基因页：SNAP25

概括?
基因ID 6616
Symbol SNAP25
同义词 CMS18 | RIC-4 | RIC4 | SEC9 | SNAP | SNAP-25 | BA416N4.2 | DJ1068F16.2
描述 synaptosome associated protein 25kDa
参考 MIM:600322|HGNC:HGNC:11132|Ensembl:ENSG00000132639|HPRD：02637|Vega:OTTHUMG00000031863
基因type protein-coding
地图位置 20p12-p11.2
Pascal P值 0.083
Sherlock P值 0.651
Fetal beta -3.912
DMG 1（＃研究）
支持 canabinoid
DOPAMINE
胞吞作用
代谢性谷氨酸受体
SEROTONIN
G2Cdb.humanNRC
g2cdb.humanpsd
G2CDB.HUMANPSP
COMPOSITESET
Darnell FMRP targets
Potential synaptic genes

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.046
文学 高通量文献搜索 Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenics,schizophrenias Click to show details
go_annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 8
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献：0.0523

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position 最近的基因 P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
CG06433879 20 10200138 SNAP25 5.923E-4 -0.448 0.05 DMG:Wockner_2014


Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
arx 0.93 0.84
DLX2 0.88 0.82
DLX1 0.87 0.77
E2F2 0.85 0.70
DLX5 0.85 0.76
SPC24 0.85 0.62
SP9 0.84 0.83
AC018470.3 0.84 0.83
CDCA7 0.84 0.74
HJURP 0.84 0.67
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
C5orf53 -0.36 -0.65
HLA-F -0.34 -0.56
AF347015.31 -0.34 -0.68
S100B -0.34 -0.63
AF347015.27 -0.34 -0.66
MT-CO2 -0.33 -0.69
AF347015.33 -0.33 -0.66
PTGDS -0.33 -0.56
CA4 -0.33 -0.55
TINAGL1 -0.33 -0.52

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005515 protein binding 新闻学会 8692999|11438518
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0007269 neurotransmitter secretion NAS 神经元，轴突，突触，5-羟色胺，神经递质，多巴胺（GO期限：8） -
GO:0007268 突触传输 NAS neuron, Synap, Neurotransmitter (GO term level: 6) 8760387
GO：0016081 synaptic vesicle docking during exocytosis NAS Synap (GO term level: 10) 8760387
去：0001504 neurotransmitter uptake NAS 神经元，胆碱能，突触，神经递质，神经胶质（GO期限：8） 8760387
GO:0050796 regulation of insulin secretion 塔斯 15537656
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0043005 neuron projection ISS 神经元，轴突，神经突，树突（GO期限：5） -
去：0031201 SNARE complex ISS 神经元，突触（GO期限：6） -
GO:0019717 synaptosome IEA Synap, Brain (GO term level: 7) -
GO:0030426 growth cone ISS Axon，Dendrite（GO期限：5） -
GO：0045202 synapse IEA 神经元，突触，神经递质，神经胶质（GO期限：2） -
GO:0016020 膜 IEA -
GO：0030054 细胞连接 IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
CPLX1 CPX-I |CPX1 complexin 1 Co-crystal Structure
Reconstituted Complex		 BioGRID 11832227|12200427
DNM1 DNM Dynamin 1 - HPRD 10373452
GOSR1 golim2 |GOS-28 |GOS28 |GOS28/P28 |GS28 |P28 Golgi Snap受体复合构件1 Reconstituted Complex BioGRID 9325254
HGS HRS | ZFYVE8 肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物 - HPRD 10825299|11493665 | 11493665
HGS HRS | ZFYVE8 肝细胞生长因子调节的酪氨酸激酶底物 - HPRD 11493665
ITSN1 ITSN | MGC134948 | MGC134949 | SH3D1A | SH3P17 相交1（SH3结构蛋白） - HPRD，Biogrid 10373452
KCNB1 DRK1 | KV2.1 | h-DRK1 钾电压门控通道，与Shab相关的亚科，成员1 - HPRD，Biogrid 12403834
kif5b Kinh |KNS |KNS1 |UKHC kinesin family member 5B - HPRD，Biogrid 12475239
纳帕 SNAPA N-乙基马来酰亚胺敏感因子附着蛋白，α Reconstituted Complex BioGRID 7622514
PRRT2 DKFZp547J199 | FLJ25513 proline-rich transmembrane protein 2 两个杂交 BioGRID 16169070
SCAMP1 Scamp |SCAMP37 secretory carrier membrane protein 1 Reconstituted Complex BioGRID 10777571
SNAPIN 快照 SNAP-associated protein - HPRD，Biogrid 10195194
SNAPIN 快照 SNAP-associated protein SNAP25 interacts with Snapin. BIND 15635093
SNIP KIAA1684 SNAP25-interacting protein - HPRD，Biogrid 10625663
STX11 FHL4 | HLH4 | HPLH4 syntaxin 11 两个杂交 BioGRID 16169070|16189514
STX12 MGC51957 |STX13 |STX14 syntaxin 12 - HPRD，Biogrid 10886332
STX1A HPC-1 | STX1 | p35-1 syntaxin 1A (brain) - HPRD 7622514|7768895
|9556632|10373452
|11509230 | 10954418
STX1A HPC-1 | STX1 | p35-1 syntaxin 1A (brain) - HPRD 7622514|9556632 | 10954418
STX1A HPC-1 | STX1 | p35-1 syntaxin 1A (brain) Affinity Capture-Western
Co-crystal Structure
Reconstituted Complex
两个杂交		 BioGRID 7553862|7768895
|7961655|8663154
|9852078|10195194
|10449403|10954418
|11524423|11832227
|16169070
STX2 EPIM | EPM | MGC51014 | STX2A | STX2B | STX2C 语法2 - HPRD，Biogrid 7768895
STX3 STX3A 语法3 - HPRD，Biogrid 7768895
STX4 STX4A | p35-2 语法4 - HPRD 8760387
STX4 STX4A | p35-2 语法4 Affinity Capture-Western
Reconstituted Complex
两个杂交		 BioGRID 7768895|8663154
|9852078|10194441
STX5 SED5 | STX5A 语法5 Reconstituted Complex BioGRID 9325254
STXBP1 EIEE4 | MUNC18-1 | UNC18 | hUNC18 | rbSec1 syntaxin binding protein 1 - HPRD 9395480
STXBP6 FLJ39638 |HSPC156 |Amisyn 语法素结合蛋白6（AMISYN） - HPRD 12145319
SYT1 DKFZp781D2042 | P65 | SVP65 | SYT Synaptotagmin i - HPRD，Biogrid 10692432
SYT3 DKFZP761O132 |Sytiii Synaptotagmin iII - HPRD，Biogrid 10692432
SYT9 FLJ45896 Synaptotagmin IX - HPRD 12062043
TRIM9 KIAA0282 |RNF91 |春天 tripartite motif-containing 9 - HPRD，Biogrid 11524423
UNC13B MGC133279 |MGC133280 |munc13 |UNC13 |UNC13H2 |HMUNC13 UNC-13同源物B（秀丽隐杆线虫） Co-fractionation BioGRID 8999968
VAMP2 FLJ11460 | SYB2 | VAMP-2 囊泡相关的膜蛋白2（突触纤维2） - HPRD 7961655
VAMP2 FLJ11460 | SYB2 | VAMP-2 囊泡相关的膜蛋白2（突触纤维2） Affinity Capture-Western
Co-crystal Structure
远西方
Reconstituted Complex
两个杂交		 BioGRID 9030619|11524423
|11832227
VAMP7 Sybl1 |ti-vamp |VAMP-7 囊泡相关的膜蛋白7 - HPRD，Biogrid 12853575
VAMP8 EDB vesicle-associated membrane protein 8 (endobrevin) - HPRD 10336434


