基因页：SLC12A2

概括?
基因ID 6558
Symbol SLC12A2
同义词 BSC|BSC2|NKCC1|PPP1R141
描述 solute carrier family 12 member 2
参考 MIM：600840|HGNC:HGNC:10911|Ensembl：ENSG0000000064651|HPRD:06775|Vega:OTTHUMG00000128983
基因type protein-coding
地图位置 5q23.3
Pascal P值 0.005
Fetal beta -0.699

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 Psr: 0.0032
文学 高通量文献搜索 Co-occurance和Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释


Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
MORC2 0.98 0.98
BRD1 0.97 0.96
PHF2 0.97 0.95
Arid1a 0.97 0.96
ILF3 0.97 0.98
NUP62 0.96 0.97
RBM15B 0.96 0.97
EHMT1 0.96 0.92
PDCD11 0.96 0.95
BRD3 0.96 0.97
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
C5orf53 -0.74 -0.81
AF347015.31 -0.74 -0.92
HLA-F -0.73 -0.79
S100B -0.72 -0.86
MT-CO2 -0.72 -0.92
AF347015.27 -0.72 -0.89
B2M -0.71 -0.83
FXYD1 -0.71 -0.88
AF347015.33 -0.71 -0.88
TSC22D4 -0.71 -0.80

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005515 protein binding IEA -
GO:0005215 transporter activity IEA -
GO:0008511 sodium:potassium:chloride symporter activity 塔斯 7629105
GO:0015293 分类者活动 IEA -
GO:0030955 potassium ion binding IEA -
GO:0031402 sodium ion binding IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006821 chloride transport IEA -
GO:0006814 sodium ion transport IEA -
GO:0006811 离子运输 IEA -
GO:0006813 钾离子运输 IEA -
去：0050910 检测与声音感知有关的机械刺激 IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005624 膜分数 塔斯 7629105
GO:0016020 膜 IEA -
GO:0005887 质膜的积分 塔斯 7629105
GO:0016323 basolateral plasma membrane IEA -
GO:0016324 顶质膜 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG霍乱弧菌感染 56 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSMEMBRANE TRANSPORT OF SMALL MOLECULES 413 270 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SLC MEDIATED TRANSMEMBRANE TRANSPORT 241 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
无机阳离子阴离子和氨基酸寡肽的反应组转运 94 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta鼻咽癌，LMP1 UP 408 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSWALD HEMATOPOIETIC STEM CELL IN COLLAGEN GEL UP 233 161 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOZGIT ESR1 TARGETS DN 781 465 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIARADONNA NEOPLASTIC TRANSFORMATION KRAS CDC25 DN 51 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIARADONNA NEOPLASTIC TRANSFORMATION KRAS UP 126 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
chiaradonna肿瘤转化cdc25 120 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 1 DN 378 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARKEY RB1 ACUTE LOF DN 228 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST TUMORS 324 UP 150 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN 394 258 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王·巴雷特（Wang Barretts）食道 51 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 3 4WK UP 214 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal TGFB1靶向DN 62 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX3 FOXO1融合的Ebauer目标 207 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPIELMAN LYMPHOBLAST EUROPEAN VS ASIAN DN 584 395 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过ELK3 UP总缺氧 209 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nuytten Nipp1靶向DN 848 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nuytten EZH2靶向DN 1024 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEI MYCN TARGETS WITH E BOX 795 478 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer前列腺开发48小时 487 286 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CERVERA SDHB TARGETS 2 114 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nguyen Notch1靶向DN 86 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Greenbaum E2A靶向 33 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KUMAR TARGETS OF MLL AF9 FUSION 405 264 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE CALORIE RESTRICTION NEOCORTEX UP 83 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL LONG TERM 302 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21目标2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS DN 31 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 11 57 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 12HR UP 111 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILD SRC ONCOGENIC SIGNATURE 62 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
monnier tradiatiation肿瘤逃脱 393 244 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性3 720 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性5 482 296 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KONDO EZH2 TARGETS 245 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Matzuk男性繁殖Sertoli 28 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MATZUK SPERMATID DIFFERENTIATION 37 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Matzuk精子 114 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP 871 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
等级结肠和直肠癌 285 167 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TGFB1和WNT3A DN的LABBE目标 108 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村转移 47 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
mirlet7a3的Brueckner目标 111 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甜肺癌克拉斯 491 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET KRAS ONCOGENIC SIGNATURE 89 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张TLX目标36小时DN 185 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR DN 277 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张TLX目标DN 89 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
COLINA TARGETS OF 4EBP1 AND 4EBP2 356 214 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIANG LIVER CANCER SUBCLASS CTNNB1 DN 170 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
清肝癌亚类干扰素 26 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOSHIDA LIVER CANCER LATE RECURRENCE UP 62 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hoshida肝癌生存 73 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝脏开发 166 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIELSEN GIST 98 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wierenga Stat5a靶向DN 213 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 1 DN 63 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE LATE 1137 655 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS DN 553 343 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1目标10小时DN 244 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PLASARI TGFB1 SIGNALING VIA NFIC 1HR DN 106 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOSCO ALLERGEN INDUCED TH2 ASSOCIATED MODULE 151 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL UP 289 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-124/506 330 336 m8 HSA-MIR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124脑 UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
mir-137 267 273 1A hsa-miR-137 UAUUGCUUAAGAAUACGCGUAG
mir-142-5p 1246 1252 1A hsa-miR-142-5p CAUAAAGUAGAAAGCACUAC
mir-144 2933 2940 1A,m8 hsa-miR-144 uacaguauagauguauguaguag
mir-15/16/195/424/497 2255 2262 1A,m8 hsa-miR-15a脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
hsa-miR-15b脑 uagcagcacaucaugguuaca
hsa-miR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
hsa-miR-15a脑 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG
HSA-MIR-16脑 uagcagcacguaaauauuggcg
hsa-miR-15b脑 uagcagcacaucaugguuaca
hsa-miR-195SZ UAGCAGCACAGAAAUAUUGGC
HSA-MIR-424 Cagcagcaauucauguuuugaa
hsa-miR-497 CAGCAGCACACUGUGGUUUGU
mir-188 1315 1321 m8 hsa-miR-188 CAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGU
miR-203.1 1308 1315 1A,m8 HSA-MIR-203 UGAAAUGUUUAGGACCACUAG
miR-218 130 136 m8 HSA-MIR-218脑 uugugcuugaucuaaccaugu
miR-25/32/92/363/367 3016 3022 1A HSA-MIR-25脑 CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA
HSA-MIR-32 UAUUGCACAUUACUAAGUUGC
hsa-miR-92 UAUUGCACUUGUCCCGGCCUG
hsa-miR-367 AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA
hsa-miR-92bSZ UAUUGCACUCGUCCCGGCCUC
mir-26 258 265 1A,m8 hsa-miR-26a脑 Uucaaguaauccaggauaggc
hsa-miR-26bSZ uucaaguaauucaggauagguu
miR-329 1346 1352 1A HSA-MIR-329脑 AACACACCUGGUUAACCUCUUU
mir-34/449 1161 1167 1A HSA-MIR-34A脑 UGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUU
HSA-MIR-34C AGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC
HSA-MIR-449 uggcaguguauuguagcuggu
HSA-MIR-449b Aggcaguguauuguuagcuggc
mir-374 2131 2137 1A hsa-miR-374 UUAUAAUACAACCUGAUAAGUG
mir-378 2322 2328 1A hsa-miR-378 cuccugacuccaggucugugu
miR-503 2256 2262 1A HSA-MIR-503 uagcagcgggaacaguucugcag
miR-505 479 485 m8 HSA-MIR-505 GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC