基因页：RANBP2

概括?
基因ID 5903
Symbol RANBP2
同义词 adane | ane1 | iiae3 | nup358 | trp1 | trp2
描述 跑binding protein 2
参考 MIM：601181|HGNC：HGNC：9848|Ensembl:ENSG00000153201|HPRD:03111|Vega:OTTHUMG00000130981
基因type protein-coding
地图位置 2q12.3
Pascal P值 0.357
Sherlock P值 0.176
Fetal beta 0.227
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 Ascano FMRP目标

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Nishioka_2013 Genome-wide DNA methylation analysis The authors investigated the methylation profiles of DNA in peripheral blood cells from 18 patients with first-episode schizophrenia (FESZ) and from 15 normal controls. 1
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 Psr: 0.0004
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析（所有样品） PSR：0.00755
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.024

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position 最近的基因 P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg08028004 2 109336023 RANBP2 -0.034 0.25 DMG:Nishioka_2013

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS13023481 chr2 213839772 RANBP2 5903 0.08 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
TEX10 0.95 0.92
KLHL7 0.95 0.92
DDX5 0.95 0.88
HSF2 0.95 0.92
XRN2 0.94 0.89
CEP57 0.94 0.90
NOL11 0.94 0.91
POLR2B 0.94 0.91
ZNF195 0.94 0.89
DHX9 0.94 0.87
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
HLA-F -0.75 -0.82
AIFM3 -0.73 -0.81
MT-CO2 -0.72 -0.87
AF347015.33 -0.72 -0.87
AF347015.31 -0.72 -0.85
AF347015.27 -0.72 -0.86
MT-CYB -0.72 -0.88
hepn1 -0.71 -0.81
TSC22D4 -0.70 -0.81
AF347015.8 -0.70 -0.87

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0003755 肽酰 - 丙酰基传播异构酶活性 IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 16332688|17353931|18394993
GO：0016853 异构酶活性 IEA -
去：0008270 zinc ion binding IEA -
GO:0008536 Ran GTPase binding 塔斯 7603572
GO：0046872 金属离子结合 IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006457 protein folding IEA -
GO:0006511 泛素依赖性蛋白质分解代谢过程 IEA -
GO:0006606 protein import into nucleus 塔斯 7603572
GO:0051028 mRNA transport IEA -
GO:0015031 protein transport IEA -
GO:0046907 细胞内转运 IEA -
去：0065002 细胞内蛋白跨膜转运 IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0005829 cytosol EXP 12228227
GO:0005622 intracellular IEA -
GO:0005634 核 IEA -
GO:0005643 nuclear pore 塔斯 7603572

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
IPO5 DKFZp686O1576 | FLJ43041 | IMB3 | KPNB3 | MGC2068 | RANBP5 Importin 5 - HPRD 9114010
KPNA1 IPOA5 | NPI-1 | RCH2 | SRP1 核桃蛋白α1（importin alpha 5） Reconstituted Complex BioGRID 10473610
KPNB1 IMB1 |IPOB |impnb |MGC2155 |MGC2156 |MGC2157 |NTF97 核桃蛋白（importin）beta 1 - HPRD，Biogrid 10473610
NUP62 DKFZp547L134 | FLJ20822 | FLJ43869 | IBSN | MGC841 | SNDI | p62 nucleoporin 62kDa - HPRD 11266456
OPN1LW CBBM | CBP | RCP opsin 1 (cone pigments), long-wave-sensitive - HPRD，Biogrid 8857542
OPN1MW CBBM | CBD | GCP | MGC176615 | OPN1MW1 Opsin 1（锥体色素），中波敏敏感 - HPRD，Biogrid 8857542
跑 ARA24 |GSP1 |TC4 跑, member RAS oncogene family - HPRD，Biogrid 10318915
跑GAP1 Fug1 | KIAA1835 | MGC20266 | SD Ran GTPase activating protein 1 - HPRD 9019411|11854305
|12192048
SAE1 AOS1 |FLJ3091 |HSPC140 |SUA1 SUMO1 activating enzyme subunit 1 Biochemical Activity BioGRID 11792325
SP100 DKFZp686E07254 | FLJ00340 | FLJ34579 SP100核抗原 Biochemical Activity BioGRID 18691969
SUMO1 DAP-1 | GMP1 | OFC10 | PIC1 | SENP2 | SMT3 | SMT3C | SMT3H3 | SUMO-1 | UBL1 MIF的SMT3抑制器两个3同源物1（S. cerevisiae） Reconstituted Complex BioGRID 12192048
SUMO1 DAP-1 | GMP1 | OFC10 | PIC1 | SENP2 | SMT3 | SMT3C | SMT3H3 | SUMO-1 | UBL1 MIF的SMT3抑制器两个3同源物1（S. cerevisiae） SUMO-1与RANBP2相互作用。 BIND 15608651
TNPO1 IPO2 |kpnb2 |mip |MIP1 |trn 运输1 - HPRD 9144189
UBA2 arx |FLJ13058 |HRIHFB2115 |SAE2 泛素样修饰剂激活酶2 Biochemical Activity BioGRID 11792325
ube2i C358B7.1 |P18 |UBC9 泛素结合酶E2I（UBC9同源物，酵母） Ubc9 interacts with RanBP2. BIND 15608651
ube2i C358B7.1 |P18 |UBC9 泛素结合酶E2I（UBC9同源物，酵母） RanBP2 interacts with Ubc9. BIND 15378033
ube2i C358B7.1 |P18 |UBC9 泛素结合酶E2I（UBC9同源物，酵母） - HPRD，Biogrid 12192048
XPO1 CRM1 | DKFZp686B1823 Exportin 1（CRM1同源物，酵母） - HPRD 10601307
XPOT XPO3 Exportin，tRNA（TRNA的核输出受体） - HPRD 12138183


