基因页：SDC1
概括？
| 基因 | 6382 |
| 象征 | SDC1 |
| 同义词 | CD138 | SDC | Synd1 | Syndecan |
| 描述 | Syndecan 1 |
| 参考 | MIM：186355|HGNC：HGNC：10658|ENSEMBL：ENSG00000115884|HPRD：01718|Vega：Otthumg0000000090751 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 2P24.1 |
| Pascal P值 | 0.094 |
| DEG P值 | DEG：SANDERS_2014：DS1_P = -0.158：DS1_BETA = 0.026400：DS2_P = 1.01E-03：DS2_BETA = 0.165：DS2_FDR = 1.70E-02 |
| 胎儿β | 1.745 |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：Gwascat | 全基因组关联研究 | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DEG：Sanders_2013 | 微阵列 | 使用微阵列在413例和446例对照中使用微阵列（LCLS）上的微阵列进行全基因组基因表达谱。 | |
| 网络 | 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 | PPI网络中最短路径的贡献：0.008 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
EQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS10491487 | CHR5 | 80323367 | SDC1 | 6382 | 0.09 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| NOL11 | 0.96 | 0.96 |
| Smarce1 | 0.96 | 0.96 |
| CBX3 | 0.96 | 0.95 |
| FAM76B | 0.96 | 0.94 |
| hnrnph1 | 0.95 | 0.95 |
| SMC3 | 0.95 | 0.93 |
| CEP57 | 0.95 | 0.95 |
| 线圈 | 0.95 | 0.95 |
| SNW1 | 0.95 | 0.96 |
| DHX9 | 0.95 | 0.95 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| HLA-F | -0.73 | -0.84 |
| AIFM3 | -0.71 | -0.81 |
| TSC22D4 | -0.71 | -0.85 |
| AF347015.31 | -0.70 | -0.88 |
| C5orf53 | -0.70 | -0.75 |
| FXYD1 | -0.70 | -0.90 |
| ifi27 | -0.70 | -0.90 |
| MT-CO2 | -0.69 | -0.89 |
| pth1r | -0.69 | -0.78 |
| aldoc | -0.69 | -0.75 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0008092 | 细胞骨架蛋白结合 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0016020 | 膜 | IEA | - | |
| 去：0009986 | 细胞表面 | IEA | - | |
| 去：0005887 | 质膜的积分 | 塔斯 | 2324102 |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| 桶 | CAGH39 |CMG |FLJ22219 |FLJ31914 |lin2 |Micpch |TNRC8 | 钙/钙调蛋白依赖性丝氨酸蛋白激酶（Maguk家族） | - | HPRD，Biogrid | 9660868 |
| CCL5 | D17S136E |MGC17164 |rantes |scya5 |SISD |TCP228 | 趋化因子（C-C基序）配体5 | - | HPRD，Biogrid | 14637022 |
| CTSG | CG |MGC23078 | 组织蛋白酶G | - | HPRD，Biogrid | 9565572 |
| ELA2 | GE |HLE |hne |NE |PMN-E | 弹性酶2，中性粒细胞 | - | HPRD | 9565572 |
| FGF2 | BFGF |FGFB |HBGF-2 | 成纤维细胞生长因子2（基本） | 共纯化 | Biogrid | 16982797 |
| HGF | F-TCF |HGFB |hpta |SF | 肝细胞生长因子（肝素A;散射因子） | - | HPRD，Biogrid | 11830493 |
| IGFBP7 | FSTL2 |IGFBP-7 |IGFBP-7V |IGFBPRP1 |Mac25 |PSF | 胰岛素样生长因子结合蛋白7 | - | HPRD | 14521955 |
| IL8 | CXCL8 |GCP-1 |GCP1 |Lect |吊|lynap |mdncf |MONAP |NAF |NAP-1 | NAP1 | 白介素8 | - | HPRD，Biogrid | 12902511 |
| l | MGC71934 | 流蛋白 | 共纯化 | Biogrid | 16982797 |
| MDK | FLJ27379 |Mk |negf2 | Midkine（神经突生长因子2） | - | HPRD | 9089390 |
| PTN | 竖琴|HBGF8 |hbnf |negf1 | pleiotiotirophin | - | HPRD | 7592855 |
| PTN | 竖琴|HBGF8 |hbnf |negf1 | pleiotiotirophin | 重构的复合物 | Biogrid | 8175719 |
| SDCBP | MDA-9 |ST1 |SYCL |Tacip18 | 联合结合蛋白（同步） | - | HPRD，Biogrid | 11179419 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| KEGG ECM受体相互作用 | 84 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| kegg细胞粘附分子凸轮 | 134 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID Integin3途径 | 43 | 25 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID AVB3整合素途径 | 75 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID Syndecan 1途径 | 46 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID整合素5途径 | 17 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome HS堵嘴降解 | 20 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 反应组软骨素硫酸盐皮肤硫酸盐代谢 | 49 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome HS GAG生物合成 | 31 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome硫酸乙酰肝素肝素HS GAG代谢 | 52 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome糖胺聚糖代谢 | 111 | 69 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome GAG合成需要四糖接头序列 | 25 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 脂质和脂蛋白的反应组代谢 | 478 | 302 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 