基因页面:RXRB基因
总结吗?
| GeneID | 6257年 |
| 象征 | RXRB基因 |
| 同义词 | DAUDI6 | H-2RIIBP | NR2B2 | RCoR-1 |
| 描述 | 类维生素a X受体β |
| 参考 | MIM: 180246|HGNC: HGNC: 10478|运用:ENSG00000204231|HPRD: 01578|织女:OTTHUMG00000031298 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 6 . 3 |
| 帕斯卡假定值 | 2.967的军医 |
| 夏洛克假定值 | 0.982 |
| 胎儿β | -0.466 |
| eGene | 迈尔斯的顺式和反式 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| DMG: Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 这个数据集包括4641个不同甲基化探针对应2929个独特的基因之间的精神分裂症患者(n = 24)和控制(n = 24)。 | 1 |
| PMID: cooccur | 高通量文献检索 | 系统搜索PubMed的基因共病SCZ关键词。总共有3027个基因包括在内。 | |
| GSMA_I | 基因组扫描分析 | Psr: 0.033 | |
| 文学 | 高通量文献检索 | 与精神分裂症Co-occurance关键词:精神分裂症、神经 | 点击显示详细信息 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
不同甲基化基因
不同甲基化基因| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | P (dis) | β(dis) | 罗斯福(dis) | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg11724493 | 6 | 33168040 | SLC39A7; RXRB基因 | 1.305的军医 | -0.25 | 0.03 | DMG: Wockner_2014 |
eQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs4854166 | chr2 | 3297005 | RXRB基因 | 6257年 | 0.11 | 反式 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
没有大脑中的基因区域
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0004886 | 视黄素x受体活动 | 助教 | 1662118 | |
| 去:0003700 | 转录因子的活动 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0003700 | 转录因子的活动 | NAS | 1662118 | |
| 去:0003706 | ligand-regulated转录因子的活动 | 艾达 | 7990953 | |
| 去:0003707 | 类固醇激素受体的活动 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0003713 | 转录辅激活活动 | 助教 | 1662118 | |
| 去:0005496 | 类固醇绑定 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0008270 | 锌离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0046872 | 金属离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0043565 | sequence-specific DNA结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0006355 | 依赖dna的转录调节 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0006350 | 转录 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0005634 | 核 | 艾达 | 7990953 | |
| 去:0005634 | 核 | 国际能源机构 | - - - - - - |
第四部分,注释蛋白质间交互作用
| 扶少团团员 | 别名B | 官方全名B | 实验 | 源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| AKAP13 | AKAP-Lbc | BRX | FLJ11952 | FLJ43341 | HA-3 | Ht31 | LBC | PROTO-LB | PROTO-LBC | c-lbc | 激酶(PRKA)锚蛋白13 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 9627117 |
| NCOA1 | F-SRC-1 | KAT13A | MGC129719 | MGC129720 | NCoA-1 | RIP160 | SRC-1 | SRC1 | bHLHe42 | 核受体共激活剂1 | - - - - - - | HPRD | 7481822 |
| NCOA3 | ACTR | AIB-1 | AIB1 | CAGH16 | CTG26 | KAT13B | MGC141848 | RAC3 | SRC3 | TNRC14 | TNRC16 | TRAM-1 | pCIP | 核受体共激活剂3 | TRAM-1与RXR-beta交互。这种交互是仿照人类TRAM-1和鼠标RXR-beta证明之间的交互。 | 绑定 | 9346901 |
| NCOA3 | ACTR | AIB-1 | AIB1 | CAGH16 | CTG26 | KAT13B | MGC141848 | RAC3 | SRC3 | TNRC14 | TNRC16 | TRAM-1 | pCIP | 核受体共激活剂3 | - - - - - - | HPRD | 9267036 |
| NR0B2 | FLJ17090 |轴马力| SHP1 | 核受体亚0,B组,成员2 | - - - - - - | HPRD | 10594021 |
| NR1H2 | LXR-b | LXRB |尼珥| NER-I | RIP15 |老 | 核受体亚科1 H组,成员2 | - - - - - - | HPRD, BioGRID | 10187832 |
| NR1I2 | BXR | ONR1 | PAR | PAR1 | PAR2 | PARq | PRR | PXR SAR | | SXR | 核受体亚科1,组我,成员2 | - - - - - - | HPRD | 9727070 |
| NR2E3 | ESCS | MGC49976 |内线| RNR | RP37 | rd7 | 核受体亚科2,E组,成员3 | - - - - - - | HPRD | 10611353 |
| NR4A2 | 不HZF-3 | | NURR1 | RNR1 | TINUR | 核受体亚科4,A组,成员2 | - - - - - - | HPRD | 7705655|7758108 |
| NRIP1 | FLJ77253 | RIP140 | 核受体相互作用蛋白1 | - - - - - - | HPRD | 12403842|12549917 |
| NRIP1 | FLJ77253 | RIP140 | 核受体相互作用蛋白1 | 重新组成复杂 | BioGRID | 9626662 |
| RARA | NR1B1 | RAR | 视黄酸受体α | 2台混合动力 | BioGRID | 16189514 |
| RARB | HAP | NR1B2 | RRB2 | 视黄酸受体β | - - - - - - | HPRD | 1331778 |
| SPOP | TEF2 | speckle-type POZ蛋白质 | 2台混合动力 | BioGRID | 16189514 |
| THRA | AR7 | EAR7 | ERB-T-1 | ERBA | ERBA1 | MGC000261 | MGC43240 | NR1A1 | THRA1 | THRA2 | c-ERBA-1 | 甲状腺激素受体α(erythroblastic白血病病毒(v-erb-a)致癌基因相同器官,鸟类) | - - - - - - | HPRD | 1331778 |
| THRB | ERBA-BETA | ERBA2 | GRTH | MGC126109 | MGC126110 | NR1A2 | PRTH | THR1 | THRB1 | THRB2 | 甲状腺激素受体β(erythroblastic白血病病毒(v-erb-a)致癌基因同族体2,鸟类) | THR-beta与RXR-beta交互。这种交互是仿照RXR-beta鼠TR-beta之间的交互和老鼠。 | 绑定 | 9346901 |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| KEGG PPAR信号通路 | 69年 | 47 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KEGG ADIPOCYTOKINE信号通路 | 67年 | 57 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KEGG通路在癌症 | 328年 | 259年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KEGG甲状腺癌 | 29日 | 26 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KEGG小细胞肺癌 | 84年 | 67年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KEGG非小细胞肺癌 | 54 | 47 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID AR TF通路 | 53 | 38 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID RXR VDR通路 | 26 | 24 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID视黄酸途径 | 30. | 23 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| PID A6B1 A6B4整合素途径 | 46 | 35 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME通用转录途径 | 352年 | 181年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| REACTOME核受体转录途径 | 49 | 36 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 父母MTOR信号了 | 567年 | 375年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BOGNI治疗相关的骨髓白血病DN | 33 | 19 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 多德鼻咽癌起来 | 1821年 | 933年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 由阿霉素GRAESSMANN细胞凋亡 | 1142年 | 669年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| GRAESSMANN MC和阿霉素 | 612年 | 367年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH MYC和上述目标 | 230年 | 156年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH MYC最大目标 | 775年 | 494年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 一致的脂肪细胞的分化了 | 74年 | 51 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 阿尔茨海默病早期布莱洛克的了 | 390年 | 242年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BRCA1目标DN预告 | 16 | 12 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 阿尔茨海默病了布莱洛克的 | 1691年 | 1088年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布朗感染血巨细胞病毒18人力资源 | 178年 | 111年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| HNE和《魏盖尔氧化应激 | 60 | 42 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布朗感染血巨细胞病毒12小时 | 111年 | 68年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 李肝癌 | 49 | 29日 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MATZUK精子 | 114年 | 77年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 研究包括 | 420年 | 269年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| YOSHIMURA MAPK8目标了 | 1305年 | 895年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 党受MYC | 1103年 | 714年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 段PRDM5目标 | 79年 | 52 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KOINUMA SMAD2或SMAD3的目标 | 824年 | 528年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 德拉克洛瓦RAR绑定西文 | 462年 | 273年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir - 101 | 666年 | 673年 | 1、m8 | hsa - mir - 101 | UACAGUACUGUGAUAACUGAAG |
| mir - 144 | 667年 | 673年 | 1 | hsa - mir - 144 | UACAGUAUAGAUGAUGUACUAG |