基因页：RAP1A

概括?
GeneID 5906
Symbol RAP1A
同义词 C21KG|G-22K|KREV-1|KREV1|RAP1|SMGP21
描述 Rap1a，Ras Oncogene家族的成员
参考 MIM:179520|HGNC：HGNC：9855|Ensembl:ENSG00000116473|HPRD：01545|Vega:OTTHUMG00000011959
Gene type protein-coding
地图位置 1p13.3
Pascal P值 0.058
Sherlock P值 0.359
Fetal beta -0.359
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
支持 G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSESUS
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSENSUS
g2cdb.humanpsd
G2CDB.HUMANPSP
COMPOSITESET

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 Psr: 0.0235

第一节遗传学和表观遗传学注释

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS12303540 CHR12 132609678 RAP1A 5906 0.16 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
去：0003924 GTPase活性 IEA -
去：0003924 GTPase活性 塔斯 10777492
GO:0005515 protein binding IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 11022048
GO:0005525 GTP结合 IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0007264 small GTPase mediated signal transduction IEA -
GO：0045786 negative regulation of cell cycle IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0005829 cytosol EXP 16284401
GO:0005622 intracellular IEA -
GO:0005886 质膜 IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
APBB1IP inag1 |PREL1 |RARP1 |里亚姆 淀粉样β（A4）前体蛋白结合，族B，成员1相互作用蛋白 - HPRD 15469846
APBB1IP inag1 |PREL1 |RARP1 |里亚姆 淀粉样β（A4）前体蛋白结合，族B，成员1相互作用蛋白 Riam与Rap1互动。 BIND 15469846
Arhgef1 GEF1 | LBCL2 | LSC | P115-RHOGEF | SUB1.5 Rho鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）1 Biochemical Activity BioGRID 12581858
BRAF B-RAF1 | BRAF1 | FLJ95109 | MGC126806 | MGC138284 | RAFB1 V-RAF鼠类肉瘤病毒癌基因同源物B1 Reconstituted Complex BioGRID 10454553
FRAP1 FLJ44809 | FRAP | FRAP2 | MTOR | RAFT1 | RAPT1 FK506结合蛋白12-宽霉素相关蛋白1 Affinity Capture-Western BioGRID 15854902
GABARAPL2 ATG8 | GATE-16 | GATE16 | GEF-2 | GEF2 GABA（A）受体相关蛋白样2 Biochemical Activity BioGRID 12581858
KRIT1 CAM | CCM1 KRIT1, ankyrin repeat containing - HPRD，Biogrid 9285558
MLLT4 AF-6 | AF6 | AFADIN | FLJ34371 | RP3-431P23.3 髓样/淋巴样或混合细胞白血病（果蝇Trithorax同源物）；易位为4 - HPRD，Biogrid 10224125|10922060|10922060
NTRK1 DKFZP781I14186 |MTC |trk |trk1 |trka |p140-trka 神经营养性酪氨酸激酶，受体，1型 Affinity Capture-Western BioGRID 11466412
PDE6D PDED 磷酸二酯酶6D，CGMP特异性，杆，三角洲 - HPRD，Biogrid 11786539
RABAC1 PRA1 | PRAF1 | YIP3 Rab acceptor 1 (prenylated) - HPRD 11335720
RAF1 CRAF | NS5 | Raf-1 | c-Raf V-RAF-1鼠白血病病毒癌基因同源1 Co-crystal Structure
Reconstituted Complex
两个杂交		 BioGRID 7791872|7862125
|9867809|10454553
RAF1 CRAF | NS5 | Raf-1 | c-Raf V-RAF-1鼠白血病病毒癌基因同源1 - HPRD 7791872 | 9867809 | 10454553
