基因页面:NEUROG2
总结吗?
| GeneID | 63973年 |
| 象征 | NEUROG2 |
| 同义词 | Atoh4 | Math4A | NGN2 | bHLHa8 | ngn-2 |
| 描述 | neurogenin 2 |
| 参考 | MIM: 606624|HGNC: HGNC: 13805|运用:ENSG00000178403|HPRD: 06976|织女:OTTHUMG00000132907 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 4 q25 |
| 帕斯卡假定值 | 0.725 |
| 胎儿β | 6.331 |
| DMG | 1(#研究) |
| eGene | 迈尔斯的顺式和反式 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| DMG: Jaffe_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 这个数据集包括2104探针/论文认定与深圳病人(n = 108)比136年控制在Bonferroni-adjusted P < 0.05。 | 1 |
| PMID: cooccur | 高通量文献检索 | 系统搜索PubMed的基因共病SCZ关键词。总共有3027个基因包括在内。 | |
| 文学 | 高通量文献检索 | 与精神分裂症Co-occurance关键词:精神分裂症、神经 | 点击显示详细信息 |
| GO_Annotation | neuro-related关键字映射到基因本体论注释 | 支安打与neuro-related关键词:5 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
不同甲基化基因
不同甲基化基因| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | P (dis) | β(dis) | 罗斯福(dis) | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg09707262 | 4 | 113438462 | NEUROG2 | 5.09 e-8 | -0.011 | 1.35 e-5 | DMG: Jaffe_2016 |
eQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs1507047 | chr16 | 50932778 | NEUROG2 | 63973年 | 0.19 | 反式 |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
没有大脑中的基因区域
第三部分。基因本体论注释
| 分子功能 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去:0003677 | DNA结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0005515 | 蛋白结合 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0030528 | 转录监管机构活动 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 生物过程 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0007411 | 轴突的指导 | 国际能源机构 | 轴突(术语层面:13) | - - - - - - |
| 去:0001764 | 神经元迁移 | 国际能源机构 | 神经元(术语层面:8) | - - - - - - |
| 去:0030182 | 神经元分化 | 国际能源机构 | 神经元(术语层面:8) | - - - - - - |
| 去:0030900 | 前脑发展 | 国际能源机构 | 大脑(术语层面:8) | - - - - - - |
| 去:0007399 | 神经系统发育 | 国际能源机构 | 神经突(术语层面:5) | - - - - - - |
| 去:0006355 | 依赖dna的转录调节 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0007275 | 多细胞有机体的发展 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0045165 | 细胞命运的承诺 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 去:0045944 | 积极的监管RNA聚合酶II启动子的转录 | 国际能源机构 | - - - - - - | |
| 蜂窝组件 | 去的术语 | 证据 | 神经的关键词 | PubMed ID |
| 去:0005634 | 核 | 国际能源机构 | - - - - - - |
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| BENPORATH SUZ12目标 | 1038年 | 678年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH速度的目标 | 1062年 | 725年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH ES与H3K27ME3 | 1118年 | 744年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| BENPORATH PRC2目标 | 652年 | 441年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MODY海马产前 | 42 | 33 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 营地结肠癌拷贝数 | 92年 | 45 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳人大HCP H3K4ME3和H3K27ME3 | 142年 | 103年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 迈斯纳大脑HCP H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069年 | 729年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 米凯尔森人大HCP H3K4ME3和H3K27ME3 | 210年 | 148年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 马顿斯维甲酸反应了 | 857年 | 456年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 卡MIR302A目标 | 77年 | 62年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
部分VI. microRNA注释
| microrna的家庭 | 目标位置 | microrna的ID | microrna的seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-17-5p / 20/93.mr / 106/519.d | 602年 | 608年 | m8 | hsa-miR-17-5p | CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU |
| hsa-miR-20a大脑 | UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 106 a | AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC | ||||
| hsa - mir - 106 b深圳 | UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU | ||||
| hsa-miR-20b深圳 | CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG | ||||
| hsa - mir - 519 d | CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU | ||||
| mir - 187 | 954年 | 960年 | m8 | hsa - mir - 187 | UCGUGUCUUGUGUUGCAGCCG |
| mir - 216 | 917年 | 923年 | 1 | hsa - mir - 216 | UAAUCUCAGCUGGCAACUGUG |
| miR-30-3p | 940年 | 946年 | 1 | hsa-miR-30a-3p | CUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGC |
| hsa-miR-30e-3p | CUUUCAGUCGGAUGUUUACAGC | ||||
| miR-33 | 776年 | 782年 | 1 | hsa-miR-33 | GUGCAUUGUAGUUGCAUUG |
| hsa-miR-33b | GUGCAUUGCUGUUGCAUUGCA | ||||
| hsa-miR-33 | GUGCAUUGUAGUUGCAUUG | ||||
| hsa-miR-33b | GUGCAUUGCUGUUGCAUUGCA | ||||
| mir - 346 | 952年 | 958年 | 1 | hsa - mir - 346大脑 | UGUCUGCCCGCAUGCCUGCCUCU |
| mir - 377 | 374年 | 380年 | 1 | hsa - mir - 377 | AUCACACAAAGGCAACUUUUGU |
| mir - 381 | 746年 | 752年 | 1 | hsa - mir - 381 | UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU |
| hsa - mir - 381 | UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU | ||||
| mir - 490 | 732年 | 738年 | 1 | hsa - mir - 490 | CAACCUGGAGGACUCCAUGCUG |
| mir - 495 | 719年 | 725年 | 1 | hsa - mir - 495大脑 | AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU |