Gene Page:ralgds
Summary？
| 基因 | 5900 |
| 象征 | ralgds |
| Synonyms | RGD | RGF | Ralgef |
| Description | 鸟嘌呤核苷酸解离刺激剂 |
| 参考erence | MIM：601619|HGNC：HGNC：9842|ENSEMBL：ENSG00000160271|HPRD：03371|Vega：Otthumg00000020858 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 9Q34.3 |
| Pascal p-value | 0.195 |
| 胎儿β | 0.799 |
| DMG | 3（＃研究） |
| 主持人 | Cerebellar Hemisphere 小脑 Myers' cis & trans |
| Support | CompositeSet Darnell FMRP目标 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 3 |
| DMG：Vaneijk_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 | 3 |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 3 |
| DNM:Guipponi_2014 | Whole Exome Sequencing analysis | 通过比较53个散发性SCZ及其未受影响的父母的外显子组来识别49个DNM | |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias | 点击显示详细信息 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
DNM表
DNM表| Gene | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA change | Mutation type | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ralgds | C | t | NM_001042368 | P.T482T | synonymous | NA | NA | Schizophrenia | DNM:Guipponi_2014 |
差异甲基化基因
| Probe | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG14541011 | 9 | 135989682 | ralgds | 4.18E-4 | -0.359 | 0.044 | DMG：Wockner_2014 |
| CG17014378 | 9 | 136025100 | ralgds | 1.44E-9 | -0.021 | 1.39E-6 | DMG：JAFFE_2016 |
| cg18089000 | 9 | 136039706 | ralgds | 9.898E-4 | 5.14 | DMG：Vaneijk_2014 |
eQTL annotation
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS2407038 | CHR8 | 3588530 | ralgds | 5900 | 0.14 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| SPC25 | 0.89 | 0.51 |
| KIF11 | 0.89 | 0.54 |
| exo1 | 0.89 | 0.50 |
| 梅尔克 | 0.89 | 0.50 |
| SGOL1 | 0.89 | 0.46 |
| SGOL2 | 0.89 | 0.64 |
| DLGAP5 | 0.88 | 0.46 |
| KIF18A | 0.88 | 0.48 |
| PBK | 0.88 | 0.52 |
| NDC80 | 0.88 | 0.46 |
| top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| SLC9A3R2 | -0.36 | -0.40 |
| HLA-F | -0.32 | -0.34 |
| AF347015.27 | -0.31 | -0.35 |
| PTGD | -0.31 | -0.38 |
| AF347015.15 | -0.31 | -0.36 |
| FBXW4 | -0.31 | -0.37 |
| tinagl1 | -0.31 | -0.38 |
| MT-CO2 | -0.30 | -0.34 |
| FBXO2 | -0.30 | -0.32 |
| AF347015.33 | -0.30 | -0.36 |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ARRB1 | ARB1 |arr1 | arrestin, beta 1 | - | HPRD,BioGRID | 12105416 |
| ARRB2 | ARB2 |arr2 |Barr2 |DKFZP686L0365 | arrestin, beta 2 | - | HPRD,BioGRID | 12105416 |
| CNKSR1 | CNK |CNK1 |KSR | connector enhancer of kinase suppressor of Ras 1 | - | HPRD,BioGRID | 14749388 |
| HRAS | c-bas/has |C-H-Ras |C-HA-RAS1 |ctlo |H-Rasidx |hamsv |HRAS1 |k-ras |n-ras |Rash1 | V-HA-RAS HARVEY RAT SARMA病毒性癌基因同源物 | RAS与Ralgds的羧基末端相互作用。这种相互作用是根据人Ras和大鼠ralgds之间的相互作用进行建模的。 | 绑定 | 9516482 |
| HRAS | c-bas/has |C-H-Ras |C-HA-RAS1 |ctlo |H-Rasidx |hamsv |HRAS1 |k-ras |n-ras |Rash1 | V-HA-RAS HARVEY RAT SARMA病毒性癌基因同源物 | 重构的复合物 two-hybrid |
Biogrid | 7809086|7972015 |9038168|9150145 |10783161|10922060 |15031288 |
| HRAS | c-bas/has |C-H-Ras |C-HA-RAS1 |ctlo |H-Rasidx |hamsv |HRAS1 |k-ras |n-ras |Rash1 | V-HA-RAS HARVEY RAT SARMA病毒性癌基因同源物 | - | HPRD | 7972015 | 9038168 |
| KRAS | C-K-Ras |k-ras2a |k-ras2b |k-ras4a |k-ras4b |ki-ras |Kras1 |Kras2 |NS3 |rask2 | V-KI-RAS2 Kirsten大鼠肉瘤病毒性癌基因同源物 | 重构的复合物 two-hybrid |
Biogrid | 7809086|10783161 |
| LRPAP1 | A2MRAP | A2RAP | HBP44 | MGC138272 | MRAP | RAP | 低密度脂蛋白受体相关蛋白相关蛋白1 | two-hybrid | Biogrid | 10783161 |
| MAPK3 | ERK1 |HS44KDAP |Humker1a |MGC20180 |p44erk1 |p44mapk |prkm3 | 有丝分裂原激活的蛋白激酶3 | ERK1 interacts with and phosphorylates RalGDS. | 绑定 | 9155018 |
| MRA | FLJ42964 | M-RAs | R-RAS3 | RRAS3 | 肌肉RAS癌基因同源物 | 重构的复合物 two-hybrid |
Biogrid | 9400994|10498616 |
| MRA | FLJ42964 | M-RAs | R-RAS3 | RRAS3 | 肌肉RAS癌基因同源物 | - | HPRD | 9400994|10498616 |
| PDK1 | - | pyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 1 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11889038 |
| PDPK1 | MGC20087 | MGC35290 | PDK1 | PRO0461 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1 | - | HPRD | 11889038 |
| Rap1a | KREV-1 | KREV1 | RAP1 | SMGP21 | RAP1A, RAS致癌基因mily | - | HPRD,BioGRID | 10085114 |
| Rap1a | KREV-1 | KREV1 | RAP1 | SMGP21 | RAP1A, RAS致癌基因mily | RAP1A与Ralgds相互作用。这种相互作用是根据未指定物种的人类Rap1a和ralgds之间的相互作用进行建模的。 | 绑定 | 15856025 |
| RAP2A | K-REV | KREV | RAP2 | RbBP-30 | RAP2A，Ras Oncogene家族的成员 | - | HPRD,BioGRID | 10085114 |
| RAP2B | MGC20484 | RAP2B，Ras Oncogene家族的成员 | - | HPRD,BioGRID | 10085114 |
| Rapgef2 | CNrasGEF | NRAPGEP | PDZ-GEF1 | PDZGEF1 | RA-GEF | Rap-GEP | Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 2 | 重构的复合物 two-hybrid |
Biogrid | 7809086 |
| RIN1 | - | Ras and Rab interactor 1 | two-hybrid | Biogrid | 10545207 |
| RIT1 | MGC125864 |MGC125865 |肋骨|RIT |ROC1 | 像RAS一样无CAAX 1 | - | HPRD,BioGRID | 10545207 |
| RIT2 | RIBA | RIN | ROC2 | 像RAS一样无CAAX 2 | - | HPRD | 10545207 |
| rras | - | 相关的RAS病毒（R-RAS）癌基因同源物 | - | HPRD,BioGRID | 7809086 |
| RRAS2 | TC21 | 相关的RAS病毒（R-RAS）癌基因同源物2 | - | HPRD,BioGRID | 11788587 |