基因页：RBMS1

概括?
GeneID 5937
Symbol RBMS1
同义词 C2orf12|HCC-4|MSSP|MSSP-1|MSSP-2|MSSP-3|SCR2|YC1
描述 RNA binding motif, single stranded interacting protein 1
参考 MIM:602310|HGNC：HGNC：9907|Ensembl:ENSG00000153250|HPRD:03814|Vega：Otthumg00000132031
Gene type protein-coding
地图位置 2q24.2
Pascal P值 0.497
Sherlock P值 0.756
Fetal beta -0.979
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 2
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析（所有样品） Psr: 0.02395

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg03157115 2 161265247 RBMS1 9.47E-5 -0.503 0.027 DMG:Wockner_2014
cg17824540 2 161260031 RBMS1 2.873E-4 -0.312 0.039 DMG:Wockner_2014

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS2495630 chrX 117859253 RBMS1 5937 0.13 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0003677 DNA binding IEA -
去:0003690 double-stranded DNA binding NAS 7838710
去:0003690 double-stranded DNA binding 塔斯 7838710
GO:0003697 single-stranded DNA binding NAS 7838710
GO:0003697 single-stranded DNA binding 塔斯 7838710
去：0003723 RNA binding IEA -
去：0003723 RNA binding NAS 8041632
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006396 RNA processing 塔斯 8041632
GO:0006260 DNA replication NAS 7838710
GO:0006260 DNA replication 塔斯 7838710
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005575 cellular_component ND -
GO:0005634 核 IEA -
GO:0005634 核 NAS 7838710

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
LIU PROSTATE CANCER DN 481 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONKEN UVEAL MELANOMA UP 783 507 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAZDA DIAMOND BLACKFAN ANEMIA ERYTHROID DN 493 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FULCHER INFLAMMATORY RESPONSE LECTIN VS LPS DN 463 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CASORELLI ACUTE PROMYELOCYTIC LEUKEMIA UP 177 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS BASAL DN 455 304 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Doane对雄激素DN的反应 241 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VECCHI GASTRIC CANCER ADVANCED VS EARLY UP 175 120 该途径中的所有SZGR 2.0基因
奥斯曼膀胱癌 404 246 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAPASPYRIDONOS UNSTABLE ATEROSCLEROTIC PLAQUE UP 52 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 6HR DN 167 100 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAMUNYOKOLI OVARIAN CANCER LMP DN 199 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
悍马皮肤癌进展 88 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 COMMON DN 483 336 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Simbulan UV响应正常DN 33 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT DELAYED EARLY GENES 18 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT EGF RESPONSE 240 HELA 60 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
考夫曼DNA复制基因 147 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
弗莱赫纳活检肾脏移植被拒绝vs ok up 87 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UEDA PERIFERAL CLOCK 169 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Flechner活检肾脏移植OK vs供体DN 25 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YU MYC TARGETS DN 55 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
皮肤伤口dn的嗜中性粒细胞 225 163 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nguyen Notch1靶向DN 86 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS MATURE CELL 293 160 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHLINGEMANN SKIN CARCINOGENESIS TPA UP 42 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEBIASI APOPTOSIS BY REOVIRUS INFECTION UP 314 201 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 10HR DN 56 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21目标2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 48HR DN 504 323 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU CMV 8 HR DN 53 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV RESPONSE CLUSTER D7 40 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线高剂量DN 312 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhu CMV全部DN 128 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 11 57 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV LOW DOSE DN 67 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV RESPONSE CLUSTER D8 40 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG SMARCE1 TARGETS UP 280 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染12小时DN 101 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Riggins他莫昔芬抵抗DN 220 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS UP 673 430 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ TP53 TARGETS UP 602 364 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS UP 601 369 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mitsiades对aplidin的反应 439 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌萧述三腔的DN 564 326 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER NORMAL LIKE UP 476 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANTVEER BREAST CANCER ESR1 DN 240 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN MULTIPLE MYELOMA HP DN 47 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
li诱导了自然杀手 307 182 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STAMBOLSKY RESPONSE TO VITAMIN D3 UP 84 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Verhaak胶质母细胞瘤间充质 216 130 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应24小时DN 505 328 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS UP 504 321 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 1 DN 63 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Johnstone Parvb目标3 DN 918 550 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE LATE 1137 655 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PASINI SUZ12 TARGETS DN 315 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D 882 506 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GUO TARGETS OF IRS1 AND IRS2 98 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Holleman vincristine抗性B 38 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOLLEMAN VINCRISTINE RESISTANCE ALL UP 27 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang 1类由EGF瞬时诱导 516 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG CLASS 3 TRANSIENTLY INDUCED BY EGF 222 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY 1725年 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang EGF间隔DN 214 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-124.1 606 613 1A,m8 hsa-miR-124a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
mir-124/506 606 612 1A HSA-MIR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-129-5p 286 293 1A,m8 hsa-miR-129脑 CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC
hsa-miR-129-5p CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCU
miR-141/200a 516 522 m8 hsa-miR-141 UAACACUGUCUGGUAAAGAUGG
HSA-MIR-200A uaacacugucuguguguguaaacgaugu
mir-19 103 110 1A,m8 hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b ugugcaaauccaugcaaaacuga
miR-219 53 59 1A HSA-MIR-219脑 ugauuguccaaacgcaauucu
miR-330 670 677 1A,m8 HSA-MIR-330脑 GCAAAGCACGGCCUGCAGAGA
miR-342 2 8 1A HSA-MIR-342脑 UCUCACACAGAAAUCGCACCCGUC
mir-376 590 597 1A,m8 hsa-miR-376a AUCAUAGAGGAAAAUCCACGU
hsa-miR-376b aucauagaaaaauccauguu
mir-377 569 575 1A hsa-miR-377 AUCACACAAAGGCAACUUUUGU
hsa-miR-377 AUCACACAAAGGCAACUUUUGU
mir-383 68 75 1A,m8 hsa-miR-383脑 AGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU
mir-384 85 91 1A hsa-miR-384 AUUCCUAGAAAUUGUUCAUA
miR-450 286 292 1A HSA-MIR-450 UUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUA
mir-485-3p 432 439 1A,m8 HSA-MIR-485-3P GUCAUACACGGCUCUCCUCUCU
mir-494 632 638 1A hsa-miR-494脑 UGAAACAUACACGGGAAACCUCUU
miR-500 173 179 m8 HSA-MIR-500 AUGCACCUGGGCAAGGAUUCUG