基因页：rarg
Summary？
| 基因 | 5916 |
| 象征 | rarg |
| Synonyms | NR1B3 | RARC |
| Description | 视黄酸受体伽马 |
| 参考erence | MIM:180190|HGNC：HGNC：9866|ENSEMBL：ENSG00000172819|HPRD：01573|Vega：Otthumg0000000048077 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 12Q13 |
| Pascal P值 | 0.013 |
| TADA P值 | 0.001 |
| 胎儿β | -1.111 |
| DMG | 1(# studies) |
| 主持人 | Myers' cis & trans 元 |
| 支持 | CompositeSet |
基因in Data Sources
| 基因集名称 | 基因组方法 | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| DNM：XU_2012 | 整个外显子组测序分析 | 在这项研究中，通过795个样品的外显子组测序鉴定了4个基因的从头突变 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
DNM表
DNM表| 基因 | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rarg | CHR12 | 53608241 | t | 一个 | NM_000966 NM_001042728 NM_001243730 NM_001243731 NM_001243732 |
p.209K>* p.198k>* p.137k>* p.88k>* p.187k>* |
废话 废话 废话 废话 废话 |
Schizophrenia | DNM：XU_2012 |
差异甲基化基因
| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG27364319 | 12 | 53626837 | rarg | 9.92e-5 | -0.378 | 0.028 | DMG：Wockner_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs16955618 | CHR15 | 29937543 | rarg | 5916 | 0.14 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| PDE6C | 0.50 | 0.29 |
| t一个S2R4 | 0.50 | 0.41 |
| CILP | 0.50 | 0.44 |
| TAS2R48 | 0.50 | 0.43 |
| NAT8 | 0.49 | 0.39 |
| TGM1 | 0.48 | 0.41 |
| PLA2G4B | 0.48 | 0.39 |
| mst1r | 0.48 | 0.42 |
| AC034236.3 | 0.47 | 0.36 |
| SLC4A5 | 0.47 | 0.45 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| ifi27 | -0.28 | -0.37 |
| rras | -0.28 | -0.37 |
| ITM2A | -0.28 | -0.35 |
| GNG11 | -0.27 | -0.38 |
| 一个BCG2 | -0.27 | -0.36 |
| RP11-884K10.1 | -0.27 | -0.36 |
| TM4SF18 | -0.27 | -0.33 |
| MT-CO2 | -0.26 | -0.34 |
| C1orf64 | -0.26 | -0.28 |
| S100A4 | -0.26 | -0.35 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0003700 | 转录factor activity | IEA | - | |
| GO:0003707 | 类固醇激素受体活性 | IEA | - | |
| GO:0003708 | 视黄酸受体活性 | t一个S | 2157970 | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 10428834 | |
| 去：0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
| GO：0046872 | metal ion binding | IEA | - | |
| 去：0046965 | retinoid X receptor binding | ISS | - | |
| GO：0043565 | sequence-specific DNA binding | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0000122 | RNA聚合酶II启动子的转录负调控 | ISS | - | |
| 去：0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
| 去：0006350 | 转录 | IEA | - | |
| GO:0008285 | 细胞增殖的阴性调节 | ISS | - | |
| 去：0008361 | 细胞尺寸调节 | t一个S | 18438858 | |
| GO：0048048 | 胚胎的形态发生 | IEA | - | |
| 去：0007275 | multicellular organismal development | t一个S | 2157970 | |
| GO:0043065 | 凋亡的阳性调节 | IEA | - | |
| GO：0048384 | 视黄酸受体信号通路 | 艾达 | 17943189 | |
| GO：0032526 | 对视黄酸的反应 | 艾达 | 17943189 | |
| GO:0035116 | 胚胎后肢形态发生 | ISS | - | |
| GO：0045944 | RNA聚合酶II启动子的转录阳性调节 | IEA | - | |
| GO：0060070 | Wnt receptor signaling pathway through beta-catenin | t一个S | 18484682 | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | nucleus | IEA | - | |
| 去：0005667 | 转录因子复合物 | IEA | - | |
| GO：0016021 | 膜不可或缺 | nas | 17943189 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-124/506 | 657 | 663 | M8 | HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
| HSA-MIR-124brain | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga | ||||
| HSA-MIR-124brain | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| mir-142-3p | 711 | 718 | 1A，M8 | HSA-MIR-142-3P | UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA |
| miR-182 | 132 | 139 | 1A，M8 | HSA-MIR-182 | uuuggcaaugguagaacucaca |
| HSA-MIR-182 | uuuggcaaugguagaacucaca | ||||
| mir-24 | 410 | 416 | M8 | hsa-miR-24SZ | uggcucucagagcaggaagag |
| mir-30-5p | 1028 | 1035 | 1A，M8 | HSA-MIR-30A-5P | uguaaaacauccuccugagaag |
| hsa-miR-30cbrain | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
| hsa-miR-30dSZ | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30bSZ | uguaaacauccuaccucucagcu | ||||
| hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
| HSA-MIR-30A-5P | uguaaaacauccuccugagaag | ||||
| hsa-miR-30cbrain | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
| hsa-miR-30dSZ | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
| hsa-miR-30bSZ | uguaaacauccuaccucucagcu | ||||
| hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
| mir-326 | 822 | 828 | M8 | hsa-miR-326 | CCUCUGGGCCCUUCCUCCAG |
| mir-331 | 884 | 890 | M8 | hsa-miR-331brain | gccccugggccuauccuagaa |
| miR-34/449 | 273 | 279 | M8 | hsa-miR-34abrain | uggcaguguuaguguguuuu |
| hsa-miR-34c | Aggcaguguaguagcugauugc | ||||
| hsa-miR-449 | UGGCAGUGUAUUGUUAGCUGGU | ||||
| HSA-MIR-449B | Aggcaguguauuguuagcuggc | ||||
| mir-96 | 133 | 139 | 1a | HSA-MIR-96brain | uuuggcacuagcacauuuuugc |
| HSA-MIR-96brain | uuuggcacuagcacauuuuugc | ||||