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID HDAC Classii途径 34 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID HDAC CLASSI PATHWAY 66 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID RANBP2途径 11 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF NON CODING RNA 49 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CELL CYCLE 421 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IFN刺激基因的反应组抗病毒机制 66 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PROCESSING OF CAPPED INTRON CONTAINING PRE MRNA 140 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
成熟转录本向细胞质的反应组传输 54 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome细胞周期有丝分裂 325 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSMEMBRANE TRANSPORT OF SMALL MOLECULES 413 270 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MRNA PROCESSING 161 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
源自内在转录本的成熟mRNA的反应组传输 33 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SLC MEDIATED TRANSMEMBRANE TRANSPORT 241 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome葡萄糖转运 38 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
READEM RNA的代谢 330 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MITOTIC M M G1 PHASES 172 98 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INTERFERON SIGNALING 159 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME DNA REPLICATION 192 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF CARBOHYDRATES 247 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INFLUENZA LIFE CYCLE 203 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NEP NS2 INTERACTS WITH THE CELLULAR EXPORT MACHINERY 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HIV INFECTION 207 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSPORT OF RIBONUCLEOPROTEINS INTO THE HOST NUCLEUS 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome HIV生命周期 125 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome宿主的艾滋病毒因素的相互作用 132 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME LATE PHASE OF HIV LIFE CYCLE 104 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VPR与宿主细胞蛋白的反应组相互作用 33 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
葡萄糖激酶调节蛋白对葡萄糖激酶的反应组调节 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MITOTIC PROMETAPHASE 87 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome免疫系统 933 616 该途径中的所有SZGR 2.0基因
免疫系统中的反应组细胞因子信号传导 270 204 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 1 DN 242 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 2 DN 281 186 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Senese HDAC3靶向 501 327 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE DN 485 334 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAUSSMANN MLL AF4 FUSION TARGETS B UP 26 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUNNE TARGETS OF AML1 MTG8 FUSION DN 19 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 XPCS DN 88 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
XU HGF靶向Akt1 DN抑制 95 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG GLUCOSE DEPRIVATION DN 169 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿尔茨海默氏病dn 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE INCIPIENT DN 165 106 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由Foxp3绑定的Marson未刺激 1229 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Riggins他莫昔芬抵抗DN 220 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
促进耐受巨噬细胞DN 409 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZKI TUMOR INVASIVENESS 3D DN 270 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL SUBOPTIMAL DEBULKING 510 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张TLX目标36小时DN 185 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML与11q23重新排列 351 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SAKAI CHRONIC HEPATITIS VS LIVER CANCER UP 83 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D 882 506 该途径中的所有SZGR 2.0基因
艾布拉姆森与艾尔互动 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
Let-7/98 700 707 1a,m8 HSA-LET-7A脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
HSA-LET-7B脑 UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
HSA-LET-7C脑 ugagguaguagguuguaugguu
HSA-LET-7D脑 agagguaguagguugcauagu
HSA-LET-7E脑 UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU
HSA-LET-7F脑 ugagguagauuguauauaguu
HSA-MIR-98脑 UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU
HSA-LET-7GSZ ugagguaguuguuguacagu
HSA-LET-7I脑 UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU
mir-133 378 384 m8 hsa-miR-133a UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU
hsa-miR-133b uguguccccuucaaccagcua
mir-137 270 277 1a,m8 hsa-miR-137 UAUUGCUUAAGAAUACGCGUAG
mir-142-5p 819 825 1a hsa-miR-142-5p CAUAAAGUAGAAAGCACUAC
mir-153 306 312 1a hsa-miR-153 Uugcauagucacaaaaguga
mir-196 699 705 m8 hsa-miR-196a UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGG
hsa-miR-196b uagguaguucuuguugg
mir-199 194 200 m8 hsa-miR-199a cccaguucagacuaccuguuc
hsa-miR-199b CCCAGUGUUUAGACUAUCUGUUC
mir - 217 835 841 1a HSA-MIR-217 UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAU
miR-221/222 860 866 1a HSA-MIR-221脑 AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC
HSA-MIR-222脑 AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC
mir-377 175 181 1a hsa-miR-377 AUCACACAAAGGCAACUUUUGU
miR-448 305 312 1a,m8 HSA-MIR-448 uugcauauguaggauguccccau
mir-496 114 120 1a hsa-miR-496 AUUACAUGGCCAAUCUC
miR-9 504 510 m8 HSA-MIR-9SZ ucuuuguuaucuagcuguauga