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
囊泡运输中的kegg圈圈相互作用 38 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOMEBOTULINUM NEUROTOXICITY 19 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组的蛋白水解裂解，裂解复合蛋白 17 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOMEGLUTAMATE NEUROTRANSMITTER RELEASE CYCLE 15 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
跨化学突触的反应组传播 186 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome神经元系统 279 221 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome神经递质释放周期 34 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOMEINTEGRATION OF ENERGY METABOLISM 120 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组多巴胺神经递质释放周期 11 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOMEACETYLCHOLINE NEUROTRANSMITTER RELEASE CYCLE 10 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOMEDIABETES PATHWAYS 133 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组去甲肾上腺素神经递质释放周期 10 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome胰岛素合成和加工 21 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
胰岛素分泌的反应组调节 93 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOMEGABA SYNTHESIS RELEASE REUPTAKE AND DEGRADATION 17 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAEGER METASTASIS UP 44 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UDayakumar Med1靶向DN 240 171 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE NEURAL CREST STEM CELL UP 146 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WATTEL AUTONOMOUS THYROID ADENOMA UP 73 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIAO METASTASIS 539 324 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Amit EGF响应20 Hela 11 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROZANOV MMP14 TARGETS UP 266 171 该途径中的所有SZGR 2.0基因
尼尔森对雄激素的反应 86 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿尔茨海默氏病dn 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
在胰腺癌中被甲基化沉默的Sato 1 419 273 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEIN NEURON MARKERS 69 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wang LSD1目标DN 39 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
H3K27me3 97 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS SILENCED BY METHYLATION UP 461 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
替代转移 14 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUIZ TNC TARGETS UP 153 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN MEF HCP WITH H3K27ME3 590 403 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM ALL DISORDERS CALB1 CORR UP 548 370 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY CTBP1没有SATB1的目标 344 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELACROIX RAR BOUND ES 462 273 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由SALL4同工型绑定的RAO A 182 108 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY 1725年 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-1/206 360 367 1a,m8 HSA-MIR-1 Uggaauguaaagaaguaugua
HSA-MIR-206SZ UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG
HSA-MIR-613 aggaauguucuuugcc
mir-128 354 360 1a HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
miR-130/301 498 505 1a,m8 HSA-MIR-130A脑 CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU
HSA-MIR-301 CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC
HSA-MIR-130b脑 CAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAU
HSA-MIR-454-3P uagugcaauauugcuuauaggguuu
mir-138 692 698 1a HSA-MIR-138脑 Agcugguuguguugaauc
mir-153 1022 1028 m8 HSA-MIR-153 Uugcauagucacaaaaguga
MiR-200BC/429 661 667 m8 HSA-MIR-200B uaauacugccugguaaugaugac
HSA-MIR-200C uaauacugccggguaaugaugg
HSA-MIR-429 uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
HSA-MIR-200B uaauacugccugguaaugaugac
HSA-MIR-200C uaauacugccggguaaugaugg
HSA-MIR-429 uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
mir-27 1103 1109 m8 hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 uucacaguggcuaaguucugc
hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 uucacaguggcuaaguucugc
miR-342 1105 1111 1a HSA-MIR-342脑 UCUCACACAGAAAUCGCACCCGUC
mir-361 1055 1061 1a hsa-miR-361脑 UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC