基因页：BMP4

概括?
基因ID 652
Symbol BMP4
同义词 BMP2B | BMP2B1 | MCOPS6 | OFC11 | Zyme
描述 骨形态发生蛋白4
参考 MIM：112262|HGNC：HGNC：1071|Ensembl:ENSG00000125378|HPRD：00207|Vega:OTTHUMG00000140303
基因type protein-coding
地图位置 14q22-q23
Pascal P值 0.711
Sherlock P值 0.677
Fetal beta -1.209
DMG 1（＃研究）
eGene 小脑半球
Cerebellum
迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 Info
CV:GWAScat 全基因组关联研究 This data set includes 560 SNPs associated with schizophrenia. A total of 486 genes were mapped to these SNPs within 50kb.
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 1
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 2

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position 最近的基因 P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
CG16277510 14 54421395 BMP4 2.38E-9 -0.026 1.79E-6 DMG:Jaffe_2016

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS12885035 chr14 54175838 BMP4 652 0.07 cis

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
CHST5 0.58 0.67
MIB2 0.58 0.57
SLC25A28 0.57 0.59
DVL1 0.57 0.58
BX927359.1 0.57 0.61
TMEM175 0.57 0.60
DNAJB2 0.56 0.62
C14orf80 0.55 0.59
AMDHD2 0.55 0.58
PNPLA2 0.55 0.61
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
RPS4Y1 -0.30 -0.28
AF347015.21 -0.30 -0.14
GNG11 -0.29 -0.25
USP9Y -0.29 -0.28
CLEC2B -0.29 -0.13
IL32 -0.28 -0.26
AC137766.1 -0.27 -0.16
ZFY -0.27 -0.26
普里 -0.27 -0.29
cyorf15a -0.27 -0.27

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0004871 signal transducer activity 塔斯 9804553
GO:0005125 细胞因子活性 艾达 14749725
GO:0005515 protein binding IEA -
去：0008201 heparin binding IEA -
去：0008083 生长factor activity IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0021978 尾脑区域化 IEA Brain (GO term level: 10) -
去：0030900 forebrain development IEA 大脑（GO期限：8） -
去：0001525 angiogenesis IEA -
去：0001658 ureteric bud branching IEA -
去：0001934 positive regulation of protein amino acid phosphorylation 艾达 14749725
去：0007281 生殖细胞发育 IEA -
GO:0007507 heart development IEA -
GO:0007500 中胚层细胞命运测定 IEA -
去：0007275 多细胞生物发育 IEA -
GO：0042475 odontogenesis of dentine-containing tooth IEA -
GO:0021904 dorsoventral neural tube patterning IEA -
GO:0030501 positive regulation of bone mineralization 艾达 14749725
GO:0030509 BMP信号通路 IEA -
GO:0051216 cartilage development IEA -
GO:0030218 erythrocyte differentiation IEA -
去：0043010 相机型眼睛开发 IEA -
GO：0032331 negative regulation of chondrocyte differentiation IEA -
GO:0051145 平滑肌细胞分化 IEA -
GO:0030324 lung development IEA -
GO:0040007 生长 IEA -
GO：0045165 细胞命运承诺 IEA -
GO:0045662 negative regulation of myoblast differentiation 艾达 14749725
GO：0045843 横纹肌发育的负调节 艾达 14749725
GO:0045786 negative regulation of cell cycle 艾达 11502704
去：0045669 positive regulation of osteoblast differentiation 艾达 14749725
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005578 蛋白质细胞外基质 IEA -
GO:0005615 extracellular space IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
BMP4 BMP2B | BMP2B1 | MCOPS6 | ZYME 骨形态发生蛋白4 - HPRD 7673243
BMP4 BMP2B | BMP2B1 | MCOPS6 | ZYME 骨形态发生蛋白4 BMP4forms homo-dimer. This interaction was modeled on a demonstrated interaction using BMP4 from an unspecified species. BIND 15775969
BMP8B BMP8 | MGC131757 | OP2 骨形态发生蛋白8b - HPRD 10894154|11427739
BMPER crim3 |CV-2 |CV2 BMP结合内皮调节剂 - HPRD 12897139
BMPR1A 10q23del | ACVRLK3 | ALK3 | CD292 骨形态发生蛋白受体，IA型 - HPRD 8702914|11241215
BMPR1A 10q23del | ACVRLK3 | ALK3 | CD292 骨形态发生蛋白受体，IA型 Reconstituted Complex BioGRID 8006002
BMPR1B ALK-6 | ALK6 | CDw293 骨形态发生蛋白受体，IB型 - HPRD 7811286|8702914
|11282024
BMPR1B ALK-6 | ALK6 | CDw293 骨形态发生蛋白受体，IB型 Reconstituted Complex BioGRID 8006002
BMPR1B ALK-6 | ALK6 | CDw293 骨形态发生蛋白受体，IB型 BMP4与BMPR1B（BR）相互作用。这种相互作用是根据未指定物种的BMP4与来自未指定物种的BMPR1B之间的相互作用进行建模的。 BIND 15775969
BMPR2 BMPR-II |BMPR3 |BMR2 |BRK-3 |FLJ41585 |FLJ76945 |pph1 |讲话 骨形态发生蛋白受体，II型（丝氨酸/苏氨酸激酶） - HPRD，Biogrid 7644468|8702914
CHRD MGC133038 Chordin BMP4与CHRD（CHD）的未指定同工型相互作用。这种相互作用是基于未指定物种的BMP4与未指定物种的CHRD之间的相互作用进行建模的。 BIND 15775969
木栓 SYM1 |SYNS1 noggin - HPRD 10657699
SOSTDC1 CDA019 |DKFZP564D206 |ectodin |USAG1 含1的硬化蛋白结构域 - HPRD，Biogrid 15020244
Stap2 bks |FLJ20234 信号转导适配器家族成员2 - HPRD 7644468
TWSG1 TSG twisted gastrulation homolog 1 (Drosophila) Reconstituted Complex BioGRID 11260715


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG HEDGEHOG SIGNALING PATHWAY 56 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg tgf beta信号通路 86 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG PATHWAYS IN CANCER 328 259 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG基底细胞癌 55 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta ALK途径 37 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID BMP PATHWAY 42 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Davicioni分子臂与ERMS DN 182 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX FOXO1融合的Davicioni目标 255 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gargalovic对氧化磷脂的反应蓝色DN 61 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 TARGETS DN 260 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM WT1 TARGETS DN 459 276 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gaussmann MLL AF4融合靶向F 185 119 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BEGUM TARGETS OF PAX3 FOXO1 FUSION DN 45 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SEITZ NEOPLASTIC TRANSFORMATION BY 8P DELETION UP 73 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA ERCC3 ALLELE XPCS VS TTD DN 36 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS ELK3 TARGETS UP 27 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过ELK3 UP总缺氧 209 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 AND HIF1A DN 103 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VHL HIF2A的Rankin血管生成靶 5 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 6HR DN 514 330 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC TARGETS WITH EBOX 230 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TARTE PLASMA CELL VS PLASMABLAST UP 398 262 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Frasor对雌二醇DN的反应 82 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JECHLINGER EPITHELIAL TO MESENCHYMAL TRANSITION DN 66 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sansom APC目标DN 366 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GUO HEX TARGETS UP 81 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Affar YY1目标 214 133 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEIGEL OXIDATIVE STRESS BY TBH AND H2O2 36 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
韦斯顿Vegfa目标6HR 59 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIBA RESPONSE TO TSA UP 52 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lindvall通过Tert Up永生 78 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
韦斯顿Vegfa目标 108 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 8HR DN 47 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU CMV 8 HR DN 53 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhu CMV全部DN 128 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 UP 428 266 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nielsen Gist和滑膜肉瘤 20 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
韦斯顿·维加法（Weston Vegfa）目标3小时 74 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIGGI EWING SARCOMA PROGENITOR DN 191 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
恩格曼癌祖细胞dn 70 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER CANCER WITH H3K27ME3 DN 228 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌基础DN 701 446 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Matzuk胚胎生殖细胞 19 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP 871 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TOOKER GEMCITABINE RESISTANCE UP 79 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Aguirre胰腺癌复制号 298 174 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甜肺癌克拉斯 491 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYAULT LIVER CANCER SUBCLASS G6 UP 65 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
清肝癌子类CTNNB1 UP 176 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANDRAN METASTASIS DN 306 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN NPC HCP WITH H3K27ME3 341 243 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO对孕酮簇1的时间反应1 68 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM BIPOLAR DISORDER OLIGODENDROCYTE DENSITY CORR DN 88 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chicas RB1目标汇合 567 365 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PASINI SUZ12 TARGETS DN 315 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KASLER HDAC7 TARGETS 1 UP 194 133 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KATSANOU ELAVL1 TARGETS UP 169 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELACROIX RAR BOUND ES 462 273 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Alfano MYC目标 239 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
rao由SALL4同工型B绑定 517 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL DN 308 187 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 1ST EGF PULSE ONLY 1839年 928 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang EGF间隔DN 214 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA SECRETED FACTORS 344 197 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA女性相关 753 411 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA矩阵 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-363 194 201 1A,m8 hsa-miR-363 AUUGCACGGUAUCCAUCUGUAA