基因页：SOX1
概括？
| 基因 | 6656 |
| 象征 | SOX1 |
| 同义词 | - |
| 描述 | sry-box 1 |
| 参考 | MIM：602148|HGNC：HGNC：11189|HPRD：03687| |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 13Q34 |
| Pascal P值 | 0.128 |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| PMID：cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| 文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中：3 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
EQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS7370564 | 0 | SOX1 | 6656 | 0.12 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| Lilra4 | 0.69 | 0.59 |
| cldnd1 | 0.67 | 0.75 |
| C10ORF128 | 0.65 | 0.65 |
| CNDP1 | 0.65 | 0.53 |
| SLC31A2 | 0.65 | 0.68 |
| TMEM144 | 0.64 | 0.64 |
| LRP2 | 0.64 | 0.66 |
| lass2 | 0.64 | 0.75 |
| RNF13 | 0.64 | 0.69 |
| PLA2G7 | 0.63 | 0.62 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| OLFM2 | -0.31 | -0.37 |
| emid1 | -0.30 | -0.44 |
| TBC1D10A | -0.29 | -0.33 |
| WDR86 | -0.27 | -0.39 |
| SLC29A4 | -0.27 | -0.32 |
| klhl1 | -0.27 | -0.25 |
| Scube1 | -0.27 | -0.40 |
| RPRM | -0.27 | -0.30 |
| PPAPR5 | -0.27 | -0.24 |
| mpped1 | -0.26 | -0.23 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003700 | 转录因子活性 | nas | 9337405 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0001764 | 神经元迁移 | IEA | 神经元（GO期限：8） | - |
| 去：0030900 | 前脑发展 | IEA | 大脑（GO期限：8） | - |
| GO：0021884 | 前脑神经元发展 | IEA | 神经元，大脑（GO期限：11） | - |
| 去：0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | nas | 9337405 | |
| 去：0006325 | 建立或维护染色质体系结构 | nas | 9337405 | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | 核 | nas | 9337405 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| RIZ红细胞分化HBZ | 41 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| riz红细胞分化hemgn | 31 | 21 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Roversi Glioma副本编号DN | 54 | 37 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Dawson TCL1中的甲基化 | 59 | 45 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Hatada甲基化在肺癌中 | 390 | 236 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Tesar Alk靶向人类5D | 5 | 5 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HU基因毒素作用直接与间接4小时 | 37 | 22 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| XU GH1外源目标DN | 120 | 69 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TESAR ALK目标Episc 3D UP | 7 | 7 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 具有H3K4ME3和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 142 | 103 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069 | 729 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen NPC HCP，带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 210 | 148 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen MEF HCP带有H3K27ME3 | 590 | 403 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Browne HCMV感染4小时DN | 254 | 158 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bruins通过TP53组B响应UVC响应 | 549 | 316 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-139 | 1655年 | 1661年 | M8 | HSA-MIR-139脑 | ucuacagugcacgugucu |
| mir-155 | 1627年 | 1634年 | 1A，M8 | HSA-MIR-155 | uuaaugcuaaucgugauagggg |
| MiR-200BC/429 | 256 | 262 | M8 | HSA-MIR-200B | uaauacugccugguaaugaugac |
| HSA-MIR-200C | uaauacugccggguaaugaugg | ||||
| HSA-MIR-429 | uaauacuguguguguguguaaaaaccgu | ||||
| mir-221/222 | 1657年 | 1663年 | 1a | HSA-MIR-221脑 | agcuacauugucugugggggguc |
| HSA-MIR-222脑 | agcuacaucuggcuacugggucuc | ||||
| mir-410 | 565 | 571 | M8 | HSA-MIR-410 | aauauaacacagauggcugu |