基因页面:SALL1
总结吗?
| GeneID | 6299年 |
| 象征 | SALL1 |
| 同义词 | hel - s - 89 | HSAL1 | Sal-1 | TBS | ZNF794 |
| 描述 | spalt-like转录因子1 |
| 参考 | MIM: 602218|HGNC: HGNC: 10524|运用:ENSG00000103449|HPRD: 03742|织女:OTTHUMG00000133176 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 16 q12.1 |
| 帕斯卡假定值 | 0.374 |
| 胎儿β | 0.432 |
| DMG | 1(#研究) |
| eGene | 迈尔斯的顺式和反式 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| DMG: Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 这个数据集包括4641个不同甲基化探针对应2929个独特的基因之间的精神分裂症患者(n = 24)和控制(n = 24)。 | 2 |
| GSMA_IIE | 基因组扫描荟萃分析(欧洲血统的样品) | Psr: 0.01775 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
不同甲基化基因
不同甲基化基因| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | P (dis) | β(dis) | 罗斯福(dis) | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg04550052 | 16 | 51184355 | SALL1 | 3.87 e-6 | -0.342 | 0.009 | DMG: Wockner_2014 |
| cg02018076 | 16 | 51175381 | SALL1 | 3.6 e-5 | -0.388 | 0.02 | DMG: Wockner_2014 |
eQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs1507047 | chr16 | 50932778 | SALL1 | 6299年 | 0.1 | 独联体 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
中的基因在大脑区域
| 前10名中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| KCNB1 | 0.97 | 0.95 |
| AAK1 | 0.95 | 0.95 |
| KCNMA1 | 0.95 | 0.84 |
| GABRB2 | 0.94 | 0.89 |
| ARHGAP26 | 0.94 | 0.85 |
| ADAM22 | 0.94 | 0.92 |
| BSN | 0.94 | 0.93 |
| ATP2B2 | 0.93 | 0.92 |
| PLCB1 | 0.93 | 0.89 |
| CNNM1 | 0.93 | 0.91 |
| 十大负面中的基因 | ||
| 基因 | 皮尔森的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| BCL7C | -0.45 | -0.49 |
| AC006276.2 | -0.44 | -0.42 |
| EFEMP2 | -0.43 | -0.45 |
| RPL35 | -0.43 | -0.48 |
| DBI | -0.42 | -0.58 |
| RAB13 | -0.42 | -0.54 |
| RPL31 | -0.41 | -0.43 |
| RAB34 | -0.41 | -0.51 |
| C9orf46 | -0.41 | -0.37 |
| RPLP1 | -0.41 | -0.42 |
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0003700 | 转录因子的活动 | 助教 | 9425907 | |
| 去:0008270 | 锌离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0046872 | 金属离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0001657 | 输尿管的萌芽发展 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0006355 | 依赖dna的转录调节 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0006350 | 转录 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0009653 | 解剖结构形态发生 | 助教 | 9425907 | |
| 去:0031129 | 归纳信息信号 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0005622 | 细胞内的 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005634 | 核 | 国际能源机构 | - - - - - - |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| DN BASAKI YBX1目标 | 384年 | 230年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 田中在食管癌癌甲基化 | 103年 | 58 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KORKOLA卵黄囊瘤 | 62年 | 33 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH ES 1 | 379年 | 235年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH NANOG目标 | 988年 | 594年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH OCT4目标 | 290年 | 172年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH SOX2目标 | 734年 | 436年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH号目标 | 179年 | 105年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| FLECHNER活检肾移植排斥和好的DN | 546年 | 351年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 佐藤沉默EPIGENETICALLY胰腺癌 | 49 | 30. | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 布朗感染血巨细胞病毒12小时 | 111年 | 68年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 佐藤在胰腺癌1被甲基化 | 419年 | 273年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| YAGUE PRETUMOR耐药性 | 8 | 5 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 李肝癌生存 | 185年 | 112年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳大脑HCP H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069年 | 729年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 蒋介石肝癌CTNNB1子类 | 176年 | 110年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| KARLSSON TGFB1目标了 | 127年 | 78年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir - 101 | 1074年 | 1080年 | 1 | hsa - mir - 101 | UACAGUACUGUGAUAACUGAAG |
| miR-103/107 | 800年 | 806年 | m8 | hsa - mir - 103大脑 | AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA |
| hsa - mir - 107大脑 | AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA | ||||
| miR-132/212 | 989年 | 996年 | 1、m8 | hsa - mir - 212深圳 | UAACAGUCUCCAGUCACGGCC |
| hsa - mir - 132大脑 | UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG | ||||
| mir - 144 | 1073年 | 1080年 | 1、m8 | hsa - mir - 144 | UACAGUAUAGAUGAUGUACUAG |
| miR-15/16/195/424/497 | 801年 | 808年 | 1、m8 | hsa-miR-15a大脑 | UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG |
| hsa-miR-16大脑 | UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG | ||||
| hsa-miR-15b大脑 | UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA | ||||
| hsa - mir - 195深圳 | UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC | ||||
| hsa - mir - 424 | CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA | ||||
| hsa - mir - 497 | CAGCAGCACACUGUGGUUUGU | ||||
| mir - 155 | 335年 | 341年 | 1 | hsa - mir - 155 | UUAAUGCUAAUCGUGAUAGGGG |
| miR-17-5p / 20/93.mr / 106/519.d | 1000年 | 1006年 | m8 | hsa-miR-17-5p | CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU |
| hsa-miR-20a大脑 | UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 106 a | AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC | ||||
| hsa - mir - 106 b深圳 | UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU | ||||
| hsa-miR-20b深圳 | CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 519 d | CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU | ||||
| mir - 186 | 691年 | 698年 | 1、m8 | hsa - mir - 186 | CAAAGAAUUCUCCUUUUGGGCUU |
| hsa - mir - 186 | CAAAGAAUUCUCCUUUUGGGCUU | ||||
| hsa - mir - 186 | CAAAGAAUUCUCCUUUUGGGCUU | ||||
| mir - 194 | 991年 | 998年 | 1、m8 | hsa - mir - 194 | UGUAACAGCAACUCCAUGUGGA |
| mir - 214 | 444年 | 450年 | m8 | hsa - mir - 214大脑 | ACAGCAGGCACAGACAGGCAG |
| miR-26 | 637年 | 643年 | m8 | hsa-miR-26a大脑 | UUCAAGUAAUCCAGGAUAGGC |
| hsa-miR-26b深圳 | UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU | ||||
| mir - 338 | 446年 | 452年 | 1 | hsa - mir - 338大脑 | UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGA |
| mir - 365 | 334年 | 340年 | 1 | hsa - mir - 365 | UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU |
| mir - 376 | 111年 | 118年 | 1、m8 | hsa - mir - 376 a | AUCAUAGAGGAAAAUCCACGU |
| hsa - mir - 376 b | AUCAUAGAGGAAAAUCCAUGUU | ||||
| mir - 452 | 205年 | 212年 | 1、m8 | hsa - mir - 452 | UGUUUGCAGAGGAAACUGAGAC |
| mir - 493 - 5 - p | 890年 | 896年 | m8 | hsa - mir - 493 - 5 - p | UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU |
| hsa - mir - 493 - 5 - p | UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU | ||||
| mir - 503 | 802年 | 808年 | 1 | hsa - mir - 503 | UAGCAGCGGGAACAGUUCUGCAG |