基因页：RGS16

概括?
基因ID 6004
Symbol RGS16
同义词 A28-RGS14 | A28-RGS14P | RGS-R
描述 regulator of G-protein signaling 16
参考 MIM:602514|HGNC:HGNC:9997|Ensembl:ENSG00000143333|HPRD:03945|Vega：Otthumg0000000035212
基因type protein-coding
地图位置 1q25-Q31
Sherlock P值 0.564
Fetal beta 0.218
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 系统搜索PubMed co-o基因ccurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.0073

第一节遗传学和表观遗传学注释

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
rs2820477 chr1 68708633 RGS16 6004 0.2 trans
rs277655 chr3 100044586 RGS16 6004 0.1 trans
RS6551878 chr4 65690588 RGS16 6004 0.12 trans
rs7448921 chr5 3329277 RGS16 6004 0.05 trans
RS6893753 chr5 35451871 RGS16 6004 0.15 trans
RS1565895 chr5 116574878 RGS16 6004 0.03 trans
rs9384190 chr6 154524473 RGS16 6004 0.09 trans
RS4242415 chr8 24597175 RGS16 6004 0.11 trans
rs17109578 chr10 90351347 RGS16 6004 0.18 trans
rs12312877 chr12 79751818 RGS16 6004 0.13 trans
RS17128893 chr14 93615606 RGS16 6004 0.1 trans
rs7888404 chrX 20508308 RGS16 6004 1.696E-4 trans
rs17342483 chrX 102250155 RGS16 6004 0.05 trans
RS5957194 chrX 118769609 RGS16 6004 0.03 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
S100A9 0.71 0.43
C1QB 0.70 0.51
bcl2a1 0.66 0.35
S100A8 0.65 0.39
SERPINA1 0.61 0.48
FTL 0.61 0.38
RGS1 0.61 0.30
IFIT3 0.60 0.33
GPR183 0.60 0.34
MT1M 0.59 0.30
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
ZC3H13 -0.29 -0.30
ANKRD11 -0.28 -0.19
UPF2 -0.28 -0.26
SFRS12 -0.27 -0.30
myo18a -0.27 -0.22
BOD1L -0.27 -0.23
RTF1 -0.27 -0.28
ppig -0.27 -0.30
RBM25 -0.27 -0.34
HNRNPUL2 -0.27 -0.25

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0004871 signal transducer activity IEA -
去：0005096 GTPase activator activity 塔斯 10747990
GO:0005516 calmodulin binding 塔斯 10747990
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0009968 negative regulation of signal transduction IEA -
去：0008277 regulation of G-protein coupled receptor protein signaling pathway 塔斯 10747990
GO:0007601 视觉感知 塔斯 9469939

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
CSK MGC117393 C-SRC酪氨酸激酶 CSK phosphorylates RGS16. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between CSK from an unspecified species and human RSG16. BIND 12588871
EGFR ERBB | ERBB1 | HER1 | PIG61 | mENA epidermal growth factor receptor (erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog, avian) - HPRD，Biogrid 11602604
GDE1 363e6.2 |mir16 glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 - HPRD，Biogrid 10760272
GNA13 G13 |MGC46138 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白），α13 - HPRD，Biogrid 14634662
GNAI1 Gi 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白），α抑制活性多肽1 Biochemical Activity BioGRID 10878019
GNAI2 GIP |gnai2b |H_LUCA15.1 |H_LUCA16.1 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白），α抑制活性多肽2 Reconstituted Complex BioGRID 9079700
GNAI3 87U6 | FLJ26559 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白），α抑制活性多肽3 - HPRD，Biogrid 10072511
GNAO1 DKFZP686O0962 |g-alpha-o |gnao 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白），α激活活性多肽O Reconstituted Complex BioGRID 9079700
gnaq G-Alpha-Q |GAQ guanine nucleotide binding protein (G protein), q polypeptide Affinity Capture-Western
Reconstituted Complex		 BioGRID 14634662
LYN FLJ26625 |JTK8 v-yes-1 Yamaguchi sarcoma viral related oncogene homolog Lyn磷酸化RGS16。这种相互作用是基于未指定物种与人RSG16的LYN之间的相互作用建模的。 BIND 12588871
SRC ASV |src1 |C-SRC |P60-SRC v-src sarcoma (Schmidt-Ruppin A-2) viral oncogene homolog (avian) SRC磷酸化RGS16。这种相互作用是基于未指定物种与人RSG16的SRC之间的相互作用进行建模的。 BIND 12588871


