基因页：SLC1A2

概括?
基因ID 6506
Symbol SLC1A2
同义词 eaat2 | glt-1 | hbgt
描述 Solute Carrier家族1成员2
参考 MIM:600300|HGNC：HGNC：10940|Ensembl:ENSG00000110436|HPRD:02625|Vega：Otthumg0000000044391
基因type protein-coding
地图位置 11P13
Pascal P值 0.729
Sherlock P值 0.502
Fetal beta -1.608
eGene 小脑半球
迈尔斯的顺式和跨性别
支持 NEUROTRANSMITTER METABOLISM
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSENSUS
G2Cdb.human_clathrin
G2Cdb.human_Synaptosome
G2Cdb.human_TAP-PSD-95-CORE
G2Cdb.humanNRC
g2cdb.humanpsd
G2Cdb.humanPSP
COMPOSITESET
Darnell FMRP targets
Potential synaptic genes

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 系统搜索PubMed的基因s co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Association 组合的优势比方法（Sun et al. 2008），协会研究 2 链接到Szgene
Expression 基因表达的荟萃分析 Pvalue: 1.818
文学 高通量文献搜索 Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenics,schizophrenias Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 3

第一节遗传学和表观遗传学注释

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
rs17014160 chr1 206855799 SLC1A2 6506 0.07 trans
rs12997903 chr2 1952083 SLC1A2 6506 0.04 trans
RS6733654 chr2 1963270 SLC1A2 6506 9.781E-4 trans
rs6737451 chr2 189039508 SLC1A2 6506 0.02 trans
rs1395163 chr3 31028951 SLC1A2 6506 0.01 trans
rs17029291 chr3 32402138 SLC1A2 6506 0.04 trans
rs6446109 chr3 60076988 SLC1A2 6506 0.12 trans
RS624496 chr3 120506736 SLC1A2 6506 0.06 trans
rs7630338 chr3 173953886 SLC1A2 6506 0.05 trans
rs16858348 chr3 173958675 SLC1A2 6506 0.02 trans
RS2193745 chr3 173964139 SLC1A2 6506 0.07 trans
RS17049650 chr4 119097017 SLC1A2 6506 0.17 trans
rs17049690 chr4 119154023 SLC1A2 6506 0.04 trans
snp_a-4197792 0 SLC1A2 6506 0.17 trans
rs17030258 chr4 154546102 SLC1A2 6506 0.18 trans
rs16895745 chr5 26523381 SLC1A2 6506 0.07 trans
RS3733925 chr5 150090343 SLC1A2 6506 0.17 trans
RS4576244 chr6 9525542 SLC1A2 6506 0.17 trans
RS10968711 chr9 28676294 SLC1A2 6506 0.17 trans
rs11259374 chr10 14917473 SLC1A2 6506 0.12 trans
rs3912874 chr10 66571456 SLC1A2 6506 0.19 trans
rs909288 chr10 124257417 SLC1A2 6506 0.01 trans
rs7111397 chr11 20133985 SLC1A2 6506 0.19 trans
RS7294586 chr12 100890454 SLC1A2 6506 0.12 trans
rs10492317 chr12 100899426 SLC1A2 6506 0.02 trans
rs1954396 chr14 43601835 SLC1A2 6506 0.01 trans
rs2327968 chr20 15813490 SLC1A2 6506 0.13 trans
rs6098023 chr20 53113740 SLC1A2 6506 0.18 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
TGFBR3 0.81 0.85
FGL2 0.67 0.70
TLR4 0.67 0.79
PRRX1 0.66 0.76
SLC7A11 0.64 0.82
SIX1 0.63 0.54
CFH 0.63 0.63
GJA1 0.63 0.75
ITGBL1 0.63 0.56
ABCA9 0.62 0.69
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
STRA13 -0.36 -0.53
SNHG12 -0.35 -0.47
RP9 -0.34 -0.46
RP9P -0.33 -0.51
TCTEX1D2 -0.33 -0.45
FAM128A -0.33 -0.38
COMTD1 -0.32 -0.38
AC006273.1 -0.32 -0.31
LSM7 -0.32 -0.46
NR2C2AP -0.32 -0.43

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO：0015501 glutamate:sodium symporter activity IEA 谷氨酸（GO期限：11） -
GO:0015293 分类者活动 IEA -
GO:0017153 sodium:dicarboxylate symporter activity IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007268 突触传输 塔斯 neuron, Synap, Neurotransmitter (GO term level: 6) 7521911
GO：0015813 L-谷氨酸运输 塔斯 谷氨酸（GO期限：9） 7521911
GO:0006835 dicarboxylic acid transport IEA -
去：0006810 transport IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005624 膜分数 塔斯 7521911
GO:0016020 膜 IEA -
GO:0016021 integral to membrane IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS ALS 53 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
跨化学突触的反应组传播 186 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome神经元系统 279 221 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSMEMBRANE TRANSPORT OF SMALL MOLECULES 413 270 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SLC MEDIATED TRANSMEMBRANE TRANSPORT 241 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
无机阳离子阴离子和氨基酸寡肽的反应组转运 94 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组氨基酸和寡肽SLC转运蛋白 49 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
turashvili乳腺癌导管与小叶 21 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE LIVE UP 485 293 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gal白血病干细胞向上 133 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
vecchi胃癌早期DN 367 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
周的炎症反应fima 544 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因
周炎性反应lps up 431 237 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gozgit ESR1靶向DN 781 465 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim Mycn扩增靶向 92 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEI MYCN TARGETS WITH E BOX 795 478 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Suz12目标 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH EED TARGETS 1062 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH PRC2 TARGETS 652 441 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stark前额叶皮层22Q11删除 195 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shen Smarca2靶向DN 357 212 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE LIVER CANCER CIPROFIBRATE DN 66 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE LIVER CANCER MYC UP 54 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
pomeroy髓母细胞瘤脱毛质vs经典 62 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Liver Cancer Dena DN 74 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HU GENOTOXIN ACTION DIRECT VS INDIRECT 4HR 37 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sansom APC目标 212 121 该途径中的所有SZGR 2.0基因
H3K27me3 97 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HUANG DASATINIB RESISTANCE DN 69 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mootha线粒体 447 277 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ICHIBA GRAFT VERSUS HOST DISEASE 35D DN 49 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rutella对CSF2RB和IL4的响应 338 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF UP 418 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF VS CSF2RB AND IL4 DN 245 150 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIANG LIVER CANCER SUBCLASS CTNNB1 UP 176 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM ALL DISORDERS OLIGODENDROCYTE NUMBER CORR DN 36 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE EARLY LATE 317 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEDERSEN METASTASIS BY ERBB2 ISOFORM 4 110 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RATTENBACHER BOUND BY CELF1 467 251 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY 1725年 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-128 6738 6744 1A HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
mir-140 7101 7107 1A hsa-miR-140脑 agugguuuuacccuaugguag
mir-145 9582 9588 m8 hsa-miR-145 GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUU
mir-153 8054 8060 m8 hsa-miR-153 Uugcauagucacaaaaguga
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 8058 8064 m8 hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
HSA-MIR-20A脑 uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa-miR-519d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
mir-182 182 189 1A,m8 hsa-miR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
hsa-miR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
mir-19 6614 6620 1A hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b ugugcaaauccaugcaaaacuga
MiR-200BC/429 1806年 1813年 1A,m8 HSA-MIR-200B uaauacugccugguaaugaugac
HSA-MIR-200C uaauacugccggguaaugaugg
HSA-MIR-429 uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
HSA-MIR-200B uaauacugccugguaaugaugac
HSA-MIR-200C uaauacugccggguaaugaugg
HSA-MIR-429 uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
miR-203.1 9564 9571 1A,m8 HSA-MIR-203 UGAAAUGUUUAGGACCACUAG
miR-218 8735 8741 m8 HSA-MIR-218脑 uugugcuugaucuaaccaugu
HSA-MIR-218脑 uugugcuugaucuaaccaugu
HSA-MIR-218脑 uugugcuugaucuaaccaugu
mir-24* 2362 2368 1A hsa-miR-189 GUGCCUACUGAGCUGAUAUCAGU
mir-27 9613 9619 1A hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 uucacaguggcuaaguucugc
hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 uucacaguggcuaaguucugc
mir-29 7323 7329 m8 hsa-miR-29aSZ uagcaccaucugaaaucgguu
hsa-miR-29bSZ uagcaccauuugaaaucaguguu
hsa-miR-29cSZ UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
miR-30-5p 108 114 m8 hsa-miR-30a-5p UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG
HSA-MIR-30C脑 uguaaacauccuacucucucucucagc
HSA-MIR-30DSZ uguaaacauccccgacuggaag
HSA-MIR-30BSZ UGUAAACAUCCUACACUCAGCU
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga
mir-31 277 284 1A,m8 HSA-MIR-31 AGGCAAGAUGCUGGCAUAGCUG
HSA-MIR-31 AGGCAAGAUGCUGGCAUAGCUG
miR-338 244 250 1A HSA-MIR-338脑 UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGA
mir-381 6654 6660 1A hsa-miR-381 UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU
hsa-miR-381 UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU
miR-96 4388 4394 m8 hsa-miR-96脑 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGC