SZGR2 - Beplay体育中心

概括?

GeneID	5932
Symbol	RBBP8
同义词	COM1\|CTIP\|JWDS\|RIM\|SAE2\|SCKL2
描述	视网膜细胞瘤结合蛋白8
参考	MIM：604124\|HGNC:HGNC:9891\|Ensembl:ENSG00000101773\|HPRD:04990\|Vega:OTTHUMG00000131769
Gene type	protein-coding
Map location	18Q11.2
Pascal p-value	0.053
Sherlock P值	0.433
Fetal beta	0.351
DMG	1（＃研究）
eGene	Cerebellar Hemisphere Cerebellum 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因

Gene set name	Method of gene set	描述	Info
CV:PGCnp	Genome-wide Association Study	GWAS
DMG:Jaffe_2016	Genome-wide DNA methylation analysis	This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05.	1

第一节遗传学和表观遗传学注释

Differentially methylated gene

Probe	Chromosome	Position	Nearest gene	P (dis)	beta（dis）	FDR (dis)	Study
cg15770728	18	20513120	RBBP8	7.93E-10	-0.013	1.04E-6	DMG:Jaffe_2016

eQTL annotation

SNP ID	Chromosome	Position	eGene	Gene Entrez ID	pvalue	qvalue	TSS distance	eQTL type
RS4854166	chr2	3297005	RBBP8	5932		0.17		trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors	Aliases B	Official full name B	Experimental	资源	PubMed ID
AATF	Che-1 \|che1 \|ded	apoptosis antagonizing transcription factor	-	HPRD	10783144
ATM	AT1 \| ATA \| ATC \| ATD \| ATDC \| ATE \| DKFZp781A0353 \| MGC74674 \| TEL1 \| TELO1	ataxia telangiectasia mutated	Affinity Capture-Western Protein-peptide Reconstituted Complex	BioGRID	10608806\|10910365
BARD1	-	BRCA1 associated RING domain 1	-	HPRD，Biogrid	10764811
BRCA1	BRCAI \| BRCC1 \| IRIS \| PSCP \| RNF53	breast cancer 1, early onset	-	HPRD	9738006\|10196224
BRCA1	BRCAI \| BRCC1 \| IRIS \| PSCP \| RNF53	breast cancer 1, early onset	Affinity Capture-Western Protein-peptide Reconstituted Complex 两个杂交	BioGRID	9738006\|9811458 \|10196224\|10764811 \|10910365\|11689934 \|14578343
BRCA1	BRCAI \| BRCC1 \| IRIS \| PSCP \| RNF53	breast cancer 1, early onset	BRCA1 interacts with CtIP.	BIND	9811458
C17orf28	DMC1 \| FLJ43526	chromosome 17 open reading frame 28	两个杂交	BioGRID	16189514
CTBP1	BARS \| MGC104684	C-terminal binding protein 1	-	HPRD	9535825\|11313276
CTBP1	BARS \| MGC104684	C-terminal binding protein 1	Affinity Capture-Western in vitro in vivo Reconstituted Complex 两个杂交	BioGRID	9535825\|10196224
FXR2	FMR1L2	脆弱的X心理迟缓，常染色体同源物2	两个杂交	BioGRID	16189514
IKZF1	Hs.54452 \| IK1 \| IKAROS \| LYF1 \| PRO0758 \| ZNFN1A1 \| hIk-1	IKAROS family zinc finger 1 (Ikaros)	-	HPRD，Biogrid	11959865
IKZF3	AIO \| AIOLOS \| ZNFN1A3	IKAROS family zinc finger 3 (Aiolos)	-	HPRD	12015313
LIMS1	捏\|Pinch1	LIM and senescent cell antigen-like domains 1	两个杂交	BioGRID	16189514
LMO2	RBTN2 \| RBTNL1 \| RHOM2 \| TTG2	Lim域仅2（菱形素状1）	The LIM domain protein LMO2 interacts with the cofactor CtIP. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between mouse LMO2 and humanCtIP proteins	BIND	11751867
LMO2	RBTN2 \| RBTNL1 \| RHOM2 \| TTG2	Lim域仅2（菱形素状1）	-	HPRD	11751867
LMO4	-	LIM domain only 4	-	HPRD，Biogrid	11751867
LMO4	-	LIM domain only 4	LMO4interacts with CtIP.	BIND	11751867
PIN1	DOD \| UBL5	peptidylprolyl cis/trans isomerase, NIMA-interacting 1	两个杂交	BioGRID	16189514
PRKDC	DNA-PKcs \| DNAPK \| DNPK1 \| HYRC \| HYRC1 \| XRCC7 \| p350	蛋白激酶，DNA激活，催化多肽	Protein-peptide	BioGRID	10608806
RB1	OSRC \| RB \| p105-Rb \| pRb \| pp110	retinoblastoma 1	-	HPRD，Biogrid	9721205
RBBP8	CTIP \| RIM	视网膜细胞瘤结合蛋白8	Affinity Capture-Western Reconstituted Complex	BioGRID	15084581
RBL1	CP107 \|MGC40006 \|prb1 \|P107	retinoblastoma-like 1 (p107)	-	HPRD，Biogrid	9721205
RBL2	FLJ26459 \| P130 \| Rb2	retinoblastoma-like 2 (p130)	-	HPRD，Biogrid	9721205
RBL2	FLJ26459 \| P130 \| Rb2	retinoblastoma-like 2 (p130)	-	HPRD	9721205\|10449734
SIAH1	FLJ08065 \| HUMSIAH \| Siah-1 \| Siah-1a \| hSIAH1	缺席同源物1（果蝇）中有七个	Affinity Capture-Western Reconstituted Complex 两个杂交	BioGRID	14654780
SIAH2	hSiah2	缺席同源物2（果蝇）中有七个	Reconstituted Complex	BioGRID	14654780
TGIF2	-	TGFB诱导的因子同型2	-	HPRD	11427533
WDYHV1	C8orf32 \|FLJ10204	WDYHV motif containing 1	两个杂交	BioGRID	16189514

