基因页面:SCN4B
总结吗?
| GeneID | 6330年 |
| 象征 | SCN4B |
| 同义词 | ATFB17 | LQT10 | Navbeta4 |
| 描述 | 电压门控钠通道β亚基4 |
| 参考 | MIM: 608256|HGNC: HGNC: 10592|运用:ENSG00000177098|HPRD: 09749|织女:OTTHUMG00000166994 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 11 q23.3 |
| 帕斯卡假定值 | 0.083 |
| 夏洛克假定值 | 0.577 |
| 胎儿β | -2.949 |
| DMG | 1(#研究) |
| eGene | 迈尔斯的顺式和反式 元 |
| 支持 | 兴奋性 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| DMG: Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 这个数据集包括4641个不同甲基化探针对应2929个独特的基因之间的精神分裂症患者(n = 24)和控制(n = 24)。 | 1 |
| GSMA_I | 基因组扫描分析 | Psr: 0.006 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
不同甲基化基因
不同甲基化基因| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | P (dis) | β(dis) | 罗斯福(dis) | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg22939802 | 11 | 118024134 | SCN4B | 8.49 e-5 | -0.218 | 0.026 | DMG: Wockner_2014 |
eQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs3109303 | chr2 | 130355505 | SCN4B | 6330年 | 0.05 | 反式 | ||
| rs10510196 | chr3 | 723427年 | SCN4B | 6330年 | 0.06 | 反式 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
没有大脑中的基因区域
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0005244 | 电压门控离子通道的活动 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005248 | 电压门控钠离子通道的活动 | 艾达 | 12930796 | |
| 去:0031402 | 钠离子结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0006814 | 钠离子传输 | 艾达 | 12930796 | |
| 去:0006811 | 离子传输 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0001518 | 电压门控钠离子通道复杂 | 艾达 | 12930796 | |
| 去:0016020 | 膜 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0016021 | 不可或缺的膜 | 国际能源机构 | - - - - - - |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| TURASHVILI乳腺导管癌与导管正常的DN | 198年 | 110年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 武田的目标NUP98 HOXA9融合10 d | 194年 | 122年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH SUZ12目标 | 1038年 | 678年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH速度的目标 | 1062年 | 725年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH ES与H3K27ME3 | 1118年 | 744年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH PRC2目标 | 652年 | 441年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 赛尔维拉SDHB目标1 | 118年 | 66年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳大脑HCP H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069年 | 729年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳人大HCP H3K4ME2和H3K27ME3 | 349年 | 234年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米凯尔森MCV6 HCP H3K27ME3 | 435年 | 318年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米凯尔森人大HCP H3K27ME3 | 341年 | 243年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 杨BCL3目标了 | 364年 | 236年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| LIM乳腺干细胞 | 489年 | 314年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 由1日EGF ZWANG瞬变脉冲 | 1839年 | 928年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir - 124.1 | 1239年 | 1245年 | m8 | hsa - mir - 124 a | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
| miR-124/506 | 1238年 | 1245年 | 1、m8 | hsa - mir - 506 | UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA |
| hsa - mir - 124大脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| miR-125/351 | 1062年 | 1069年 | 1、m8 | hsa - mir - 125 b大脑 | UCCCUGAGACCCUAACUUGUGA |
| hsa - mir - 125 a大脑 | UCCCUGAGACCCUUUAACCUGUG | ||||
| miR-15/16/195/424/497 | 97年 | 103年 | m8 | hsa-miR-15a大脑 | UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG |
| hsa-miR-16大脑 | UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG | ||||
| hsa-miR-15b大脑 | UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA | ||||
| hsa - mir - 195深圳 | UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC | ||||
| hsa - mir - 424 | CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA | ||||
| hsa - mir - 497 | CAGCAGCACACUGUGGUUUGU | ||||
| miR-19 | 1207年 | 1214年 | 1、m8 | hsa-miR-19a | UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA |
| hsa-miR-19b | UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA | ||||
| mir - 490 | 3326年 | 3332年 | m8 | hsa - mir - 490 | CAACCUGGAGGACUCCAUGCUG |