基因页:ARAP3
概括?
基因 | 64411 |
象征 | ARAP3 |
同义词 | centd3 | drag1 |
描述 | 带有rhogap结构域的ARFGAP,Ankyrin重复和pH结构域3 |
参考 | MIM:606647|HGNC:HGNC:24097|ENSEMBL:ENSG00000120318|HPRD:09441|Vega:Otthumg00000129610 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 5Q31.3 |
Pascal P值 | 0.687 |
Sherlock P值 | 0.689 |
胎儿β | 0.228 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 元 |
支持 | Ascano FMRP目标 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 3 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG15043642 | 5 | 141061863 | ARAP3 | 6.07e-5 | -0.437 | 0.023 | DMG:Wockner_2014 |
CG04477203 | 5 | 141061883 | ARAP3 | 1.285E-4 | -0.53 | 0.03 | DMG:Wockner_2014 |
CG11893951 | 5 | 141061521 | ARAP3 | 3.271E-4 | -0.575 | 0.04 | DMG:Wockner_2014 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS12564436 | CHR1 | 55057662 | ARAP3 | 64411 | 0.02 | 反式 | ||
RS2289015 | CHR1 | 55075061 | ARAP3 | 64411 | 0.1 | 反式 | ||
RS892932 | CHR3 | 11624210 | ARAP3 | 64411 | 0.19 | 反式 | ||
RS6793958 | CHR3 | 17853055 | ARAP3 | 64411 | 0.01 | 反式 | ||
RS7635430 | CHR3 | 180152035 | ARAP3 | 64411 | 0.02 | 反式 | ||
RS16933426 | Chr10 | 78113005 | ARAP3 | 64411 | 0.01 | 反式 | ||
RS17115591 | CHR14 | 45262026 | ARAP3 | 64411 | 0.15 | 反式 | ||
RS689654 | CHR15 | 54029474 | ARAP3 | 64411 | 0.11 | 反式 | ||
RS2279706 | CHR19 | 31799790 | ARAP3 | 64411 | 0.14 | 反式 | ||
RS4812218 | CHR20 | 59422845 | ARAP3 | 64411 | 0.12 | 反式 | ||
RS17201877 | CHR20 | 59435605 | ARAP3 | 64411 | 0.03 | 反式 | ||
RS2822799 | CHR21 | 15958167 | ARAP3 | 64411 | 0.14 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/ARAP3_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005547 | 磷脂酰肌醇-3,4,5-三磷酸的结合 | 艾达 | 11804589 | |
去:0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
去:0008060 | ARF GTPase激活剂活性 | ISS | - | |
GO:0043325 | 磷脂酰肌醇-3,4-双磷酸的结合 | 艾达 | 11804589 | |
去:0030675 | RAC GTPase激活剂活性 | ISS | - | |
GO:0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007010 | 细胞骨架组织 | 塔斯 | 15569923 | |
去:0007165 | 信号转导 | IEA | - | |
去:0008360 | 细胞形状调节 | ISS | - | |
GO:0016192 | 囊泡介导的运输 | 塔斯 | 15569923 | |
GO:0035024 | RHO蛋白信号转导的负调控 | ISS | - | |
GO:0032312 | ARF GTPase活性的调节 | IEA | - | |
去:0030336 | 细胞迁移的负调节 | ISS | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0001726 | 荷叶边 | ISS | - | |
去:0005856 | 细胞骨架 | IEA | - | |
去:0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
去:0005737 | 细胞质 | 我知道了 | 11804589 | |
去:0005737 | 细胞质 | ISS | - | |
GO:0030027 | 薄片 | ISS | - | |
去:0005886 | 质膜 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
KEGG内吞作用 | 183 | 132 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
pid rhoa reg途径 | 46 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
PID PI3KCI途径 | 49 | 40 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Rho GTPases的Reactome信号传导 | 113 | 81 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
中村肿瘤区周围与中央 | 285 | 181 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Chemnitz对前列腺素E2的反应 | 146 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
周炎性反应活DN | 384 | 220 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
乳腺癌腔与基础DN | 455 | 304 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
乳腺癌腔与间充质DN | 460 | 312 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
runx1 runx1t1融合单核细胞的TONKS目标 | 204 | 140 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
runx1 runx1t1融合红细胞的TONKS目标 | 157 | 104 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
周的炎症反应FIMA DN | 284 | 156 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
哈马凋亡通过小径dn | 186 | 107 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
陈神经母细胞瘤副本编号收益 | 50 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Massarweh tamoxifen抗性 | 578 | 341 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
肝癌DN中的阿塞维多甲基化 | 940 | 425 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Boquest干细胞DN | 216 | 143 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
McMurray TP53 HRAS合作响应 | 26 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
li诱导了自然杀手 | 307 | 182 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Verhaak胶质母细胞瘤经典 | 162 | 122 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Wierenga Stat5a靶向DN | 213 | 127 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Pilon KLF1靶向DN | 1972年 | 1213 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
BHAT ESR1通过AKT1 UP目标 | 281 | 183 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
pasini suz12靶向DN | 315 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Roessler肝癌转移DN | 53 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-150 | 482 | 488 | M8 | HSA-MIR-150 | ucucccaacccuuguaccagug |