碳水化合物的反应组代谢 | 247 | 154 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome脂质消化和运输 | 46 | 37 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 反应组脂蛋白代谢 | 28 | 24 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome Chylomicron介导的脂质转运 | 16 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 中村肿瘤区周围与中央DN | 634 | 384 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 刘前列腺癌DN | 481 | 290 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 弗雷索莫昔芬反应 | 51 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Davicioni分子臂与ERMS DN | 182 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 周炎性反应活DN | 384 | 220 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Jaeger转移DN | 258 | 141 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| UDayakumar Med1靶向 | 135 | 82 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Senese HDAC1靶向DN | 260 | 143 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Senese HDAC1和HDAC2靶向DN | 232 | 139 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 周的炎症反应FIMA DN | 284 | 156 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 甲状腺癌 | 443 | 294 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Castellano NRAS靶向 | 68 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Markey RB1慢性洛夫 | 115 | 78 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿霉素的Graessmann凋亡 | 1142 | 669 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Graessmann对MC和阿霉素的反应 | 612 | 367 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gaussmann MLL AF4融合靶标C向上 | 170 | 114 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 高田胃癌复制号码 | 7 | 5 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| McBryan Pubertal乳房3 4WK | 214 | 144 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| McBryan Pubertal乳房4 5WK | 271 | 175 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| McBryan Pubertal乳房6 7WK DN | 79 | 54 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| McBryan终端末端芽 | 12 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 隆德被甲基化沉默 | 16 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gruetzmann胰腺癌 | 358 | 245 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Li Wilms肿瘤与胎儿肾脏2 DN | 51 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hasina NOL7目标DN | 13 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nuytten Nipp1靶向DN | 848 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Ingram SHH靶向DN | 64 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 带有E盒的WEI MYCN目标 | 795 | 478 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 里克曼肿瘤分化了井和DN不良 | 382 | 224 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 里克曼转移DN | 261 | 155 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| pasqualucci淋巴瘤通过GC阶段 | 283 | 177 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath循环基因 | 648 | 385 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Onder CDH1目标2 DN | 464 | 276 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BYSTRYKH造血细胞和脑QTL Trans | 185 | 114 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Jechlinger上皮到间充质转变 | 71 | 51 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Iizuka肝癌进展G2 G3 UP | 28 | 14 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| tarte浆细胞与Plasmablast向上 | 398 | 262 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 弗莱赫纳活检肾脏移植被拒绝vs ok dn | 546 | 351 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 宁慢性阻塞性肺疾病 | 157 | 105 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 伊万诺娃造血干细胞 | 254 | 164 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Browne HCMV感染48小时DN | 504 | 323 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gerhold脂肪形成DN | 64 | 44 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 伯顿成生成2 | 72 | 52 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Sesto对UV C7的反应 | 68 | 44 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mahajan对IL1A的回应 | 81 | 52 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bild HRAS致癌特征 | 261 | 166 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 道格拉斯BMI1靶向 | 566 | 371 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 肺癌和巨噬细胞的钟分泌组 | 77 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 转移DN期间的clasper淋巴管 | 36 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| monnier tradiatiation肿瘤逃脱 | 393 | 244 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Creighton内分泌疗法抗性5 | 482 | 296 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Heller HDAC靶向DN | 292 | 189 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Heller HDAC靶向由甲基化DN沉默 | 281 | 179 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Massarweh tamoxifen抗性 | 578 | 341 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 克拉斯的iwanaga致癌作用 | 170 | 107 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Podar对Ahaphostin DN的反应 | 18 | 16 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| huper乳房基础与腔内 | 54 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 对Salirasib dn的Blum响应 | 342 | 220 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GU PDEF目标 | 71 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Chang Core血清反应 | 212 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Chang Cycling基因 | 148 | 83 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 甜肺癌克拉斯 | 491 | 316 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069 | 729 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 米利假足型haptotaxis dn | 668 | 419 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 肌肉DN中的罗马胰岛素靶标 | 204 | 114 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hoshida肝癌亚类S3 | 266 | 180 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 黄成人组织茎模块 | 721 | 492 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 惠特菲尔德细胞周期G1 S | 147 | 76 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| pasini suz12靶向DN | 315 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ewsr1 fli1融合DN的TORCHIA目标 | 321 | 200 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gobert少突胶质细胞分化DN | 1080 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Servitja Islet HNF1A靶向 | 163 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 杨Bcl3靶向 | 364 | 236 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Krieg缺氧不是通过KDM3A | 770 | 480 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Alfano MYC目标 | 239 | 156 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Vanoevelen肌发生SIN3A靶标 | 220 | 133 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Smirnov对IR 6小时的回应 | 166 | 97 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NABA ECM有关联 | 171 | 89 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NABA女性相关 | 753 | 411 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NABA矩阵 | 1028 | 559 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-10 | 750 | 757 | 1A，M8 | HSA-MIR-10A | uacccuguagauccgaauuugug |
| HSA-MIR-10B | uacccuguagaaccgaauuugu | ||||
| mir-19 | 510 | 517 | 1A，M8 | HSA-MIR-19A | ugugcaaauaugauaugaaaacuga |
| HSA-MIR-19B | ugugcaaauccaugcaaaacuga | ||||
| mir-28 | 1118 | 1124 | M8 | HSA-MIR-28脑 | Aaggagcucacagucuauugag |
| mir-9 | 1167 | 1173 | 1a | HSA-MIR-9SZ | ucuuuguuaucuagcuguauga |
| mir-93.hd/291-3p/294/295/302/372/373/520 | 403 | 410 | 1A，M8 | HSA-MIR-93脑 | aaagugcuguucgugcagguag |
| HSA-MIR-302A | uaagugcuugcauguuuguga | ||||
| HSA-MIR-302B | uaagugcuuccauguuuaguag | ||||
| HSA-MIR-302C | uaagugcuuccauguucagugg | ||||
| HSA-MIR-302D | Uaagugcuauguugugugu | ||||
| HSA-MIR-372 | aaagugcugcgacauuugagcgu | ||||
| HSA-MIR-373 | Gaagugcuucgauuuggggugu | ||||
| HSA-MIR-520E | Aaagugcuuuuuugaggg | ||||
| HSA-MIR-520A | aaagugcuucccuuguggugu | ||||
| HSA-MIR-520B | aaagugcuuuuuuagaggg | ||||
| HSA-MIR-520C | aaagugcuuuuuuaggggug | ||||
| HSA-MIR-520D | aaaguguuugugggguggguu | ||||