V.途径注释

Pathway name	Pathway size	＃szgr 2.0基因	Info
BIOCARTA ATM PATHWAY	20	16	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NOTCH PATHWAY	59	49	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID E2F PATHWAY	74	48	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID ATM PATHWAY	34	25	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID BARD1途径	29	19	该途径中的所有SZGR 2.0基因
pid his hey pathway	48	39	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MEIOSIS	116	81	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MEIOTIC RECOMBINATION	86	62	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENGUPTA NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP	294	178	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP	1382	904	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEURIG T移动电话L PROLYMPHOCYTIC LEUKEMIA UP	368	234	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 1 UP	380	236	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN	1375	806	该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德里格甲状腺癌的分化不佳	633	376	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP	722	443	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE DN	485	334	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELYS THYROID CANCER UP	443	294	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP	584	356	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KONG E2F3 TARGETS	97	58	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER APOCRINE VS LUMINAL	326	213	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER APOCRINE VS BASAL	330	217	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BREAST CANCER LIT INT NETWORK	101	73	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA XPRSS INT NETWORK	168	103	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK	1652	1023	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA2 PCC NETWORK	423	265	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK	1442	892	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK	779	480	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA CENTERED NETWORK	117	72	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES 1	379	235	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS	775	494	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH CYCLING GENES	648	385	该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAUFFMANN DNA REPAIR GENES	230	137	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEOK RESPONSE TO MERCAPTOPURINE DN	22	15	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Takao对UVB辐射DN的响应	98	67	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHENG RESPONSE TO NICKEL ACETATE	45	29	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SESTO RESPONSE TO UV C5	46	36	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性1	528	324	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性4	307	185	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS DN	543	317	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez TP53目标DN	593	372	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS DN	591	366	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Massarweh他莫昔芬抵抗DN	258	160	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH RESPONSE TO ESTRADIOL	61	47	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DE YY1 TARGETS DN	92	64	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG BREAST CANCER PROGENITORS UP	425	253	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHUNG BLISTER CYTOTOXICITY UP	134	84	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 36HR DN	185	116	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR DN	277	166	该途径中的所有SZGR 2.0基因
张TLX目标DN	89	50	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI PSEUDOPODIA HAPTOTAXIS UP	518	299	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC	1103	714	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITFIELD CELL CYCLE S	162	86	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS BOUND BY PML RARA FUSION	456	287	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHICAS RB1 TARGETS SENESCENT	572	352	该途径中的所有SZGR 2.0基因
国外RB1增长目标	243	155	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 6HR UP	229	149	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 24HR UP	324	193	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY TARGETS OF CTBP1 NOT SATB1 UP	344	215	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU CELL CYCLE GENES IN IR RESPONSE 24HR	128	73	该途径中的所有SZGR 2.0基因

Gene Page:RBBP8