Gene Page:CCL5
Summary？
| 基因 | 6352 |
| 象征 | CCL5 |
| Synonyms | D17S136E | Rantes | Scya5 | Sis-Delta | Sisd | TCP228 | EOCP |
| Description | C-C基序趋化因子配体5 |
| Reference | MIM：187011|HGNC:HGNC:10632|Ensembl：ENSG00000271503|HPRD：01751|Vega：Otthumg00000188396 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 17q12 |
| Pascal p-value | 0.815 |
| 胎儿β | -1.035 |
| DMG | 1 (# studies) |
| 主持人 | Myers' cis & trans |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| DMG：Vaneijk_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 | 2 |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias | 点击显示详细信息 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
Differentially methylated gene
Differentially methylated gene| Probe | 染色体 | 位置 | Nearest gene | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg02927346 | 17 | 34059260 | CCL5 | 4.75E-5 | 6.519 | DMG：Vaneijk_2014 | |
| cg10315334 | 17 | 34207332 | CCL5 | 6.721E-4 | -4.865 | DMG：Vaneijk_2014 |
eQTL annotation
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS10158102 | CHR1 | 34073152 | CCL5 | 6352 | 0.18 | 反式 | ||
| rs17050834 | CHR4 | 140543076 | CCL5 | 6352 | 0.01 | 反式 | ||
| rs7958578 | CHR12 | 101990393 | CCL5 | 6352 | 0.15 | 反式 | ||
| RS10514514 | CHR16 | 81115272 | CCL5 | 6352 | 0.13 | 反式 | ||
| RS2190759 | CHR17 | 55794698 | CCL5 | 6352 | 0.17 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Gene expression during devlopment (BrainCloud)
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| PSMA7 | 0.90 | 0.91 |
| EIF6 | 0.90 | 0.89 |
| ruvbl2 | 0.90 | 0.88 |
| EIF5A | 0.88 | 0.89 |
| mad2l1bp | 0.88 | 0.86 |
| STX5 | 0.87 | 0.85 |
| EIF3I | 0.87 | 0.87 |
| Kat5 | 0.87 | 0.85 |
| PPIL1 | 0.87 | 0.87 |
| COPS6 | 0.87 | 0.87 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.8 | -0.71 | -0.72 |
| AF347015.27 | -0.71 | -0.72 |
| AF347015.33 | -0.69 | -0.71 |
| AF347015.26 | -0.69 | -0.75 |
| AF347015.15 | -0.69 | -0.72 |
| MT-CO2 | -0.68 | -0.67 |
| mt-cyb | -0.68 | -0.70 |
| AF347015.2 | -0.67 | -0.71 |
| AF347015.31 | -0.67 | -0.68 |
| MT-ATP8 | -0.66 | -0.74 |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| CCBP2 | CCR10 |CCR9 |CMKBR9 |D6 |MGC126678 |MGC138250 |HD6 | chemokine binding protein 2 | - | HPRD,BioGRID | 9405404 |
| CCL2 | GDCF-2 |HC11 |HSMCR30 |MCAF |MCP-1 |MCP1 |MGC9434 |scya2 |SMC-CF | chemokine (C-C motif) ligand 2 | 表型增强 | Biogrid | 11350939 |
| CCL5 | D17S136E | MGC17164 | RANTES | SCYA5 | SISd | TCP228 | 趋化因子（C-C基序）配体5 | - | HPRD | 7537088 |
| CCR1 | CD191 | CKR-1 | CKR1 | CMKBR1 | HM145 | MIP1aR | SCYAR1 | 趋化因子（C-C基序）受体1 | 重构的复合物 | Biogrid | 11116158|11449371 |
| CCR1 | CD191 | CKR-1 | CKR1 | CMKBR1 | HM145 | MIP1aR | SCYAR1 | 趋化因子（C-C基序）受体1 | - | HPRD | 9289016|11116158 |12270118|14637022 |
| CCR3 | CC-CKR-3 | CD193 | CKR3 | CMKBR3 | MGC102841 | 趋化因子（C-C基序）受体3 | 重构的复合物 | Biogrid | 8642344|11449371 |
| CCR3 | CC-CKR-3 | CD193 | CKR3 | CMKBR3 | MGC102841 | 趋化因子（C-C基序）受体3 | - | HPRD | 8642344|9289016 |
| CCR4 | CC-CKR-4 | CD194 | CKR4 | CMKBR4 | ChemR13 | HGCN:14099 | K5-5 | MGC88293 | 趋化因子（C-C基序）受体4 | - | HPRD,BioGRID | 8573157|12270118 |
| CCR5 | CC-CKR-5 |CCCKR5 |CD195 |CKR-5 |CKR5 |CMKBR5 | 趋化因子（C-C基序）受体5 | - | HPRD | 8663314|9289016 |11116158|14637022 |
| CCR5 | CC-CKR-5 |CCCKR5 |CD195 |CKR-5 |CKR5 |CMKBR5 | 趋化因子（C-C基序）受体5 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 重构的复合物 |
Biogrid | 11116158|11449371 |14637022 |
| DARC | CCBP1 | CD234 | Dfy | FY | GPD | GpFy | WBCQ1 | Duffy blood group, chemokine receptor | - | HPRD | 12081195 |
| GRB2 | 灰烬|EGFRBP-GRB2 |Grb3-3 |MST084 |MSTP084 | 生长因子受体结合蛋白2 | - | HPRD | 9009162 |
| IGFBP7 | FSTL2 |IGFBP-7 |IGFBP-7V |IGFBPRP1 |Mac25 |PSF | 胰岛素样生长因子结合蛋白7 | - | HPRD | 12847218 |
| IGFBP7 | FSTL2 |IGFBP-7 |IGFBP-7V |IGFBPRP1 |Mac25 |PSF | 胰岛素样生长因子结合蛋白7 | MAC25/AGM与Rantes相互作用。这种相互作用是在小鼠MAC25/AGM和人类rantes之间的相互作用上建模的。 | 绑定 | 12847218 |
| IL8 | 残雪CL8 | GCP-1 | GCP1 | LECT | LUCT | LYNAP | MDNCF | MONAP | NAF | NAP-1 | NAP1 | interleukin 8 | 重构的复合物 | Biogrid | 11509627 |
| SDC1 | CD138 |SDC |Synd1 |Syndecan | Syndecan 1 | - | HPRD,BioGRID | 14637022 |
| SDC4 | MGC22217 |Synd4 | Syndecan 4 | - | HPRD,BioGRID | 14637022 |
| VCAN | CSPG2 | DKFZp686K06110 | ERVR | PG-M | WGN | WGN1 | versican | - | HPRD,BioGRID | 11083865 |