基因页：RDX

概括?
基因ID 5962
Symbol RDX
同义词 DFNB24
描述 radixin
参考 MIM:179410|HGNC：HGNC：9944|ENSEMBL：ENSG00000137710|HPRD：01534|Vega:OTTHUMG00000166574
基因type protein-coding
地图位置 11Q23
Pascal P值 0.547
Sherlock P值 0.401
度p-value DEG：Zhao_2015:p=3.25e-04:q=0.0924
Fetal beta 1.38
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DEG：Zhao_2015 RNA测序分析 Transcriptome sequencing and genome-wide association analyses reveal lysosomal function and actin cytoskeleton remodeling in schizophrenia and bipolar disorder.
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.006
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
rs1076773 chr1 37136422 RDX 5962 0.17 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
AC097382.4 0.85 0.86
YY1 0.82 0.85
ZBTB9 0.81 0.83
SNIP1 0.81 0.84
POLR1B 0.81 0.83
CSTF2T 0.81 0.81
KLHL20 0.81 0.83
CRK 0.81 0.85
AGPAT6 0.81 0.83
AP003115.1 0.81 0.82
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
MT-CO2 -0.68 -0.76
AF347015.31 -0.67 -0.75
FXYD1 -0.65 -0.72
AF347015.27 -0.65 -0.73
MT-CYB -0.63 -0.72
AF347015.33 -0.63 -0.69
AF347015.21 -0.63 -0.74
IFI27 -0.63 -0.68
AF347015.8 -0.63 -0.73
higd1b -0.62 -0.71

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0003779 肌动蛋白结合 IEA -
GO:0005198 结构分子活性 IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007605 sensory perception of sound IEA -
GO:0051016 barbed-end actin filament capping IEA -
GO：0030033 微绒毛生物发生 IEA -
GO:0045176 apical protein localization IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0030175 filopodium IEA axon (GO term level: 5) -
去：0001726 荷叶边 IEA -
GO:0005856 cytoskeleton IEA -
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO:0030027 薄片 IEA -
GO:0005886 质膜 IEA -
GO:0019898 外膜到膜 IEA -
GO:0032420 stereocilium IEA -
GO:0045177 apical part of cell IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
ABCC2 ABC30 | CMOAT | DJS | KIAA1010 | MRP2 | cMRP ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 2 - HPRD 12068294
Arhgdia GDIA1 |MGC117248 |Rhogdi |Rhogdi-1 RHO GDP解离抑制剂（GDI）alpha - HPRD，Biogrid 9287351
CPNE1 COPN1 | CPN1 | MGC1142 copine我 - HPRD 12522145
CPNE2 COPN2 |CPN2 |DKFZP686E06199 |MGC16924 copine我I - HPRD 12522145
CPNE4 COPN4 |CPN4 |MGC15604 copine我V - HPRD 12522145
DRD3 D3DR | ETM1 | FET1 | MGC149204 | MGC149205 dopamine receptor D3 两个杂交 BioGRID 14499480
EZR cvil |CVL |DKFZP762H157 |FLJ26216 |MGC1584 |vil2 ezrin - HPRD 9501018
GNA13 G13 |MGC46138 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白），α13 Affinity Capture-Western
Reconstituted Complex
两个杂交		 BioGRID 10816569
ICAM2 CD102 细胞间粘附分子2 - HPRD，Biogrid 11375520
L1CAM CAML1 |CD171 |HSAS |HSAS1 |Masa |麦克风5 |n-caml1 |S10 |SPG1 L1细胞抗利尿激素ion molecule - HPRD 12070130
SLC9A3R1 EBP50 |nherf |nherf1 |nphlop2 溶质载体家族9（钠/氢交换器），成员3调节器1 Radixin interacts with hNHE-RF. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between chicken radixin and human hNHE-RF. BIND 9430655
SLC9A3R1 EBP50 |nherf |nherf1 |nphlop2 溶质载体家族9（钠/氢交换器），成员3调节器1 - HPRD 9430655 | 12499563
SLC9A3R2 E3KARP | MGC104639 | NHE3RF2 | NHERF-2 | NHERF2 | OCTS2 | SIP-1 | SIP1 | TKA-1 溶质载体家族9（钠/氢交换器），成员3调节剂2 - HPRD 12499563
TSC1 KIAA0243 | LAM | MGC86987 | TSC 结节硬化症1 Hamartin interacts with radixin. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between murine hamartin and human radixin. BIND 10806479
TSC1 KIAA0243 | LAM | MGC86987 | TSC 结节硬化症1 - HPRD 10806479|12226091


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG REGULATION OF ACTIN CYTOSKELETON 216 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
St GA13途径 37 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID RHOA PATHWAY 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AXON GUIDANCE 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome L1CAM相互作用 86 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
L1的Reactome回收途径 27 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
家长mtor信号向上 567 375 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONKEN UVEAL MELANOMA UP 783 507 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FRASOR TAMOXIFEN RESPONSE UP 51 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAZDA DIAMOND BLACKFAN ANEMIA ERYTHROID DN 493 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FULCHER INFLAMMATORY RESPONSE LECTIN VS LPS DN 463 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
thum收缩性心力衰竭 423 283 该途径中的所有SZGR 2.0基因
casorelli急性临时细胞白血病DN 663 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEURIG T CELL PROLYMPHOCYTIC LEUKEMIA DN 320 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRABARCZYK BCL11B TARGETS UP 81 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rodrigues NTN1靶向 17 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG LMO4 TARGETS DN 352 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
周的炎症反应fima 544 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因
周炎性反应lps up 431 237 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAATINEN HEMATOPOIETIC STEM CELL UP 316 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE DN 485 334 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
lastowska神经母细胞瘤副本编号dn 800 473 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gruetzmann胰腺癌DN 203 134 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SIMBULAN UV RESPONSE IMMORTALIZED DN 31 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN METASTASIS DN 261 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH PROLIFERATION 147 80 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEN SMARCA2 TARGETS UP 424 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ASTON MAJOR DEPRESSIVE DISORDER DN 160 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fab M7类型的Ross Aml 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK DN 546 351 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG AGING CEREBRAL CORTEX UP 36 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LU AGING BRAIN UP 262 186 该途径中的所有SZGR 2.0基因
welcsh brca1靶向 198 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
道格拉斯BMI1靶向 566 371 该途径中的所有SZGR 2.0基因
转移DN期间的clasper淋巴管 36 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由Foxp3绑定的Marson未刺激 1229 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMUNDSON POOR SURVIVAL AFTER GAMMA RADIATION 8G 95 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAIRKEE CANCER PRONE RESPONSE BPA 51 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿塞维多肝癌 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bochkis foxa2目标 425 261 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LABBE WNT3A TARGETS UP 112 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王肿瘤的侵入性 374 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rutella对CSF2RB和IL4的响应 338 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF UP 418 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF VS CSF2RB AND IL4 UP 408 276 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANTVEER BREAST CANCER ESR1 DN 240 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR DN 277 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA PCA3 DN 69 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 11 103 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
let-7/98 974 981 1A,m8 HSA-LET-7A脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
HSA-LET-7B脑 UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
HSA-LET-7C脑 ugagguaguagguuguaugguu
HSA-LET-7D脑 agagguaguagguugcauagu
HSA-LET-7E脑 UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU
HSA-LET-7F脑 ugagguagauuguauauaguu
hsa-miR-98脑 UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU
HSA-LET-7GSZ ugagguaguuguuguacagu
HSA-LET-7I脑 UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU
miR-132/212 1859年 1865年 m8 HSA-MIR-212SZ uaacagucuccagucacgccc
hsa-miR-132脑 uaacagucuacccaugggg
mir-182 91 98 1A,m8 hsa-miR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
mir-196 973 979 m8 hsa-miR-196a UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGG
hsa-miR-196b uagguaguucuuguugg
mir-31 90 96 1A HSA-MIR-31 AGGCAAGAUGCUGGCAUAGCUG
mir-34b 1129 1135 m8 HSA-MIR-34B UAGGCAGUGUCAUUAGCUGAUUG
miR-410 2107 2113 m8 HSA-MIR-410 AAUAUAACACAGAUGGCCUGU
mir-493-5p 2345 2351 1A hsa-miR-493-5p UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU
miR-96 92 98 1A hsa-miR-96脑 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGC