基因页:BNIP3L
概括?
基因 | 665 |
象征 | BNIP3L |
同义词 | bnip3a | nix |
描述 | Bcl2/腺病毒E1B 19KDA相互作用蛋白3类样 |
参考 | MIM:605368|HGNC:HGNC:1085|ENSEMBL:ENSG00000104765|HPRD:07288|Vega:Otthumg0000000099433 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 8p21 |
Pascal P值 | 3.064e-4 |
Sherlock P值 | 0.909 |
胎儿β | 0.093 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR:0.031 | |
gsma_iie | 基因组扫描荟萃分析(欧洲官方样品) | PSR:0.00057 | |
GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | PSR:0.03086 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG02464098 | 8 | 26240309 | BNIP3L | 4.22E-5 | -0.324 | 0.021 | DMG:Wockner_2014 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS17014160 | CHR1 | 206855799 | BNIP3L | 665 | 0.03 | 反式 | ||
RS16849258 | CHR3 | 165317775 | BNIP3L | 665 | 0.05 | 反式 | ||
RS1199915 | 0 | BNIP3L | 665 | 0.1 | 反式 | |||
RS520325 | CHR3 | 165361016 | BNIP3L | 665 | 0.12 | 反式 | ||
RS830202 | CHR3 | 165654796 | BNIP3L | 665 | 0.01 | 反式 | ||
RS11953760 | CHR5 | 9842943 | BNIP3L | 665 | 0.01 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/BNIP3L_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
C22ORF28 | 0.87 | 0.87 |
C18orf10 | 0.86 | 0.85 |
VPS45 | 0.86 | 0.86 |
WRB | 0.86 | 0.86 |
C6orf62 | 0.86 | 0.85 |
跑 | 0.86 | 0.85 |
SMU1 | 0.86 | 0.84 |
RPN1 | 0.85 | 0.84 |
FAF1 | 0.85 | 0.85 |
SEC22A | 0.85 | 0.84 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
MT-CO2 | -0.71 | -0.70 |
AF347015.8 | -0.70 | -0.70 |
AF347015.21 | -0.69 | -0.68 |
AF347015.33 | -0.68 | -0.69 |
AF347015.31 | -0.68 | -0.68 |
mt-cyb | -0.68 | -0.68 |
AF347015.2 | -0.67 | -0.69 |
AF347015.27 | -0.67 | -0.68 |
FXYD1 | -0.66 | -0.71 |
ifi27 | -0.66 | -0.72 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005521 | 层粘连结合 | 艾达 | 10381623 | |
GO:0042803 | 蛋白质同构化活性 | 艾达 | 10381623 | |
GO:0046982 | 蛋白质异二聚化活性 | 艾达 | 10381623 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006917 | 诱导凋亡 | 艾达 | 9973195 | |
去:0008634 | 生存基因产物表达的负调节 | 艾达 | 9973195 | |
去:0043065 | 凋亡的阳性调节 | IEA | - | |
去:0043066 | 凋亡的负调节 | 艾达 | 10381623 | |
GO:0051607 | 对病毒的防御反应 | 艾达 | 9973195 | |
GO:0044419 | 生物之间的种间相互作用 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | 核 | IEA | - | |
去:0005635 | 核信封 | 艾达 | 10381623 | |
去:0005739 | 线粒体 | 艾达 | 9973195|10381623 | |
去:0005740 | 线粒体信封 | IEA | - | |
去:0005783 | 内质网 | 艾达 | 10381623 | |
去:0016020 | 膜 | IEA | - | |
GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
PID P53下游途径 | 137 | 94 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
家长mtor信号向上 | 567 | 375 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
中村肿瘤区周围与中央DN | 634 | 384 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
早期的粉刺开发 | 21 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gary CD5目标 | 473 | 314 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
迪亚兹慢性巨态性白血病 | 1382 | 904 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
刘cmyb靶向 | 165 | 106 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
刘vmyb的目标 | 127 | 78 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Laiho结直肠癌锯齿状 | 112 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ginestier乳腺癌20q13扩增 | 119 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bilban b cll lpl up | 63 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
runx1 runx1t1融合HSC的TONKS目标UP | 185 | 126 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Senese HDAC1靶向DN | 260 | 143 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Senese HDAC3靶向DN | 536 | 332 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Tien肠益生菌24小时DN | 214 | 133 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
埃尔维奇缺氧 | 171 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
DMOG的Elvidge缺氧 | 130 | 85 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Elvidge Hif1a靶向DN | 91 | 58 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Elvidge HIF1A和HIF2A靶向DN | 104 | 72 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
罗德里格甲状腺癌的分化不佳 | 633 | 376 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ENK UV响应角质形成细胞DN | 485 | 334 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Markey RB1急性lof | 215 | 137 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿霉素DN的Graessmann凋亡 | 1781年 | 1082 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Graessmann对MC和阿霉素DN的反应 | 770 | 415 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
哈马凋亡通过Trail Up | 584 | 356 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
KAN对砷三氧化物的反应 | 123 | 80 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
LUI甲状腺癌簇2 | 42 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martoriati MDM4靶向胎儿肝 | 227 | 137 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔卡拉凋亡 | 88 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
洛佩兹MBD目标 | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Ropero HDAC2目标 | 114 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
唱歌转移基质 | 110 | 70 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