拉拉 MGC48949 | RAL V-ral Simian白血病病毒癌基因同源物A（与RAS相关） 两个杂交 BioGRID 11786539
ralgds FLJ20922 | RGF | RalGEF ral guanine nucleotide dissociation stimulator - HPRD，Biogrid 10085114
ralgds FLJ20922 | RGF | RalGEF ral guanine nucleotide dissociation stimulator Rap1A interacts with RalGDS. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between human Rap1A and RalGDS from an unspecified species. BIND 15856025
RAP1GAP KIAA0474 | RAP1GA1 | Rap1GAP1 | rap1GAPII RAP1 GTPase activating protein Biochemical Activity BioGRID 12842888
RAP1GDS1 GDS1 |MGC118859 |MGC118861 |smggds RAP1，GTP-GDP解离刺激器1 - HPRD，Biogrid 11948427
RAPGEF1 C3G | DKFZp781P1719 | GRF2 RAP鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）1 RAP1A与C3G的未指定同工型相互作用。 BIND 15856025
RAPGEF2 cnrasgef |nrapgep |PDZ-GEF1 |PDZGEF1 |ra-gef |RAP-GEP RAP鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）2 Biochemical Activity
Reconstituted Complex		 BioGRID 10934204
RAPGEF3 CAMP-GEFI | EPAC | EPAC1 | HSU79275 | MGC21410 | bcm910 RAP鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）3 Biochemical Activity BioGRID 10777494
RAPGEF3 CAMP-GEFI | EPAC | EPAC1 | HSU79275 | MGC21410 | bcm910 RAP鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）3 RAP1A与EPAC1相互作用。 BIND 15856025
RAPGEF4 营地|CGEF2 |epac2 |NBLA00496 RAP鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）4 Biochemical Activity BioGRID 10777494
RAPGEF4 营地|CGEF2 |epac2 |NBLA00496 RAP鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）4 RAP1A与EPAC2相互作用。这种相互作用是建立在人RAP1A和小鼠EPAC2之间的相互作用上的模型。 BIND 15856025
RAPGEF5 GFR | KIAA0277 | MR-GEF | REPAC RAP鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）5 RAP1A与REPAC互动。 BIND 15856025
RAPGEF5 GFR | KIAA0277 | MR-GEF | REPAC RAP鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）5 Biochemical Activity BioGRID 10777494|10934204
RAPGEF6 DKFZP667N084 |DKFZP686I15116 |KIA001LB |PDZ-GEF2 |PDZGEF2 |RA-GEF-2 RAP鸟嘌呤核苷酸交换因子（GEF）6 - HPRD，Biogrid 11524421|12581858
rasa1 CM-AVM |cmavm |DKFZP434N071 |差距|pkws |拉萨|rasgap |P120GAP |P120RASGAP Ras P21蛋白激活剂（GTPase激活蛋白）1 体内 BioGRID 2164710
RASGRP4 - Ras鸟甘释放蛋白4 - HPRD 11880369
RASIP1 FLJ20401 | RAIN RAS相互作用蛋白1 - HPRD 15031288
RGL4 MGC119678 |MGC119680 |RGR 拉尔鸟嘌呤核苷酸解离刺激剂样4 - HPRD，Biogrid 12874025
RGS14 - regulator of G-protein signaling 14 - HPRD，Biogrid 10926822
RHEB MGC111559 |Rheb2 Ras homolog enriched in brain Affinity Capture-Western BioGRID 15854902
rundc3a RAP2IP | RPIP8 运行包含3A的域 Reconstituted Complex BioGRID 9523700
TSC2 FLJ43106 |林|TSC4 结节硬化2 Affinity Capture-Western
Co-purification		 BioGRID 12147258|12842888


