基因页：Shox2

概括？
基因 6474
象征 Shox2
同义词 OG12 | OG12X |射击
描述 身材矮小的同源2
参考 MIM：602504|HGNC：HGNC：10854|Ensembl：ENSG00000168779|Vega：Otthumg00000158755
基因类型 蛋白质编码
地图位置 3Q25.32
Pascal P值 0.73
TADA P值 0.01
胎儿β 0.176
支持 COMPOSITESET

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DNM：Fromer_2014 整个外显子组测序分析 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究，该研究使用基因组DNA报告了DNM。
PMID：cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中：1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@DNM表

基因 染色体 位置 参考 alt 成绩单 AA更改 突变类型 筛 CG46 特征 学习
Shox2 CHR3 157815881 t C NM_001163678
NM_003030
NM_006884		 p.299k> e
p.335k> e
p.311k> e		 错过
错过
错过		 精神分裂症 DNM：Fromer_2014


第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
AC008622.1 0.92 0.80
tead2 0.89 0.68
TP53 0.88 0.76
TCF19 0.88 0.80
BTG1 0.87 0.82
CDCA7 0.87 0.80
CDK2 0.87 0.69
CDO1 0.87 0.72
PTBP1 0.86 0.72
KIF22 0.86 0.79
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
C5orf53 -0.51 -0.75
FBXO2 -0.48 -0.59
HLA-F -0.48 -0.64
AIFM3 -0.48 -0.65
AF347015.27 -0.47 -0.75
AF347015.31 -0.47 -0.76
CA4 -0.47 -0.68
pth1r -0.47 -0.63
S100B -0.46 -0.69
AF347015.33 -0.46 -0.74

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0003700 转录因子活性 IEA -
GO：0043565 序列特异性DNA结合 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007399 神经系统的发展 塔斯 神经突（GO期限：5） 9482898
去：0001501 骨骼系统开发 塔斯 9482898
去：0006355 调节转录，DNA依赖性的调节 IEA -
去：0007507 心脏发展 塔斯 9482898
去：0007275 多细胞生物发育 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005634 核 IEA -

V.途径注释

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
Schuetz乳腺癌导管侵入性 351 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌腔与间充质DN 460 312 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌基础与间充质DN 50 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Naderi乳腺癌预后DN 18 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3 UP 309 199 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martoriati MDM4靶向神经上皮DN 164 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martoriati MDM4靶向胎儿肝DN 514 319 该途径中的所有SZGR 2.0基因
co牛MYCN目标 43 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
洛佩兹MBD目标 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Suz12目标 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath EED目标 1062 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath PRC2目标 652 441 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CERVERA SDHB靶向1个 118 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
马纳洛缺氧 207 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
葡萄病毒感染的Debiasi凋亡 314 201 该途径中的所有SZGR 2.0基因
汉·詹克（Han Jnk）唱歌 35 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伯顿成生成11 57 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bacolod抗烷基化剂的抗性 26 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
monnier tradiatiation肿瘤逃脱DN 373 196 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3 common 77 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID乳腺癌腔B DN 564 326 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌基础 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boquest干细胞向上 260 174 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甜肺癌Kras DN 435 289 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
米利假足 518 299 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nakayama软组织肿瘤PCA2 UP 87 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Verhaak胶质母细胞瘤经典 162 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Johnstone Parvb目标2 DN 336 211 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1目标10小时DN 244 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wang MLL目标 289 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-129-5p 861 867 1a HSA-MIR-129脑 cuuuuugcgguggggcuugc
HSA-MIR-129-5P cuuuuugcgguggggcuugcu
mir-18 1427 1433 1a HSA-MIR-18A uaagguggaugugcagaua
HSA-MIR-18B uaaggugcaucuagugcagua
mir-214 920 926 1a HSA-MIR-214脑 acagcaggcacagacaggcag
mir-330 777 784 1A，M8 HSA-MIR-330脑 GCAAAGCACGGCCUGCAGAGA
mir-375 1489 1496年 1A，M8 HSA-MIR-375 uuuguucguucggcucgcguga
mir-494 1629年 1635年 1a HSA-MIR-494脑 ugaaacauacgggaaaccucuu
mir-96 1955年 1961年 M8 HSA-MIR-96脑 uuuggcacuagcacauuuuugc