基因页：SDCBP

概括？
基因 6386
象征 SDCBP
同义词 MDA-9 | MDA9 | ST1 | SYCL | TACIP18
描述 联合结合蛋白
参考 MIM：602217|HGNC：HGNC：10662|Ensembl：ENSG00000137575|HPRD：03741|Vega：Otthumg00000164303
基因类型 蛋白质编码
地图位置 8Q12
Pascal P值 0.561
Sherlock P值 0.16
胎儿β 1.285
DMG 1（＃研究）
主持人 小脑
额叶皮质BA9
元
支持 潜在的突触基因

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：Nishioka_2013 全基因组DNA甲基化分析 作者研究了来自18例第一期精神分裂症（FESZ）和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。 1
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中：1
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献：1.0012

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p（dis） beta（dis） fdr（dis） 学习
CG02103294 8 59465971 SDCBP -0.026 0.25 DMG：Nishioka_2013


第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
C6orf167 0.92 0.80
DTL 0.91 0.67
永恒 0.90 0.80
MCM2 0.90 0.79
CDK2 0.89 0.52
MCM10 0.89 0.61
BRCA2 0.89 0.59
MCM5 0.89 0.76
RRM2 0.89 0.61
FAM83D 0.89 0.75
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
C5orf53 -0.41 -0.62
pth1r -0.40 -0.63
SLC9A3R2 -0.40 -0.35
SLC16A11 -0.39 -0.49
LGI4 -0.38 -0.36
AIFM3 -0.38 -0.56
HLA-F -0.38 -0.54
TNFSF12 -0.38 -0.52
FXYD7 -0.38 -0.33
TMEM54 -0.38 -0.48

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005137 白介素-5受体结合 ISS 11498591
去：0005515 蛋白质结合 IEA -
去：0008093 细胞骨架适配器活性 nas 9391086
GO：0016491 氧化还原酶活性 IEA -
GO：0045545 syndecan结合 nas 9391086
GO：0047485 蛋白质N末端结合 IPI 15371445
GO：0046982 蛋白质异二聚化活性 IPI 11152476
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007268 突触传输 nas 神经元，突触，神经递质（GO期限：6） 9883737
去：0007265 RAS蛋白信号转导 IEA -
去：0007242 细胞内信号传导级联 nas 9391086
去：0008152 代谢过程 IEA -
去：0006930 底物结合的细胞迁移，细胞扩展 nas 12037664
去：0006612 蛋白质靶向膜 nas 10230395
去：0030036 肌动蛋白细胞骨架组织 nas 12037664
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005856 细胞骨架 nas 9391086
去：0005789 内质网膜 IEA -
去：0005634 核 nas 11179419
去：0005737 细胞质 IEA -
去：0005783 内质网 IEA -
去：0005912 粘附交界处 nas 11179419
去：0005895 白介素-5受体复合物 ISS 11498591
去：0005886 质膜 IEA -
GO：0042470 黑色素体 IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

互动者 别名b 官方全名b 实验 资源 PubMed ID
CADM1 BL2 |DKFZP686F1789 |IGSF4 |IGSF4A |MGC149785 |MGC51880 |necl2 |Necl-2 |RA175 |ST17 | SYNCAM | TSLC1 | sTSLC-1 | sgIGSF | synCAM1 细胞粘附分子1 - HPRD，Biogrid 12202822
EFNB1 cfnd |CFNS |efl3 |eplg2 |Elk-l |lerk2 |MGC8782 ephrin-b1 - HPRD，Biogrid 9920925
EFNB2 eplg5 |htkl |htk-l |lerk5 |MGC126226 |MGC126227 |MGC126228 ephrin-b2 Ephrin-B2与ST-1相互作用。这种相互作用是在人类ephrin-B2和大鼠ST-1之间的相互作用上建模的。 绑定 11152476
EFNB2 eplg5 |htkl |htk-l |lerk5 |MGC126226 |MGC126227 |MGC126228 ephrin-b2 - HPRD 10473577
Epha7 EHK3 |hek11 EPH受体A7 EPHA7与ST-1相互作用。这种相互作用是根据人Epha7和大鼠ST-1之间的相互作用建模的。 绑定 11152476
gria1 gluh1 |glur1 |Glura |HBGR1 |MGC133252 谷氨酸受体，离子型，AMPA 1 - HPRD，Biogrid 11891216
gria2 glur2 |Glurb |glur-k2 |HBGR2 谷氨酸受体，离子型，AMPA 2 重构的复合物 Biogrid 11891216
gria3 glur-c |glur-k3 |glur3 |glurc |MRX94 谷氨酸受体，离子营养，AMPA 3 重构的复合物 Biogrid 11891216
gria4 glur4 |glur4c |glurd 谷氨酸受体，离子营养，AMPA 4 - HPRD，Biogrid 11891216
grik1 EAA3 |EEA3 |Glr5 |Glur5 谷氨酸受体，离子型，海藻酸盐1 - HPRD，Biogrid 12597860
Grik2 EAA4 |Glr6 |Gluk6 |glur6 |MGC74427 |MRT6 谷氨酸受体，离子型，海藻酸盐2 - HPRD，Biogrid 12597860
Grik3 EAA5 |Glr7 |Glur7 |glur7a 谷氨酸受体，离子型，海藻酸盐3 重构的复合物 Biogrid 11891216
GRM3 glur3 |gprc1c |mglur3 |mglu3 谷氨酸受体，代谢3 - HPRD，Biogrid 11891216
GRM7 FLJ40498 |Glur7 |gprc1g |mglur7 |mglu7 谷氨酸受体，代谢7 Syntenin与MGLUR7B相互作用。这种相互作用是在未指定物种和人类MGLUR7B的抓地力之间的相互作用上建模的。 绑定 11891216
IL5RA CD125 |CDW125 |HSIL5R3 |IL5R |MGC26560 白介素5受体，α - HPRD，Biogrid 11498591
NF2 ACN |班夫|sch 神经纤维蛋白2（Merlin） Schwannomin与同步素相互作用。 绑定 11432873
NF2 ACN |班夫|sch 神经纤维蛋白2（Merlin） - HPRD，Biogrid 11432873
NFASC DKFZP686P2250 |FLJ46866 |KIAA0756 |nf |nrcaml Neurofascin同源物（鸡肉） - HPRD 11152476
NRXN1 dkfzp313p2036 |FLJ35941 |HS.22998 |KIAA0578 神经1 Neurexin I-Alpha与ST-1相互作用。这种相互作用是在人神经I-α和大鼠ST-1之间证明的相互作用上建模的。 绑定 11152476
ptprj CD148 |dep1 |hptpeta |R-PTP-ETA |SCC1 蛋白酪氨酸磷酸酶，受体类型，J - HPRD，Biogrid 12403354
Rab5a rab5 Rab5a，Ras Oncogene家族成员 亲和力捕获 - 韦斯特恩
两个杂交		 Biogrid 15014045
SDC1 CD138 |SDC |Synd1 |Syndecan Syndecan 1 - HPRD，Biogrid 11179419
SDC2 HSPG |HSPG1 |Synd2 Syndecan 2 - HPRD，Biogrid 9391086
SDC3 n-syndecan |SDCN |Synd3 Syndecan 3 Syndecan-3与ST-1相互作用。这种相互作用是在人类Syndecan-3和大鼠ST-1之间的相互作用上建模的。 绑定 11152476
SDC4 MGC22217 |Synd4 Syndecan 4 - HPRD 12241528
SDCBP2 FLJ12256 |Sitac18 |ST-2 联合结合蛋白（同步）2 - HPRD 11152476
Sox4 EVI16 sry（性别确定区域y） - 盒4 - HPRD，Biogrid 11498591
TGFA TFGA 转化生长因子，α Pro-TGF-Alpha与ST-1相互作用。这种相互作用是在人类pro-TGF-Alpha和大鼠ST-1之间的相互作用上建模的。 绑定 11152476
ULK1 ATG1 |FLJ38455 |UNC51 |UNC51.1 UNC-51样激酶1（秀丽隐杆线虫） - HPRD，Biogrid 15014045