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG MAPK SIGNALING PATHWAY 267 205 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG CHEMOKINE SIGNALING PATHWAY 190 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG FOCAL ADHESION 201 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG LEUKOCYTE TRANSENDOTHELIAL MIGRATION 118 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg长期增强 70 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG神经营养蛋白信号传导途径 126 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG RENAL CELL CARCINOMA 70 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA INTEGRIN PATHWAY 38 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta遇到了途径 37 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ST ERK1 ERK2 MAPK PATHWAY 32 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID TCR PATHWAY 66 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID遇到了路径 80 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID EPHB FWD PATHWAY 40 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
pid reelin途径 29 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NECTIN PATHWAY 30 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID RET PATHWAY 39 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CD8 TCR PATHWAY 53 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID PI3KCI PATHWAY 49 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID Ecadherin新生AJ途径 39 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID AMB2中性粒细胞途径 41 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IFNG途径 40 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID PDGFRB途径 129 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID TRKR途径 62 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID EPO PATHWAY 34 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID MAPK TRK途径 34 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID FAK PATHWAY 59 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NGF的Reactome信号传导 217 167 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome Arms介导的激活 17 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PROLONGED ERK ACTIVATION EVENTS 19 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome NGF信号通过TRKA从质膜发出 137 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SIGNALLING TO ERKS 36 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INTEGRIN CELL SURFACE INTERACTIONS 79 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME集成ENERGY METABOLISM 120 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME P130CAS LINKAGE TO MAPK SIGNALING FOR INTEGRINS 15 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome GRB2 SOS提供了与Intergrins的MAPK信号的联系 15 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INTEGRIN ALPHAIIB BETA3 SIGNALING 27 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
胰岛素分泌的反应组调节BY GLUCAGON LIKE PEPTIDE1 43 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
胰岛素分泌的反应组调节 93 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME RAP1 SIGNALLING 17 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PLATELET AGGREGATION PLUG FORMATION 36 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组止血 466 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome免疫系统 933 616 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ADAPTIVE IMMUNE SYSTEM 539 350 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PLATELET ACTIVATION SIGNALING AND AGGREGATION 208 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WATANABE RECTAL CANCER RADIOTHERAPY RESPONSIVE UP 108 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
刘前列腺癌DN 481 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Borczuk恶性间皮瘤 305 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 3D DN 31 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 8D DN 205 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUP98 HOXA9 Fusion 10D DN的Takeda目标 142 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 16D DN 143 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLII融合的Kinsey目标 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim WT1目标12小时DN 209 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED DN 805 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlosser血清反应DN 712 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schramm Inhba目标DN 24 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Nanog目标 988 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEART HDAC PROLIFERATION CLUSTER UP 57 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MAGRANGEAS MULTIPLE MYELOMA IGG VS IGA DN 26 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG GLUCOSE DEPRIVATION DN 169 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MLL AF9融合的Kumar目标 405 264 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21目标2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
dazard对紫外线nhek的反应 244 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YIH RESPONSE TO ARSENITE C3 36 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHENG BOUND BY FOXP3 491 310 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO METHYLATED IN LIVER CANCER DN 940 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI PSEUDOPODIA HAPTOTAXIS UP 518 299 该途径中的所有SZGR 2.0基因
gregory合成致死与伊马替尼 145 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CTBP1和SATB1 DN的Purbey目标 180 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOSCO过敏原诱导TH2相关模块 151 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-1/206 72 78 1a HSA-MIR-1 Uggaauguaaagaaguaugua
HSA-MIR-206SZ UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG
HSA-MIR-613 aggaauguucuuugcc
mir-149 23 30 1a,m8 HSA-MIR-149脑 UCUGGCUCCGUGUCUUCACUCC
mir-19 154 161 1a,m8 HSA-MIR-19a ugugcaaauaugauaugaaaacuga
HSA-MIR-19b ugugcaaauccaugcaaaacuga
mir-203.1 299 305 1a HSA-MIR-203 UGAAAUGUUUAGGACCACUAG
mir-23 127 133 1a hsa-miR-23a脑 aucacauugccagggauucc
hsa-miR-23b脑 aucacauugccagggauuacc
hsa-miR-23a脑 aucacauugccagggauucc
hsa-miR-23b脑 aucacauugccagggauuacc
mir-24 21 28 1a,m8 HSA-MIR-24SZ UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG
miR-25/32/92/363/367 229 235 1a HSA-MIR-25脑 CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA
HSA-MIR-32 UAUUGCACAUUACUAAGUUGC
HSA-MIR-92 uauugcacuugucccgcgcug
hsa-miR-367 AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA
HSA-MIR-92BSZ UAUUGCACUCGUCCCGGCCUC
mir-26 260 266 m8 hsa-miR-26a脑 Uucaaguaauccaggauaggc
hsa-miR-26bSZ uucaaguaauucaggauagguu
miR-299-5p 628 634 1a HSA-MIR-299-5P UGGUUUACCGUCCCACAUACAU
miR-320 677 683 m8 HSA-MIR-320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA
mir-324-5p 294 300 1a HSA-MIR-324-5p CGCAUCCCCUAGGGCAUUGGUGU
miR-330 544 550 m8 HSA-MIR-330脑 GCAAAGCACGGCCUGCAGAGA
miR-410 118 124 1a HSA-MIR-410 AAUAUAACACAGAUGGCCUGU
miR-433-3p 355 361 m8 HSA-MIR-433脑 AUCAUGAUGGGCUCCUCGGUGU
miR-539 219 225 m8 HSA-MIR-539 ggagaauuauccuuggugugu
miR-543 306 312 1a HSA-MIR-543 AAACAUUCGCGGUGCACUUCU