基因页：RBBP6

概括?
基因ID 5930
Symbol RBBP6
同义词 my038 | p2p-r | pact | rbq-1 | snama
描述 视网膜母细胞瘤结合蛋白6
参考 MIM:600938|HGNC:HGNC:9889|ENSEMBL：ENSG00000122257|HPRD:02964|Vega：Otthumg0000000096991
基因type protein-coding
地图位置 16p12.2
Pascal P值 0.015
Fetal beta 0.885
DMG 2 (# studies)
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Nishioka_2013 Genome-wide DNA methylation analysis The authors investigated the methylation profiles of DNA in peripheral blood cells from 18 patients with first-episode schizophrenia (FESZ) and from 15 normal controls. 3
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 3
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） PSR：0.01775

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg05920643 16 24552079 RBBP6 2.747E-4 -0.539 0.038 DMG:Wockner_2014
cg27501380 16 24551577 RBBP6 -0.028 0.3 DMG:Nishioka_2013
CG16050957 16 24550743 RBBP6 -0.029 0.39 DMG:Nishioka_2013

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
rs16829545 chr2 151977407 RBBP6 5930 6.838e-5 trans
rs10491487 chr5 80323367 RBBP6 5930 0.01 trans
rs11115542 chr12 83419258 RBBP6 5930 0.09 trans
RS10862560 chr12 83419667 RBBP6 5930 0.17 trans
rs2403055 chr12 83421514 RBBP6 5930 0.17 trans
RS16955618 chr15 29937543 RBBP6 5930 6.414e-5 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
SMARCA5 0.92 0.91
CDC73 0.87 0.88
STAG2 0.86 0.88
ARL13B 0.86 0.83
NARG2 0.85 0.82
TMX1 0.84 0.76
SFRS2IP 0.84 0.81
PPIL4 0.84 0.84
HAUS6 0.84 0.84
RAD21 0.84 0.83
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
CXCL14 -0.53 -0.66
IFI27 -0.51 -0.65
MT-CO2 -0.51 -0.62
AF347015.31 -0.50 -0.62
FXYD1 -0.50 -0.62
增强 -0.49 -0.64
MYL3 -0.49 -0.60
AF347015.21 -0.48 -0.59
higd1b -0.48 -0.61
AC018755.7 -0.47 -0.58

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0003676 nucleic acid binding IEA -
GO:0005515 protein binding 塔斯 8595913
去：0004842 ubiquitin-protein ligase activity IEA -
GO:0008270 zinc ion binding IEA -
GO:0046872 金属离子结合 IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0016567 protein ubiquitination IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0000151 ubiquitin ligase complex IEA -
GO:0005634 核 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
LIU SOX4 TARGETS DN 309 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAZDA DIAMOND BLACKFAN ANEMIA MYELOID DN 38 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
THUM SYSTOLIC HEART FAILURE DN 244 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BORCZUK MALIGNANT MESOTHELIOMA DN 104 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王攀登目标DN 186 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ginestier乳腺癌Znf217扩增DN 335 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARGALOVIC应对氧化磷脂上杉达也TYELLOW UP 11 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARGALOVIC RESPONSE TO OXIDIZED PHOSPHOLIPIDS BLUE UP 136 80 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hoebeke淋巴干细胞向上 95 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Odonnell TFRC靶向 456 228 该途径中的所有SZGR 2.0基因
周炎性反应lps up 431 237 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOZGIT ESR1 TARGETS DN 781 465 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Vanharanta子宫肌瘤带有7Q删除 67 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HATADA METHYLATED IN LUNG CANCER UP 390 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS UP 1037 673 该途径中的所有SZGR 2.0基因
里克曼转移 344 180 该途径中的所有SZGR 2.0基因
gotzmann上皮到间充质过渡 69 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEN NEUROBLASTOMA COPY NUMBER GAINS 50 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORSAM HOXA9 TARGETS DN 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PENG RAPAMYCIN RESPONSE DN 245 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
彭谷氨酰胺剥夺DN 337 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PARK HSC MARKERS 44 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STONER ESOPHAGEAL CARCINOGENESIS DN 7 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KUMAR TARGETS OF MLL AF9 FUSION 405 264 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE INCIPIENT UP 390 242 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21目标2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 8HR UP 105 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL 254 164 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAYO AGING MUSCLE DN 123 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MMS MOUSE LYMPH HIGH 4HRS UP 36 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEBIASI APOPTOSIS BY REOVIRUS INFECTION DN 287 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR DN 911 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR DN 1011 592 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHENG BOUND BY FOXP3 491 310 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伽马和紫外线辐射受kyng DNA损伤 88 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG DNA DAMAGE UP 226 164 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS UP 673 430 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez TP53目标DN 593 372 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS DN 591 366 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DE YY1 TARGETS DN 92 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MITSIADES RESPONSE TO APLIDIN DN 249 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEN HOXA5 TARGETS 9HR UP 223 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIN NPAS4 TARGETS UP 163 100 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Jison Sickle细胞疾病DN 181 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML与T 9 11易位 130 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
钱德兰转移 221 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 4HR UP 55 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
卡mir302a目标 77 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILANGES SERUM AND RAPAMYCIN SENSITIVE GENES 68 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-103/107 106 112 1A HSA-MIR-103脑 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA
HSA-MIR-107脑 agcagcauuguacgggcuauca
mir-142-5p 155 161 1A hsa-miR-142-5p CAUAAAGUAGAAAGCACUAC
mir-15/16/195/424/497 123 129 m8 hsa-miR-15a脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
hsa-miR-15b脑 uagcagcacaucaugguuaca
hsa-miR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
miR-224 20 26 1A HSA-MIR-224 CAAGUCACUAGUGGUUCCGUUUA
miR-320 153 159 1A HSA-MIR-320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA
mir-496 60 66 1A hsa-miR-496 AUUACAUGGCCAAUCUC
mir-93.hd/291-3p/294/295/302/372/373/520 110 116 1A hsa-miR-93脑 AAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG
HSA-MIR-302A UAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGA
HSA-MIR-302B uaagugcuuccauguuuaguag
HSA-MIR-302C UAAGUGCUUCCAUGUUUCAGUGG
HSA-MIR-302D UAAGUGCUUCCAUGUUUGAGUGU
hsa-miR-372 AAAGUGCUGCGACAUUUGAGCGU
hsa-miR-373 GAAGUGCUUCGAUUUUGGGGUGU
hsa-miR-520e AAAGUGCUUCCUUUUUGAGGG
HSA-MIR-520A aaagugcuucccuuguggugu
HSA-MIR-520B AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGG
HSA-MIR-520C AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGGUU
HSA-MIR-520D AAAGUGCUUCUCUUUGGUGGGUU