彭亮氨酸剥夺 | 142 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Shepard BMYB Morpholino Up | 205 | 126 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Cheok对高清MTX DN的响应 | 24 | 18 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Iizuka肝癌进展L1 G1 UP | 25 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
马纳洛缺氧 | 207 | 145 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
彭雷帕霉素的反应 | 203 | 130 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zhan多发性骨髓瘤CD1和CD2 UP | 89 | 51 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
量缺氧 | 98 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
MA髓样差异化 | 39 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
金缺氧 | 25 | 21 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
对甲氨蝶呤DN的Brachat响应 | 27 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
伊万诺娃造血成熟细胞 | 293 | 160 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔茨海默氏病dn | 1237 | 837 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
哈里斯缺氧 | 81 | 64 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Browne HCMV感染24小时DN | 148 | 102 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Brachat对Camptothecin DN的反应 | 46 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
江缺氧正常 | 311 | 205 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat 6小时的反应 | 953 | 554 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat 6小时DN的响应 | 911 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krige对Tosedostat的反应24小时 | 783 | 442 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
monnier tradiatiation肿瘤逃脱DN | 373 | 196 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kyng环境压力反应不是WS中伽马的 | 33 | 22 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
kyng环境压力反应不是紫外线 | 25 | 18 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kyng DNA损伤DN | 195 | 135 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kyng环境压力反应 | 56 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Sarrio上皮间质转变DN | 154 | 101 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bonome卵巢癌的生存次优秀 | 510 | 309 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
冬季缺氧metagene | 242 | 168 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
王肿瘤的侵入性DN | 210 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mootha Human Mitodb 6 2002 | 429 | 260 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mootha PGC | 420 | 269 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mootha线粒体 | 447 | 277 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Ruiz TNC目标 | 153 | 107 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Jison Sickle细胞疾病 | 181 | 106 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
萨森对促性腺营养蛋白的反应 | 91 | 59 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Sasson对Forskolin的反应 | 90 | 58 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Karlsson TGFB1靶向DN | 207 | 139 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim所有疾病Calb1 Corr Up | 548 | 370 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Vandesluis Commd1目标3 | 89 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Fardin缺氧11 | 32 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
CTBP1的Purbey目标不是SATB1 DN | 448 | 282 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gobert少突胶质细胞分化DN | 1080 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D | 882 | 506 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Plasari TGFB1目标10小时DN | 244 | 157 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Krieg缺氧不是通过KDM3A | 770 | 480 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang仅通过第一egf脉冲瞬时向上 | 1839年 | 928 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-133 | 1290 | 1296 | 1a | HSA-MIR-133A | uugguccccuucaaccagcugu |
HSA-MIR-133B | uguguccccuucaaccagcua | ||||
mir-138 | 276 | 283 | 1A,M8 | HSA-MIR-138脑 | Agcugguuguguugaauc |
mir-183 | 2690 | 2696 | M8 | HSA-MIR-183 | uauggcacugguagaauucacug |
mir-23 | 842 | 848 | 1a | HSA-MIR-23A脑 | aucacauugccagggauucc |
HSA-MIR-23B脑 | aucacauugccagggauuacc | ||||
HSA-MIR-23A脑 | aucacauugccagggauucc | ||||
HSA-MIR-23B脑 | aucacauugccagggauuacc | ||||
mir-27 | 34 | 40 | 1a | HSA-MIR-27A脑 | uucacaguggcuaaguuccgc |
HSA-MIR-27B脑 | uucacaguggcuaaguucugc | ||||
mir-30-5p | 2651 | 2657 | 1a | HSA-MIR-30A-5P | uguaaaacauccuccugagaag |
HSA-MIR-30C脑 | uguaaacauccuacucucucucucagc | ||||
HSA-MIR-30DSZ | uguaaacauccccgacuggaag | ||||
HSA-MIR-30BSZ | uguaaacauccuaccucucagcu | ||||
HSA-MIR-30E-5P | uguaaacauccuugacugga | ||||
HSA-MIR-30A-5P | uguaaaacauccuccugagaag | ||||
HSA-MIR-30C脑 | uguaaacauccuacucucucucucagc | ||||
HSA-MIR-30DSZ | uguaaacauccccgacuggaag | ||||
HSA-MIR-30BSZ | uguaaacauccuaccucucagcu | ||||
HSA-MIR-30E-5P | uguaaacauccuugacugga | ||||
mir-320 | 2339 | 2345 | 1a | HSA-MIR-320 | aaaagcugggugagaggggcgaa |
HSA-MIR-320 | aaaagcugggugagaggggcgaa | ||||
mir-323 | 1276 | 1282 | 1a | HSA-MIR-323脑 | gcacauuacggucgaccucu |
mir-374 | 285 | 291 | 1a | HSA-MIR-374 | uuauaauacaAccugauaagug |
mir-544 | 1531年 | 1538年 | 1A,M8 | HSA-MIR-544 | auucugcauuuuuuagcaagu |