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PARENT MTOR SIGNALING DN 46 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARY CD5 TARGETS UP 473 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE LIVE UP 485 293 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BORCZUK MALIGNANT MESOTHELIOMA DN 104 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG CLIM2 TARGETS UP 269 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smirnov在癌症中循环内皮细胞 158 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Senese HDAC3靶向 501 327 该途径中的所有SZGR 2.0基因
周的炎症反应fima 544 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲状腺癌DN 232 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIARADONNA NEOPLASTIC TRANSFORMATION KRAS CDC25 UP 58 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
chiaradonna肿瘤转化克拉斯 126 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 1 DN 378 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
林格伦膀胱癌群集3 329 196 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA UP 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
高田胃癌拷贝编号DN 29 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LA MEN1 TARGETS 24 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOHANKUMAR TLX1 TARGETS UP 414 287 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
杨乳腺癌ESR1散装DN 23 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过ELK3和HIF1A的总缺氧 142 104 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERREIRA EWINGS SARCOMA UNSTABLE VS STABLE UP 167 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UEDA中央时钟 88 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHESLER BRAIN QTL CIS 75 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Liver Cancer Myc TGFA DN 65 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE LIVER CANCER MYC E2F1 DN 64 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROCKE APOPTOSIS REVERSED BY IL6 144 98 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE LIVER CANCER MYC DN 63 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NEMETH INFLAMMATORY RESPONSE LPS UP 88 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GERY CEBP目标 126 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PETROVA ENDOTHELIUM LYMPHATIC VS BLOOD UP 131 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN V2 LATE DIFFERENTIATION GENES 45 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RADMACHER AML PROGNOSIS 78 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAZAERI BREAST CANCER BRCA1 VS BRCA2 DN 43 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 48HR UP 180 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JACKSON DNMT1 TARGETS UP 77 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEBIASI APOPTOSIS BY REOVIRUS INFECTION DN 287 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VARELA ZMPSTE24 TARGETS UP 40 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP 953 554 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Krige对Tosedostat的反应24小时 783 442 该途径中的所有SZGR 2.0基因
促进耐受巨噬细胞DN 409 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER SILENCED BY METHYLATION DN 105 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WALLACE PROSTATE CANCER RACE UP 299 167 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSADA ASCL1 TARGETS UP 46 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL CULTURED VS FRESH UP 425 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lin肿瘤从免疫攻击中逃脱 18 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Qi Plasmacytoma Up 259 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
POOLA INVASIVE BREAST CANCER UP 288 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON FOXP3目标 66 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
tian tnf信令不通过NFKB 22 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS TRETINOIN RESPONSE DN 841 431 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOELZEL NF1 TARGETS UP 139 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Acosta增殖独立MYC靶向 84 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHAT ESR1通过AKT1 UP目标 281 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP B 549 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SERVITJA LIVER HNF1A TARGETS UP 135 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEDERSEN METASTASIS BY ERBB2 ISOFORM 7 403 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PLASARI TGFB1 TARGETS 10HR UP 199 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG MLL TARGETS 289 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMIRNOV RESPONSE TO IR 2HR UP 53 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smirnov对IR 6小时的回应 166 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
let-7/98 1493 1499 m8 HSA-LET-7A脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
HSA-LET-7B脑 UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
HSA-LET-7C脑 ugagguaguagguuguaugguu
HSA-LET-7D脑 agagguaguagguugcauagu
HSA-LET-7E脑 UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU
HSA-LET-7F脑 ugagguagauuguauauaguu
hsa-miR-98脑 UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU
HSA-LET-7GSZ ugagguaguuguuguacagu
HSA-LET-7I脑 UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU
HSA-LET-7A脑 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
HSA-LET-7B脑 UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU
HSA-LET-7C脑 ugagguaguagguuguaugguu
HSA-LET-7D脑 agagguaguagguugcauagu
HSA-LET-7E脑 UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGU
HSA-LET-7F脑 ugagguagauuguauauaguu
hsa-miR-98脑 UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU
HSA-LET-7GSZ ugagguaguuguuguacagu
HSA-LET-7I脑 UGAGGUAGUAGUUUGUGCUGU
mir-144 180 186 m8 hsa-miR-144 uacaguauagauguauguaguag
miR-410 1631年 1637年 m8 HSA-MIR-410 AAUAUAACACAGAUGGCCUGU