V.途径注释

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
PID IL5途径 14 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID Syndecan 4途径 32 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID Syndecan 1途径 46 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID Syndecan 2途径 33 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome Axon指导 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome L1CAM相互作用 86 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gary CD5目标 473 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
迪亚兹慢性巨态性白血病 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌腔与间充质DN 460 312 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Laiho结直肠癌锯齿状 112 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lindgren膀胱癌簇2A DN 141 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OUELLET卵巢癌侵入性与LMP UP 117 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlosser血清反应DN 712 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ferreira Ewings肉瘤不稳定与稳定 167 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer前列腺开发6小时 176 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nikolsky乳腺癌8Q12 Q22 AMPLICON 132 82 该途径中的所有SZGR 2.0基因
der ifn alpha响应 74 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORSAM HOXA9靶向DN 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Flechner活检肾脏移植OK vs捐助者 555 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
der ifn伽马响应 71 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伊万诺娃造血成熟细胞 293 160 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王顺铂反应和XPC DN 228 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
江缺氧正常 311 205 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由FOXP3绑定的Marson刺激 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zheng Foxp3目标胸腺 196 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sarrio上皮间质转变DN 154 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿塞维多肝癌 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿塞维多肝肿瘤与正常的相邻组织向上 863 514 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Alonso转移EMT 36 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿隆索转移神经 18 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿隆索转移 198 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
croonquist nras发出信号 41 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
肌肉中的罗马胰岛素靶标 442 263 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由MYC DN监管 253 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN腺病毒感染12小时DN 33 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN腺病毒感染24小时DN 43 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN腺病毒感染32小时DN 39 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORN腺病毒感染48小时DN 40 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO对孕酮簇9的时间反应9 76 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
lu eszh2靶向DN 414 237 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Alfano MYC目标 239 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fortschegger PHF8靶向DN 784 464 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过p38完成的phong TNF响应 227 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-1/206 497 503 1a HSA-MIR-1 Uggaauguaaagaaguaugua
HSA-MIR-206SZ Uggaauguaaggaagugugugg
HSA-MIR-613 aggaauguucuuugcc
mir-124.1 592 598 1a HSA-MIR-124A UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
mir-135 279 285 M8 HSA-MIR-135A Uauggcuuuuuuuuccuauga
HSA-MIR-135B Uauggcuuuucauuccuaugug
mir-142-5p 1036 1042 M8 HSA-MIR-142-5P cauaaaguagaaagcacuac
mir-155 508 515 1A，M8 HSA-MIR-155 uuaaugcuaaucgugauagggg
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 1035 1041 1a HSA-MIR-17-5P caaagugcuuacugcagguagu
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ caaagugcuugugcagguag
HSA-MIR-519D caaagugccucccuuuagugugu
mir-196 562 568 M8 HSA-MIR-196A uagguaguucauguugugug
HSA-MIR-196B uagguaguucuuguugg
mir-496 837 843 1a HSA-MIR-496 Auuacauggccaaucuc