Gene Page:嘘
Summary？
| 基因 | 6469 |
| 象征 | 嘘 |
| Synonyms | hhg1 | hlp3 | hpe3 | mcopcb5 | smmci | tpt | tptps |
| Description | Sonic刺猬 |
| Reference | MIM:600725|HGNC:HGNC:10848|HPRD：02838| |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 7q36 |
| Pascal p-value | 0.502 |
| 胎儿β | -0.021 |
| DMG | 3（＃研究） |
| 主持人 | Putamen basal ganglia 元 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 3 |
| DMG：Nishioka_2013 | 全基因组DNA甲基化分析 | 作者研究了来自18例第一期精神分裂症（FESZ）和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。 | 3 |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 3 |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| Literature | High-throughput literature-search | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中：8 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
Differentially methylated gene
Differentially methylated gene| Probe | 染色体 | 位置 | Nearest gene | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg11742909 | 7 | 155601876 | 嘘 | 5.047E-4 | -0.324 | 0.047 | DMG：Wockner_2014 |
| CG00577464 | 7 | 155604780 | 嘘 | -0.026 | 0.93 | DMG：Nishioka_2013 | |
| CG05820448 | 7 | 155605094 | 嘘 | 1.24e-8 | -0.018 | 5.03e-6 | DMG：JAFFE_2016 |
eQTL annotation
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS12719664 | 7 | 154998349 | 嘘 | ENSG00000164690.3 | 1.61749E-6 | 0.04 | 606618 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4960580 | 7 | 154998951 | 嘘 | ENSG00000164690.3 | 1.27595E-6 | 0.04 | 606016 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4960581 | 7 | 154998952 | 嘘 | ENSG00000164690.3 | 1.27415E-6 | 0.04 | 606015 | gtex_brain_putamen_basal |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域s; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| KIAA1468 | 0.87 | 0.89 |
| inpp5f | 0.87 | 0.89 |
| PCYOX1 | 0.86 | 0.90 |
| KIAA0317 | 0.86 | 0.90 |
| MAPRE2 | 0.86 | 0.90 |
| UBE2Z | 0.86 | 0.89 |
| UGCG | 0.85 | 0.88 |
| RTN4 | 0.85 | 0.88 |
| Rabgef1 | 0.85 | 0.87 |
| CLASP2 | 0.85 | 0.88 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| AF347015.31 | -0.69 | -0.71 |
| MT-CO2 | -0.68 | -0.71 |
| FXYD1 | -0.68 | -0.68 |
| AF347015.21 | -0.67 | -0.71 |
| AF347015.8 | -0.67 | -0.70 |
| AF347015.33 | -0.67 | -0.67 |
| AF347015.2 | -0.66 | -0.68 |
| mt-cyb | -0.65 | -0.67 |
| AC021016.1 | -0.65 | -0.69 |
| AF347015.27 | -0.65 | -0.67 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005113 | 修补结合 | IEA | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | ISS | - | |
| 去：0008233 | 肽酶活性 | IEA | - | |
| GO：0043237 | 层粘连蛋白1结合 | ISS | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007411 | 轴突指导 | ISS | axon (GO term level: 13) | - |
| GO:0048663 | neuron fate commitment | ISS | 神经元（GO期限：9） | - |
| GO：0021978 | telencephalon regionalization | IEA | 大脑（GO期限：10） | - |
| 去：0060020 | Bergmann神经胶质细胞分化 | IEA | astrocyte, Glial (GO term level: 6) | - |
| GO:0030902 | 后脑发展 | ISS | Brain (GO term level: 8) | - |
| GO:0030901 | 中脑的发展 | ISS | Brain (GO term level: 8) | - |
| GO:0030900 | 前脑发展 | ISS | Brain (GO term level: 8) | - |
| 去：0014003 | 少突胶质细胞开发 | IEA | 轴突，少突胶质细胞，神经胶质（GO期限：10） | - |
| GO:0001755 | 神经rest细胞迁移 | ISS | - | |
| GO:0001570 | vasculogenesis | ISS | - | |
| GO:0001569 | patterning of blood vessels | ISS | - | |
| GO:0001658 | 输尿管芽分支 | ISS | - | |
| GO:0001656 | metanephros development | ISS | - | |
| 去：0001708 | 细胞命运规格 | ISS | - | |
| 去：0002052 | positive regulation of neuroblast proliferation | IEA | - | |
| 去：0002076 | 成骨细胞开发 | IEA | - | |
| 去：0007267 | 细胞细胞信号传导 | ISS | - | |
| 去：0007228 | HH目标转录因子活性的正调控 | IEA | - | |
| 去：0009952 | anterior/posterior pattern formation | IEA | - | |
| 去：0009887 | organ morphogenesis | ISS | - | |
| GO:0007165 | 信号转导 | ISS | - | |
| 去：0007507 | 心脏发展 | ISS | - | |
| 去：0007442 | 后肠形态发生 | IEA | - | |
| 去：0007435 | salivary gland morphogenesis | ISS | - | |
| 去：0007418 | ventral midline development | TAS | 8896572 | |
| 去：0007389 | pattern specification process | ISS | - | |
| GO:0008209 | 雄激素代谢过程 | ISS | - | |
| GO：0030850 | prostate gland development | ISS | - | |
| GO:0031069 | hair follicle morphogenesis | IEA | - | |
| GO：0016539 | 内部介导的蛋白质剪接 | IEA | - | |
| GO:0042475 | 含牙齿的牙齿的牙生成 | IEA | - | |
| GO：0051146 | 条纹肌肉细胞分化 | IEA | - | |
| GO：0021940 | 颗粒细胞前体增殖的阳性调节 | IEA | - | |
| GO：0021938 | 涉及颗粒细胞前体细胞增殖的平滑信号通路 | IEA | - | |
| GO：0042733 | embryonic digit morphogenesis | ISS | - | |
| GO:0042130 | negative regulation of T cell proliferation | IEA | - | |
| 去：0030539 | male genitalia development | ISS | - | |
| 去：0043010 | camera-type eye development | IEA | - | |
| GO：0032435 | 蛋白酶体泛素依赖性蛋白质分解代谢过程的负调节 | IEA | - | |
| GO:0030162 | 调节蛋白水解 | ISS | - | |
| 去：0030336 | 细胞迁移的负调节 | ISS | - | |
| GO：0030324 | 肺发展 | ISS | - | |
| GO：0021513 | spinal cord dorsal/ventral patterning | IEA | - | |
| GO：0045944 | RNA聚合酶II启动子的转录阳性调节 | IEA | - | |
| GO:0045596 | negative regulation of cell differentiation | ISS | - | |
| 去：0046639 | α-βT细胞分化的负调控 | IEA | - | |
| GO：0048568 | 胚胎器官开发 | IEA | - | |
| GO：0048589 | 发展增长 | IEA | - | |
| GO：0048598 | 胚胎形态发生 | IEA | - | |
| GO:0045445 | 成肌细胞差异 | IEA | - | |
| GO:0045449 | 转录的调节 | IEA | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005576 | 细胞外区域 | IEA | - | |
| 去：0005615 | 细胞外空间 | ISS | - | |
| 去：0009986 | cell surface | ISS | - | |
| 去：0005886 | plasma membrane | IEA | - | |
| GO:0045121 | 膜筏 | ISS | - |