | 351 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
宁慢性阻塞性肺疾病 | 157 | 105 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
彭雷帕霉素反应dn | 245 | 154 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
彭谷氨酰胺剥夺DN | 337 | 230 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
XU对维甲酸和NSC682994 DN的响应 | 15 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
MLL AF9融合的Kumar目标 | 405 | 264 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Ramalho Stemness | 206 | 118 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
welcsh brca1靶向 | 198 | 132 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Cheng对醋酸镍的反应 | 45 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
马丁内斯对trabectedin dn的反应 | 271 | 175 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kyng DNA损坏4NQO | 38 | 24 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kyng DNA损伤DN | 195 | 135 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mitsiades对aplidin的反应 | 439 | 257 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ehlers neuploidy up | 41 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Chen Hoxa5靶向9小时 | 223 | 132 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yoshimura MAPK8目标DN | 366 | 257 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
甜肺癌克拉斯 | 491 | 316 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
甜Kras致癌签名 | 89 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yagi AML带有Inv 16易位 | 422 | 277 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
开罗肝母细胞瘤上课 | 605 | 377 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
马滕斯三维诺蛋白响应DN | 841 | 431 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-381 | 98 | 104 | 1a | HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu |