基因页：SLC25A1
概括？
| 基因 | 6576 |
| 象征 | SLC25A1 |
| 同义词 | CTP | D2L2AD | SEA | SLC20A3 |
| 描述 | Solute Carrier家族25成员1 |
| 参考 | MIM：190315|HGNC：HGNC：10979|Ensembl：ENSG00000100075|HPRD：01832|Vega：Otthumg00000150123 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 22Q11.21 |
| Pascal P值 | 0.056 |
| Sherlock P值 | 0.637 |
| TADA P值 | 0.009 |
| 胎儿β | 0.549 |
| 主持人 | 前扣带回皮层BA24 尾状基底神经节 小脑半球 小脑 皮质 额叶皮质BA9 海马 迈尔斯的顺式和跨性别 |
| 支持 | G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2CDB.HUMAN_MITOCHONDRIA |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| CNV：是的 | 拷贝数变异研究 | 手动策划 | |
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DNM：Gulsuner_2013 | 整个外显子组测序分析 | 155 DNM通过外显子组对精神分裂症个体及其父母的三重奏测序确定。 | |
| PMID：cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR：0.031 | |
| 文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
DNM表
DNM表| 基因 | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SLC25A1 | CHR22 | 19163726 | G | 一个 | NM_001256534 NM_005984 NR_033687 NR_046298 |
p.292r> w p.285r> w 。 。 |
错过 错过 npcrna npcrna |
精神分裂症 | DNM：Gulsuner_2013 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS10126993 | Chrx | 35885796 | SLC25A1 | 6576 | 0.07 | 反式 | ||
| RS4501739 | Chrx | 35960848 | SLC25A1 | 6576 | 3.682E-4 | 反式 | ||
| RS712959 | 22 | 19159015 | SLC25A1 | ENSG00000100075.5 | 9.60791E-7 | 0.03 | 7328 | gtex_brain_ba24 |
| RS698422 | 22 | 19205826 | SLC25A1 | ENSG00000100075.5 | 7.93346E-7 | 0.03 | -39483 | gtex_brain_ba24 |
| RS1206544 | 22 | 19215039 | SLC25A1 | ENSG00000100075.5 | 1.13711E-6 | 0.03 | -48696 | gtex_brain_ba24 |
| RS809901 | 22 | 19228736 | SLC25A1 | ENSG00000100075.5 | 8.42041E-7 | 0.03 | -62393 | gtex_brain_ba24 |
| RS807431 | 22 | 19242361 | SLC25A1 | ENSG00000100075.5 | 8.4382E-7 | 0.03 | -76018 | gtex_brain_ba24 |
| RS9605972 | 22 | 19253274 | SLC25A1 | ENSG00000100075.5 | 7.89123E-7 | 0.03 | -86931 | gtex_brain_ba24 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| VSNL1 | 0.94 | 0.92 |
| ZNF365 | 0.93 | 0.84 |
| HLF | 0.91 | 0.80 |
| AGBL4 | 0.90 | 0.88 |
| NSF | 0.90 | 0.92 |
| EHD3 | 0.90 | 0.86 |
| chn1 | 0.90 | 0.83 |
| Gabra1 | 0.90 | 0.85 |
| gabarapl3 | 0.90 | 0.92 |
| CAMK2A | 0.90 | 0.80 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| Bcl7c | -0.59 | -0.64 |
| FADS2 | -0.55 | -0.43 |
| SH3BP2 | -0.51 | -0.53 |
| traf4 | -0.50 | -0.48 |
| AC006276.2 | -0.50 | -0.44 |
| SH2B2 | -0.49 | -0.50 |
| SEMA4B | -0.49 | -0.41 |
| pde9a | -0.49 | -0.43 |
| NME4 | -0.49 | -0.55 |
| cdc42ep4 | -0.48 | -0.48 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 17353931 | |
| 去：0005215 | 转运蛋白活性 | IEA | - | |
| GO：0015137 | 柠檬酸跨膜转运蛋白活性 | 塔斯 | 8666394 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0006810 | 运输 | IEA | - | |
| 去：0006843 | 线粒体柠檬酸盐的运输 | 塔斯 | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005739 | 线粒体 | IEA | - | |
| 去：0005743 | 线粒体内膜 | 塔斯 | - | |
| 去：0016020 | 膜 | IEA | - | |
| GO：0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 反应组甘油三酸酯的生物合成 | 38 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome Fatty Acyl COA生物合成 | 18 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 反应组糖异生 | 34 | 21 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 脂质和脂蛋白的反应组代谢 | 478 | 302 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 反应组脂肪酸三酰甘油和酮体代谢 | 168 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 碳水化合物的反应组代谢 | 247 | 154 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 反应组葡萄糖代谢 | 69 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 弗雷索莫昔芬反应 | 51 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Gary CD5目标 | 473 | 314 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| casorelli急性临时细胞白血病DN | 663 | 425 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Huttmann B Cll生存不佳 | 276 | 187 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Borczuk恶性间皮瘤 | 305 | 185 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| tien肠益生菌24小时 | 557 | 331 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Stark前额叶皮层22Q11删除DN | 517 | 309 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Stark Hyppocampus 22Q11缺失DN | 20 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LE EGR2目标DN | 108 | 84 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 罗斯急性髓样白血病CBF | 82 | 57 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 弗莱赫纳活检肾脏移植被拒绝vs ok dn | 546 | 351 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Flechner活检肾脏移植OK vs捐助者 | 555 | 346 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ROSS AML与AML1 ETO融合 | 76 | 55 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LEI MYB目标 | 318 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Yagi AML Fab标记 | 191 | 131 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 牙肺纹状横纹肌肉瘤DN | 408 | 274 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 对甲氨蝶呤DN的Brachat响应 | 27 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Browne HCMV感染48小时DN | 504 | 323 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 敏锐的回应罗格列酮DN | 106 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Brachat对Camptothecin DN的反应 | 46 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 伯顿成生成6 | 189 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 黄线粒体基因模块 | 217 | 122 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿塞维多的正常组织与肝肿瘤DN相邻 | 354 | 216 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mootha Human Mitodb 6 2002 | 429 | 260 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mootha线粒体 | 447 | 277 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Valk AML群集13 | 30 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Yagi AML带8 21易位 | 368 | 247 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Johnstone Parvb目标2 UP | 140 | 94 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Rao由Sall4绑定 | 227 | 149 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zwang仅通过第一egf脉冲瞬时向上 | 1839年 | 928 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-1/206 | 410 | 416 | 1a | HSA-MIR-1 | Uggaauguaaagaaguaugua |
| HSA-MIR-206SZ | Uggaauguaaggaagugugugg | ||||
| HSA-MIR-613 | aggaauguucuuugcc | ||||
| mir-10 | 485 | 491 | M8 | HSA-MIR-10A | uacccuguagauccgaauuugug |
| HSA-MIR-10B | uacccuguagaaccgaauuugu | ||||
| mir-124.1 | 449 | 455 | 1a | HSA-MIR-124A | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
| mir-124/506 | 349 | 355 | M8 | HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
| HSA-MIR-124脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| mir-182 | 82 | 88 | 1a | HSA-MIR-182 | uuuggcaaugguagaacucaca |
| mir-331 | 414 | 420 | M8 | HSA-MIR-331脑 | gccccugggccuauccuagaa |
| mir-96 | 81 | 88 | 1A，M8 | HSA-MIR-96脑 | uuuggcacuagcacauuuuugc |