基因页：Smarca2

概括?
基因ID 6595
Symbol Smarca2
同义词 BAF190 | BRM | NCBRS | SNF2 | SNF2L2 | SNF2LA | SWI2 | STH1P | HBRM | HSNF2A
描述 SWI/SNF相关，矩阵相关，染色质的肌动蛋白依赖性调节剂，亚家族A，成员2
参考 MIM:600014|HGNC:HGNC:11098|Ensembl：ENSG00000080503|HPRD:02483|Vega:OTTHUMG00000019445
基因type protein-coding
地图位置 9p22.3
Pascal P值 0.104
Sherlock P值 0.139
Fetal beta -0.744
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
Meta
支持 COMPOSITESET
Darnell FMRP targets
染色质重塑基因

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV:GWAScat 全基因组关联研究 This data set includes 560 SNPs associated with schizophrenia. A total of 486 genes were mapped to these SNPs within 50kb.
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 Co-occurance与精神分裂a keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position 最近的基因 P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
CG01487461 9 2017199 Smarca2 1.45e-9 -0.014 1.39E-6 DMG:Jaffe_2016

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS2785727 chr9 1577504 Smarca2 6595 0.13 cis

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
RPL30 0.94 0.84
RPL23 0.93 0.87
RPS8 0.93 0.88
HAUS1 0.93 0.88
RPL6P10 0.93 0.89
RPL35A 0.93 0.85
TUT1 0.92 0.87
RPS16P1 0.92 0.81
RPL5 0.91 0.90
RPS25P8 0.91 0.84
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
HLA-F -0.59 -0.72
ATP10A -0.59 -0.74
PTH1R -0.58 -0.71
TINAGL1 -0.58 -0.76
FBXO2 -0.57 -0.66
AIFM3 -0.57 -0.72
aldoc -0.57 -0.69
TNFSF12 -0.56 -0.61
AF347015.27 -0.56 -0.78
SLC6A12 -0.56 -0.73

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0003677 DNA结合 IEA -
去：0003713 transcription coactivator activity 塔斯 8223438
GO:0005515 protein binding IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 8895581|12200431|12437990
|14701856|15696166
|16341228
GO:0005524 ATP结合 IEA -
GO:0004386 helicase activity 塔斯 8223438
GO:0016787 hydrolase activity IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006357 调节RNA聚合酶II启动子的转录 塔斯 8223438
GO:0006350 transcription IEA -
去：0008285 细胞增殖的阴性调节 IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005634 核 IEA -
GO:0005654 nucleoplasm 塔斯 8670841

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
ACTL6A actl6 |arp4 |BAF53A |INO80K |MGC5382 actin-like 6A - HPRD，Biogrid 12437990
ACTL6B actl6 |BAF53B actin-like 6B - HPRD，Biogrid 12437990
Arid1a B120 | BAF250 | BAF250a | BM029 | C1orf4 | P270 | SMARCF1 AT rich interactive domain 1A (SWI-like) Co-purification BioGRID 8895581
Arid1b 6a3-5 |BAF250B |明亮|Dan15 |ELD/OSA1 |KIAA1235 |P250R 在丰富的交互式域1B（类似于SWI1） - HPRD，Biogrid 12200431
BAZ1B WBSCR10 |WBSCR9 |WSTF 与锌指域相邻的溴结构域，1B - HPRD 12837248
BRCA1 BRCAI | BRCC1 | IRIS | PSCP | RNF53 乳腺癌1，早发 Affinity Capture-Western BioGRID 15034933
CCNE1 CCNE 细胞周期蛋白E1 Affinity Capture-Western BioGRID 9891079
CDK8 K35 |MGC126074 |MGC126075 细胞周期蛋白依赖性激酶8 Co-fractionation BioGRID 9710619
CEBPB C/EBP-beta |CRP2 |IL6DBP |圈|MGC32080 |nf-il6 |TCF5 CCAAT/增强子结合蛋白（C/EBP），β Affinity Capture-Western
Reconstituted Complex		 BioGRID 10619021
ESR1 DKFZP686N23123 |er |ESR |Esra |时代|NR3A1 雌激素受体1 - HPRD，Biogrid 9099865
HDAC1 DKFZP686H12203 |gon-10 |HD1 |RPD3 |RPD3L1 组蛋白脱乙酰基酶1 Co-purification BioGRID 11238380
HDAC2 RPD3 |YAF1 组蛋白脱乙酰基酶2 Co-purification BioGRID 11238380
MECP2 AUTSX3 | DKFZp686A24160 | MRX16 | MRX79 | MRXS13 | MRXSL | PPMX | RTS | RTT 甲基CpG结合蛋白2（RETT综合征） MECP2与BRM相互作用。 BIND 15696166
MYB Cmyb | c-myb | c-myb_CDS | efg V-myb髓细胞增生病毒癌基因同源物（禽类） Reconstituted Complex BioGRID 10619021
NR3C1 GCCR | GCR | GR | GRL nuclear receptor subfamily 3, group C, member 1 (glucocorticoid receptor) - HPRD，Biogrid 8223438
PHB PHB1 prohibitin Prohibitin interacts with Brm. BIND 12065415
PHB PHB1 prohibitin - HPRD，Biogrid 12065415
POLR2A MGC75453 |polr2 |波拉|RPB1 |RPBH1 |RPO2 |rpol2 |rpiils |HRPB220 |HSRPB1 聚合酶（RNA）II（定向DNA）多肽A，220KDA - HPRD，Biogrid 9710619
RBBP4 NURF55 | RBAP48 视网膜母细胞瘤结合蛋白4 Co-purification BioGRID 11238380
RUVBL1 ECP54 | INO80H | NMP238 | PONTIN | Pontin52 | RVB1 | TIH1 | TIP49 | TIP49A ruvb样1（大肠杆菌） Co-fractionation BioGRID 11839798
SIN3A DKFZp434K2235 | FLJ90319 | KIAA0700 SIN3 homolog A, transcription regulator (yeast) Co-purification
Reconstituted Complex		 BioGRID 11238380
SMARCB1 BAF47 |ini1 |RDT |SNF5 |SNF5L1 |SFH1P |snr1 |HSNFS SWI/SNF相关，矩阵相关，染色质的肌动蛋白依赖性调节剂，亚家族B，成员1 Co-purification BioGRID 8895581|11238380
Smarcc1 BAF155 | CRACC1 | Rsc8 | SRG3 | SWI3 SWI/SNF相关，矩阵相关，染色质的肌动蛋白依赖性调节剂，亚家族C，成员1 Co-purification BioGRID 8895581|11238380
Smarcc2 BAF170 |cracc2 |RSC8 SWI/SNF相关，矩阵相关，染色质的肌动蛋白依赖性调节剂，亚家族C，成员2 Co-purification BioGRID 8895581
SMARCE1 BAF57 SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily e, member 1 Co-purification BioGRID 8895581
SS18 MGC116875 |ssxt |Syt |SYT-SSX1 |SYT-SSX2 滑膜肉瘤易位，染色体18 - HPRD，Biogrid 10072425|11734557
|14603256


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID E2F PATHWAY 74 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID AR TF PATHWAY 53 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CMYB PATHWAY 84 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
家长mtor信号向上 567 375 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PYEON HPV阳性肿瘤 98 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU SOX4 TARGETS DN 309 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
sotiriou乳腺癌1级vs 3 DN 52 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Basaki YBX1靶向DN 384 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES DCC TARGETS DN 121 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Jaeger转移DN 258 141 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSMAN BLADDER CANCER DN 406 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
runx1 runx1t1融合单核细胞DN的TONKS目标 54 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE FIMA DN 284 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION DN 329 219 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCIBETTA KDM5B TARGETS DN 81 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAATINEN HEMATOPOIETIC STEM CELL UP 316 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲状腺癌变性DN 537 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAHTOLA MYCOSIS FUNGOIDES CD4 DN 116 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE DN 485 334 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿霉素DN的Graessmann凋亡 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN 394 258 该途径中的所有SZGR 2.0基因
高田胃癌拷贝编号DN 29 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER WITH LOH IN CHR9Q 116 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI CISPLATIN RESISTANCE UP 28 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
korkola蛋黄囊肿瘤 62 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 COMMON DN 483 336 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nuytten Nipp1靶向DN 848 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 6HR DN 514 330 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT AND CANCER BOX1 UP 15 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer前列腺开发和癌症Box4 DN 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stark前额叶皮层22Q11删除 195 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES TARGETS OF MIR192 AND MIR215 893 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEN SMARCA2 TARGETS UP 424 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LU IL4 SIGNALING 94 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SASAKI ADULT T CELL LEUKEMIA 176 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Haddad T淋巴细胞和NK祖细胞 78 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEI MYB目标 318 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
皮肤伤口dn的嗜中性粒细胞 225 163 该途径中的所有SZGR 2.0基因
lu衰老的脑dn 153 120 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿尔茨海默氏病dn 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hendricks Smarca4靶向 56 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCCLUNG COCAINE REWARD 5D 79 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL 254 164 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Medina Smarca4目标 44 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 11 57 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
在胰腺癌中被甲基化沉默的Sato 1 419 273 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEIN NEURON MARKERS 69 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL SUBOPTIMAL DEBULKING 510 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Aguirre胰腺癌拷贝编号DN 238 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET LUNG CANCER KRAS DN 435 289 该途径中的所有SZGR 2.0基因
COLINA TARGETS OF 4EBP1 AND 4EBP2 356 214 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYAULT LIVER CANCER SUBCLASS G3 DN 51 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOSHIDA LIVER CANCER SUBCLASS S3 266 180 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝脏开发 166 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Karlsson TGFB1靶向DN 207 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Johnstone Parvb目标3 DN 918 550 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee BMP2目标 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1目标10小时DN 244 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-101 595 601 1a HSA-MIR-101 UACAGUACUGUGAUAACUGAAG
mir-128 463 469 m8 HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
mir-144 595 601 1a hsa-miR-144 uacaguauagauguauguaguag
mir-19 772 779 1a,m8 hsa-miR-19a ugugcaaauaugauaugaaaacuga
hsa-miR-19b ugugcaaauccaugcaaaacuga
miR-320 123 129 1a HSA-MIR-320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA
mir-376 549 555 m8 HSA-MIR-376A AUCAUAGAGGAAAAUCCACGU
HSA-MIR-376B aucauagaaaaauccauguu
miR-421 806 812 1a HSA-MIR-421 GGCCUCAUUAAAUGUUUGUUG