Gene Page:rel
Summary？
| 基因 | 5966 |
| 象征 | rel |
| Synonyms | C-Rel |
| Description | v-rel avian reticuloendotheliosis viral oncogene homolog |
| Reference | MIM:164910|HGNC:HGNC:9954|HPRD：01286| |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 2P13-P12 |
| pascal p-value | 0.434 |
| 胎儿β | 0.308 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:GWASdb | Genome-wide Association Studies | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| 简历：Phewas | phenome-wide association studies (PheWAS) | 157个snp与精神分裂症有关 | 3 |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| Literature | High-throughput literature-search | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| Network | Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network | PPI网络中最短路径的贡献：0.0024 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
简历：Phewas
简历：Phewas| SNP ID | 染色体 | 位置 | 等位基因 | p | 功能 | Gene | 向上/向下距离 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS702873 | 2 | 60935046 | 无效的 | 0.5759 | rel | 无效的 | |
| rs13031237 | 2 | 61136129 | 无效的 | 0.6549 | rel | 无效的 | |
| RS13017599 | 2 | 61164331 | 无效的 | 0.6607 | rel | 无效的 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| TTC39A | 0.91 | 0.61 |
| NTNG1 | 0.90 | 0.55 |
| RGS16 | 0.90 | 0.63 |
| CHRNA3 | 0.88 | 0.49 |
| PTPN3 | 0.86 | 0.36 |
| FAM19A4 | 0.86 | 0.41 |
| grid2ip | 0.86 | 0.34 |
| GALM | 0.85 | 0.57 |
| SLC17A6 | 0.85 | 0.46 |
| SUSD2 | 0.84 | 0.29 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| SLC26A4 | -0.25 | -0.18 |
| TMOD1 | -0.24 | -0.13 |
| GPR22 | -0.23 | -0.24 |
| FAM81A | -0.23 | -0.13 |
| gpm6a | -0.23 | -0.21 |
| MEF2C | -0.22 | -0.18 |
| DPP4 | -0.22 | -0.18 |
| IER5L | -0.22 | -0.13 |
| MPPED1 | -0.21 | -0.17 |
| EMID1 | -0.21 | -0.23 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0003700 | transcription factor activity | IEA | - | |
| GO:0003700 | transcription factor activity | nas | 8423996 | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 10498867|15799966 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0001816 | cytokine production | IEA | - | |
| 去：0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
| GO：0043123 | I-kappab激酶/NF-kappab级联的积极调节 | IEP | 12761501 | |
| GO：0045893 | 转录，DNA依赖性的阳性调节 | IEA | - | |
| GO：0045084 | 白介素12生物合成过程的阳性调节 | IEA | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | nucleus | IEA | - |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| CCNE1 | CCNE | 细胞周期蛋白E1 | - | HPRD | 9731206 |
| CDK2 | p33(CDK2) | 细胞周期蛋白依赖性激酶2 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 9731206 |
| ELF1 | - | E74样因子1（ETS域转录因子） | 重构的复合物 | Biogrid | 7862168 |
| GTF2B | TF2B | TFIIB | 通用转录因子IIB | 重构的复合物 | Biogrid | 8413269 |
| HSPA8 | HSC54 |HSC70 |HSC71 |HSP71 |HSP73 |HSPA10 |lap1 |MGC131511 |MGC29929 |NIP71 | 热休克70KDA蛋白8 | - | HPRD | 2155506 |
| MAP3K8 | cot |Est |ESTF |FLJ10486 |TPL2 |TPL-2 |C-COT | 有丝分裂原激活的蛋白激酶激酶激酶8 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 14743216 |
| MAPK8 | jnk |JNK1 |JNK1A2 |JNK21B1/2 |prkm8 |SAPK1 | 有丝分裂原激活的蛋白激酶8 | - | HPRD,BioGRID | 8621542 |
| mtpn | FLJ31098 |FLJ99857 |GCDP |V-1 | myotrophin | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 重构的复合物 |
Biogrid | 11971907 |
| NFKB1 | DKFZP686C01211 |EBP-1 |kbf1 |MGC54151 |nf-kappa-b |NFKB-P105 |NFKB-P50 |P105 | B细胞中Kappa光多肽基因增强子的核因子1 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 14743216 |
| NFKB2 | Lyt-10 |Lyt10 | B细胞2（P49/P100）中Kappa光多肽基因增强子的核因子 | - | HPRD,BioGRID | 8413211 |
| nfkbiA | ikba |Mad-3 |nfkbi | nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, alpha | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 10706725 |
| nfkbiB | IKBB |旅行9 | B细胞抑制剂Beta中Kappa光多肽基因增强子的核因子 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 10706725 |
| nfkbiE | ikbe | B细胞抑制剂Epsilon中Kappa光多肽基因增强子的核因子 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 重构的复合物 |
Biogrid | 8415639|9315679 |10706725 |
| nfkbiE | ikbe | B细胞抑制剂Epsilon中Kappa光多肽基因增强子的核因子 | - | HPRD | 8139561|8415639 |10706725 |
| nkrf | ITBA4 | NRF | NFKB repressing factor | 重构的复合物 | Biogrid | 10562553 |
| 巴波拉 | MGC5378 |帕普 | poly(A) polymerase alpha | Affinity Capture-MS | Biogrid | 14743216 |
| PPP4C | pp4 | PPH3 | PPX | protein phosphatase 4 (formerly X), catalytic subunit | - | HPRD,BioGRID | 9837938 |
| relA | MGC131774 |NFKB3 |P65 | V-REL网状内皮症病毒性癌基因同源物A（Avian） | - | HPRD | 7886940|11967310 |
| relA | MGC131774 |NFKB3 |P65 | V-REL网状内皮症病毒性癌基因同源物A（Avian） | Affinity Capture-MS 亲和力捕获 - 韦斯特恩 重构的复合物 Two-hybrid |
Biogrid | 8139561|11967310 |14743216 |
| SP1 | - | SP1转录因子 | - | HPRD,BioGRID | 7933095 |
| SRF | MCM1 | 血清反应因子（C-FOS血清响应元件结合转录因子） | 重构的复合物 | Biogrid | 8670842 |
| TBK1 | FLJ11330 | NAK | T2K | TANK-binding kinase 1 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 14743216 |
| TBP | gtf2d |GTF2D1 |MGC117320 |MGC126054 |MGC126055 |SCA17 |tfiid | 塔塔盒结合蛋白 | - | HPRD,BioGRID | 8413269 |
| TNIP2 | Abin-2 |Abin2 |flip1 |klip |MGC4289 | TNFAIP3相互作用蛋白2 | Affinity Capture-MS | Biogrid | 14743216 |