Gene Page:SORT1

Summary？
基因 6272
象征 SORT1
Synonyms Gp95|LDLCQ6|NT3|NTR3
Description Tortilin 1
Reference MIM：602458|HGNC：HGNC：11186|Ensembl:ENSG00000134243|HPRD:03910|Vega：Otthumg0000000011999
基因类型 蛋白质编码
Map location 1p13.3|1p21.3-p13.1
Pascal p-value 0.638
胎儿β -1.17
DMG 1(# studies)
Support CompositeSet
Darnell FMRP目标

Gene in Data Sources
基因集名称 Method of gene set Description 信息
DMG：JAFFE_2016 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 2
PMID：cooccur High-throughput literature-search PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
Literature High-throughput literature-search Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关关键字的命中：2

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@差异甲基化基因

Probe 染色体 位置 最近的基因 p（dis） Beta (dis) fdr（dis） 学习
cg00683961 1 109940786 SORT1 1.59E-8 -0.021 5.92E-6 DMG：JAFFE_2016
CG09764697 1 109940754 SORT1 4.65E-8 -0.007 1.26e-5 DMG：JAFFE_2016


第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

No co-expressed genes in brain regions


第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO：0010465 nerve growth factor receptor activity 艾达 神经元（GO期限：7） 14985763
GO:0004872 受体活性 IEA -
去：0005344 氧转运蛋白活性 IEA -
GO:0048406 神经生长因子结合 IPI 14985763
GO：0019899 酶结合 IPI 10085125
去：0030379 neurotensin receptor activity, non-G-protein coupled 艾达 9756851
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007218 神经肽信号通路 艾达 神经递质（GO期限：8） 9756851
去：0001503 骨化 IEA -
GO：0016050 vesicle organization 艾达 15992544
去：0008333 内体至溶酶体运输 艾达 11331584
GO：0048011 神经生长因子受体信号通路 IMP 14985763
GO:0006810 运输 IEA -
去：0008624 induction of apoptosis by extracellular signals IMP 14985763
去：0006897 内吞作用 IEA -
去：0006895 高尔基人到内体运输 艾达 11331584
去:0007275 multicellular organismal development IEA -
去：0010468 regulation of gene expression IMP 18258592
GO:0043066 negative regulation of apoptosis 艾达 14985763
GO:0030154 细胞分化 IEA -
GO：0051005 negative regulation of lipoprotein lipase activity 艾达 10085125
GO：0014902 myotube差异化 IMP 18258592
GO：0032868 对胰岛素刺激的反应 IMP 15992544
GO：0048227 质膜到内体运输 艾达 11331584
GO：0032509 通过多个身体分类途径的内体运输 艾达 11331584
GO:0046323 葡萄糖进口 IMP 15992544
Cellular component 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005792 microsome 艾达 15992544
去：0005794 高尔基体 IEA -
去：0005789 内质网膜 IEA -
去：0005634 nucleus IEA -
去：0005765 溶酶体膜 IEA -
去：0005769 早期内体 艾达 11331584
去：0005783 内质网 IEA -
GO：0016021 膜不可或缺 IEA -
GO：0016023 细胞质膜结合的囊泡 艾达 9756851
去：0009986 细胞表面 艾达 10085125
GO:0005905 涂层坑 艾达 11331584
去：0005886 plasma membrane IEA -
GO：0048471 细胞质的核周区 艾达 11331584
GO:0010008 内体膜 IEA -
GO：0030140 跨高尔基网络传输囊泡 IEA -
GO：0031965 核膜 IEA -

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
Kegg溶酶体 121 83 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KEGG神经营养蛋白信号传导途径 126 103 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID P75 NTR途径 69 51 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome膜贩运 129 74 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Trans Golgi网络囊泡芽 60 31 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Golgi相关囊泡生物发生 53 27 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Bertucci髓质与导管乳腺癌DN 169 118 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Schuetz乳腺癌导管侵入性DN 84 53 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Fulcher炎症反应凝集素与LPS DN 463 290 All SZGR 2.0 genes in this pathway
deurig t细胞促进性白血病 368 234 All SZGR 2.0 genes in this pathway
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION HSC UP 185 126 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Elvidge缺氧DN 146 94 All SZGR 2.0 genes in this pathway
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP 1821年 933 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mattioli多发性骨髓瘤，有14q32易位 36 25 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PUJANA BRCA1 PCC网络 1652 1023 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PUJANA CHEK2 PCC网络 779 480 All SZGR 2.0 genes in this pathway
狮子转移 539 324 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath SOX2目标 734 436 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Stark Hyppocampus 22Q11删除 53 40 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Wang由Hoxa9和Meis1 Up永生 31 24 All SZGR 2.0 genes in this pathway
詹多发性骨髓瘤CD2 45 32 All SZGR 2.0 genes in this pathway
VERHAAK AML WITH NPM1 MUTATED UP 183 111 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ZHAN MULTIPLE MYELOMA CD1 VS CD2 DN 52 35 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Heller HDAC靶向被甲基化的沉默 461 298 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Martinez RB1靶向DN 543 317 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Martinez TP53靶向 602 364 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Martinez RB1和TP53靶向 601 369 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿塞维多的正常组织与肝肿瘤相邻 174 96 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ACEVEDO LIVER CANCER UP 973 570 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Bochkis foxa2目标 425 261 All SZGR 2.0 genes in this pathway
张TLX目标36hr 221 150 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CHEN METABOLIC SYNDROM NETWORK 1210 725 All SZGR 2.0 genes in this pathway
骨髓瘤与成熟B淋巴细胞中的Shaffer IRF4靶标 101 76 All SZGR 2.0 genes in this pathway
浆细胞与成熟B淋巴细胞中的Shaffer IRF4靶标 67 51 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Katsanou Elavl1靶向 169 105 All SZGR 2.0 genes in this pathway
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG RXRA BOUND 8D 882 506 All SZGR 2.0 genes in this pathway
wakabayashi脂肪形成PPARG RXRA与H4K20me1标记结合 145 82 All SZGR 2.0 genes in this pathway
vernochet脂肪形成 19 11 All SZGR 2.0 genes in this pathway
lim乳腺腔内成熟 116 65 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-125/351 4080 4086 M8 hsa-miR-125bbrain ucccugagacccuaacuuguga
hsa-miR-125abrain ucccugagacccuuaaccugug
miR-142-5p 3853 3859 1a HSA-MIR-142-5P cauaaaguagaaagcacuac
miR-146 3944 3951 1A，M8 HSA-MIR-146A ugagaacugaauuccaugggug
HSA-MIR-146Bbrain ugagaacugaauuccauaggcu
miR-182 1538 1544 1a HSA-MIR-182 uuuggcaaugguagaacucaca
miR-24* 624 630 1a HSA-MIR-189 Gugccuacugagagauaucagu
mir-410 3855 3861 1a hsa-miR-410 aauauaacacagauggcugu
mir-504 4082 4088 M8 hsa-miR-504 agacccugucugcacucuau
mir-9 3534 3540 M8 HSA-MIR-9SZ UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA
mir-96 1537 1544 1A，M8 HSA-MIR-96brain uuuggcacuagcacauuuuugc