基因页：SHMT2

Summary？
基因 6472
象征 SHMT2
Synonyms GLYA | HEL-S-51e | SHMT
Description 丝氨酸羟甲基转移酶2
Reference MIM：138450|HGNC:HGNC:10852|Ensembl：ENSG00000182199|HPRD:00717|Vega：Otthumg00000171246
基因类型 蛋白质编码
Map location 12q12-Q14
Pascal P值 0.01
Sherlock p-value 0.256
胎儿β 1.023
主持人 Myers' cis & trans

Gene in Data Sources
基因集名称 Method of gene set Description 信息
简历：Gwascat Genome-wide Association Studies 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。
简历：PGC128 全基因组协会研究 多达36,989例和113,075个对照的多阶段精神分裂症GWA。由PGC的精神分裂症工作组报告。128个跨越108个基因座的独立协会
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@简历：PGC128

SNP ID 染色体 位置 等位基因 p 功能 Gene 向上/向下距离
rs12826178 CHR12 57622371 TG 5.297E-12 上游的 SHMT2

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS10943541 CHR6 79190082 SHMT2 6472 0.14 反式
rs1578978 CHR8 118196802 SHMT2 6472 0.13 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
Gene 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
DMWD 0.84 0.84
CHPF 0.84 0.85
AMPD2 0.84 0.83
STMN3 0.84 0.81
ppp2R5B 0.83 0.81
MAPK8IP1 0.82 0.80
REEP2 0.82 0.81
ATP13A2 0.82 0.81
SYT5 0.82 0.83
LRRTM1 0.81 0.86
前10个负共表达基因
Gene 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
AF347015.21 -0.58 -0.42
AF347015.2 -0.54 -0.40
MT-CO2 -0.53 -0.39
GNG11 -0.53 -0.48
AF347015.8 -0.53 -0.39
AF347015.18 -0.53 -0.36
鼻孔 -0.52 -0.41
AF347015.31 -0.52 -0.39
AP002478.3 -0.52 -0.45
AF347015.33 -0.51 -0.38

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005515 蛋白质结合 IPI 17220478|17353931
去：0004372 glycine hydroxymethyltransferase activity 艾达 8505317|17482557
去：0004372 glycine hydroxymethyltransferase activity IEA -
GO：0016740 转移酶活性 IEA -
去：0030170 吡啶还毒素结合 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0006730 单碳复合代谢过程 艾达 11516159
去：0006730 单碳复合代谢过程 IEA -
去：0006544 甘氨酸代谢过程 IEA -
去：0006563 L链代谢过程 IEA -
Cellular component 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005739 线粒体 艾达 17482557
去：0005739 线粒体 IEA -
去：0005743 线粒体内膜 IEA -
去：0005759 线粒体基质 艾达 11516159

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
Kegg甘氨酸丝氨酸和苏氨酸代谢 31 26 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KEGG ONE CARBON POOL BY FOLATE 17 12 All SZGR 2.0 genes in this pathway
pARENT MTOR SIGNALING UP 567 375 All SZGR 2.0 genes in this pathway
中村肿瘤区周围与中央DN 634 384 All SZGR 2.0 genes in this pathway
sotiriou乳腺癌1级vs 3 151 84 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Chemnitz对前列腺素E2的反应 146 86 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Gary CD5目标 473 314 All SZGR 2.0 genes in this pathway
casorelli急性临时细胞白血病DN 663 425 All SZGR 2.0 genes in this pathway
迪亚兹慢性巨态性白血病 1382 904 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Hoebeke淋巴干细胞DN 86 59 All SZGR 2.0 genes in this pathway
莱茵所有糖皮质激素治疗DN 362 238 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Kim WT1靶向DN 459 276 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Graham CML分割与正常静止 181 101 All SZGR 2.0 genes in this pathway
多德鼻咽癌DN 1375 806 All SZGR 2.0 genes in this pathway
甲状腺癌的甲状腺癌间变性 722 443 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ENK UV响应表皮增强 293 179 All SZGR 2.0 genes in this pathway
纳德里乳腺癌预后 50 26 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿霉素的Graessmann凋亡 1142 669 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GRAESSMANN RESPONSE TO MC AND DOXORUBICIN UP 612 367 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Dacosta UV响应通过ERCC3 UP 309 199 All SZGR 2.0 genes in this pathway
王HCP前列腺癌 111 69 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PUJANA BRCA1 PCC网络 1652 1023 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Pujana ATM PCC网络 1442 892 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PUJANA CHEK2 PCC网络 779 480 All SZGR 2.0 genes in this pathway
通过HIF1A的总缺氧 77 49 All SZGR 2.0 genes in this pathway
咖啡馆对THC的反应 33 20 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Caffarel对THC 24小时5 DN的响应 59 35 All SZGR 2.0 genes in this pathway
彭亮氨酸剥夺 142 93 All SZGR 2.0 genes in this pathway
史密斯·泰特（Smith Tert） 145 91 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MATSUDA NATURAL KILLER DIFFERENTIATION 475 313 All SZGR 2.0 genes in this pathway
棕色髓样细胞发育DN 129 86 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Li Wilms肿瘤与胎儿肾脏1 DN 163 115 All SZGR 2.0 genes in this pathway
伊万诺娃造血早期祖先 532 309 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病 1691 1088 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BANDRES RESPONSE TO CARMUSTIN MGMT 48HR DN 161 105 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Krige对Tosedostat 6小时的反应 953 554 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR UP 783 442 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CREIGHTON ENDOCRINE THERAPY RESISTANCE 1 528 324 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MARSON BOUND BY FOXP3 UNSTIMULATED 1229 713 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sansom APC目标 212 121 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sansom APC MYC目标 217 138 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sansom APC目标需要MYC 210 123 All SZGR 2.0 genes in this pathway
海勒被甲基化DN沉默 105 67 All SZGR 2.0 genes in this pathway
HELLER HDAC TARGETS DN 292 189 All SZGR 2.0 genes in this pathway
HELLER HDAC TARGETS SILENCED BY METHYLATION DN 281 179 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ACEVEDO NORMAL TISSUE ADJACENT TO LIVER TUMOR DN 354 216 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿塞维多肝癌DN 540 340 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Boquest干细胞培养与新鲜 425 298 All SZGR 2.0 genes in this pathway
对Salirasib的反应 245 159 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MOOTHA HUMAN MITODB 6 2002 429 260 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mootha线粒体 447 277 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Takeer吉西他滨抗性DN 122 84 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Bohn原发性免疫缺陷综合症 47 30 All SZGR 2.0 genes in this pathway
张TLX目标60小时DN 277 166 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Karlsson TGFB1靶向 127 78 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Chicas RB1目标增长 243 155 All SZGR 2.0 genes in this pathway
国外RB1目标CONFLUENT 567 365 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Ohguchi肝HNF4A靶向DN 149 85 All SZGR 2.0 genes in this pathway
棕熊UVC响应很晚 317 190 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Vandesluis Commd1目标3 89 50 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Delpuech FOXO3靶向DN 41 27 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Lee BMP2靶向DN 882 538 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Kim Tial1目标 32 22 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Huang GATA2靶向DN 72 52 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-383 498 505 1A，M8 HSA-MIR-383brain agaucagaaggugauuguggcu
miR-495 547 553 1a HSA-MIR-495brain Aaacaaacauggugcacuuuuu