Gene Page:SOX4

概括?
GeneID 6659
Symbol SOX4
Synonyms EVI16
Description sry-box 4
Reference MIM:184430|HGNC:HGNC:11200|Ensembl:ENSG00000124766|HPRD:01695|Vega:OTTHUMG00000016101
Gene type protein-coding
Map location 6p22.3
Pascal p-value 0.466
Sherlock p-value 0.27
Fetal beta 4.962
DMG 2 (# studies)
eGene Myers' cis & trans

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 2
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 2
GSMA_I Genome scan meta-analysis Psr: 0.033

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
cg08718230 6 21596358 SOX4 4.092E-4 -0.236 0.044 DMG:Wockner_2014
cg08950757 6 21593963 SOX4 1.06E-8 -0.027 4.54E-6 DMG:Jaffe_2016

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs7837675 chr8 36615251 SOX4 6659 0.03 trans
rs1981322 chr8 36630228 SOX4 6659 0.03 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

No co-expressed genes in brain regions


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0003700 transcription factor activity TAS 8268656
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006355 regulation of transcription, DNA-dependent IEA -
去:0006350 transcription IEA -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005634 nucleus IEA -

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL UP 285 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU PROSTATE CANCER UP 96 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
刘sox4靶向 137 94 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOURNIER ACINAR DEVELOPMENT LATE UP 11 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENGUPTA NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP 294 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FULCHER INFLAMMATORY RESPONSE LECTIN VS LPS UP 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUIFFE INVASION INHIBITED BY ASCITES DN 145 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARGALOVIC RESPONSE TO OXIDIZED PHOSPHOLIPIDS GREY DN 74 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 3D UP 182 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 8D UP 157 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 10D UP 194 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 16D UP 175 108 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AKL HTLV1 INFECTION UP 27 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION SUSTAINED IN GRANULOCYTE UP 15 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION HSC UP 185 126 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION GRANULOCYTE UP 55 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION MONOCYTE UP 204 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION ERYTHROCYTE UP 157 104 该途径中的所有SZGR 2.0基因
单核细胞中维持的runx1 runx1t1融合的tonks目标 21 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION SUSTAINDED IN ERYTHROCYTE UP 44 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION DN 329 219 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAHTOLA MYCOSIS FUNGOIDES SKIN UP 177 113 该途径中的所有SZGR 2.0基因
兰迪斯乳腺癌进展 44 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELYS THYROID CANCER UP 443 294 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY SERUM DEPRIVATION UP 552 347 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANHARANTA UTERINE FIBROID UP 45 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST TUMORS 324 UP 150 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 4 5WK UP 271 175 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LUI THYROID CANCER PAX8 PPARG UP 44 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL DN 186 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Streicher LSM1靶向 44 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DARWICHE PAPILLOMA PROGRESSION RISK 74 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZ ERYTHROID DIFFERENTIATION HBZ 41 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZ ERYTHROID DIFFERENTIATION HEMGN 31 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RASHI RESPONSE TO IONIZING RADIATION 2 127 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI AMPLIFIED IN LUNG CANCER 178 108 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LUI THYROID CANCER CLUSTER 1 51 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AIYAR COBRA1 TARGETS DN 29 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA ERCC3 ALLELE XPCS VS TTD DN 36 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTORIATI MDM4 TARGETS FETAL LIVER DN 514 319 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FURUKAWA DUSP6 TARGETS PCI35 UP 74 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM1 229 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM2 153 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TOMLINS PROSTATE CANCER UP 40 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAYAMA FRA2 TARGETS 43 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIAO METASTASIS 539 324 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 6HR DN 514 330 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer Sox9在前列腺发展中的目标DN 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES CORE NINE CORRELATED 100 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT SERUM RESPONSE 60 MCF10A 57 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHIN B CELL LYMPHOMA CLUSTER 8 36 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI MATURE B LYMPHOCYTE DN 75 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHIPP DLBCL CURED VS FATAL UP 39 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET KRAS TARGETS UP 84 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OKUMURA INFLAMMATORY RESPONSE LPS 183 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MANALO HYPOXIA UP 207 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC TARGETS UP 126 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MATSUDA NATURAL KILLER DIFFERENTIATION 475 313 该途径中的所有SZGR 2.0基因
兄弟WN MYELOID CELL DEVELOPMENT DN 129 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LENAOUR DENDRITIC CELL MATURATION UP 114 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KUMAR TARGETS OF MLL AF9 FUSION 405 264 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV LOW DOSE UP 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德斯癌元签名 64 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIELSEN GIST VS SYNOVIAL SARCOMA UP 19 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAZARD RESPONSE TO UV SCC DN 123 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GERHOLD ADIPOGENESIS DN 64 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAN JNK SINGALING UP 35 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL AND PROGENITOR 681 420 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZAMORA NOS2 TARGETS DN 96 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WELCSH BRCA1 TARGETS DN 141 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR DN 911 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR DN 1011 592 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAVIN FOXP3 TARGETS CLUSTER P3 160 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC TARGETS 212 121 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC MYC TARGETS 217 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC TARGETS REQUIRE MYC 210 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM WNT PATHWAY REQUIRE MYC 58 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS UP 317 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS SILENCED BY METHYLATION UP 461 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CLAUS PGR POSITIVE MENINGIOMA DN 12 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS UP 673 430 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ TP53 TARGETS UP 602 364 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS UP 601 369 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE DN 258 160 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH RESPONSE TO ESTRADIOL 61 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WALLACE PROSTATE CANCER UP 20 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITEFORD PEDIATRIC CANCER MARKERS 116 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP 871 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL CULTURED VS FRESH UP 425 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PODAR RESPONSE TO ADAPHOSTIN UP 147 98 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN 342 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA C D UP 139 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PARK APL PATHOGENESIS UP 14 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUIZ TNC TARGETS UP 153 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUELLER COMMON TARGETS OF AML FUSIONS UP 14 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE RECENT THYMIC EMIGRANT 227 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Han Satb1靶向 395 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAVAZOIE METASTASIS 108 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIANG LIVER CANCER SUBCLASS PROLIFERATION UP 178 108 该途径中的所有SZGR 2.0基因
COULOUARN TEMPORAL TGFB1 SIGNATURE UP 109 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ASGHARZADEH NEUROBLASTOMA POOR SURVIVAL DN 46 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOBAYASHI EGFR SIGNALING 24HR UP 101 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO HEPATOBLASTOMA UP 207 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ADULT TISSUE STEM MODULE 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANDRAN METASTASIS UP 221 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GERHOLD RESPONSE TO TZD DN 13 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DASU IL6 SIGNALING UP 59 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI INDUCED T TO NATURAL KILLER DN 116 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS TRETINOIN RESPONSE DN 841 431 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VERHAAK GLIOBLASTOMA PRONEURAL 177 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHICAS RB1 TARGETS LOW SERUM 100 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应24小时DN 505 328 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 ETS融合的Miyagawa目标 259 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PASINI SUZ12 TARGETS DN 315 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS DN 553 343 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TORCHIA TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION TOP20 DN 18 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TORCHIA TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION DN 321 200 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY CTBP1没有SATB1的目标 344 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG BOUND 8D 658 397 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ TRANSLATION VIA FN1 SIGNALING 35 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38 337 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
因宗乳腺干细胞向上 146 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG EGF INTERVAL DN 214 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-129-5p 2354 2360 m8 hsa-miR-129brain CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC
hsa-miR-129-5p CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCU
hsa-miR-129brain CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC
hsa-miR-129-5p CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCU
hsa-miR-129brain CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC
hsa-miR-129-5p CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCU
hsa-miR-129brain CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC
hsa-miR-129-5p CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCU
miR-130/301 2097 2103 m8 hsa-miR-130abrain CAGUGCAAUGUUAAAAGGGCAU
hsa-miR-301 CAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC
hsa-miR-130bbrain CAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAU
hsa-miR-454-3p UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU
miR-132/212 1148 1154 m8 hsa-miR-212SZ UAACAGUCUCCAGUCACGGCC
hsa-miR-132brain UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG
mir-133 1314 1320 1A hsa-miR-133a UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU
hsa-miR-133b UUGGUCCCCUUCAACCAGCUA
mir-138 1233 1239 m8 hsa-miR-138brain AGCUGGUGUUGUGAAUC
miR-140 2083 2090 1A,m8 hsa-miR-140brain AGUGGUUUUACCCUAUGGUAG
hsa-miR-140brain AGUGGUUUUACCCUAUGGUAG
miR-17-5p/20/93.mr/106/519.d 2099 2105 m8 hsa-miR-17-5p CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGU
hsa-miR-20abrain UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG
hsa-miR-106a AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC
hsa-miR-106bSZ UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU
hsa-miR-20bSZ CAAAGUGCUCAUAGUGCAGGUAG
hsa-miR-519d CAAAGUGCCUCCCUUUAGAGUGU
miR-188 2058 2064 m8 hsa-miR-188 CAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGU
miR-19 2096 2102 m8 hsa-miR-19a UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA
hsa-miR-19b ugugcaaauccaugcaaaacuga
miR-191 2425 2432 1A,m8 hsa-miR-191brain CAACGGAAUCCCAAAAGCAGCU
miR-199 2135 2141 1A hsa-miR-199a CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC
hsa-miR-199b CCCAGUGUUUAGACUAUCUGUUC
miR-204/211 2057 2063 m8 hsa-miR-204brain UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU
hsa-miR-211 UUCCCUUUGUCAUCCUUCGCCU
miR-208 2497 2503 1A hsa-miR-208 AUAAGACGAGCAAAAAGCUUGU
miR-25/32/92/363/367 2472 2479 1A,m8 hsa-miR-25brain CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA
hsa-miR-32 UAUUGCACAUUACUAAGUUGC
hsa-miR-92 UAUUGCACUUGUCCCGGCCUG
hsa-miR-367 AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA
hsa-miR-92bSZ UAUUGCACUCGUCCCGGCCUC
miR-299-5p 2081 2088 1A,m8 hsa-miR-299-5p UGGUUUACCGUCCCACAUACAU
hsa-miR-299-5p UGGUUUACCGUCCCACAUACAU
miR-30-5p 1864 1871 1A,m8 hsa-miR-30a-5p UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG
hsa-miR-30cbrain uguaaacauccuacucucucucucagc
hsa-miR-30dSZ uguaaacauccccgacuggaag
hsa-miR-30bSZ UGUAAACAUCCUACACUCAGCU
hsa-miR-30e-5p UGUAAACAUCCUUGACUGGA
miR-320 2070 2076 1A hsa-miR-320 AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAA
miR-329 2365 2371 1A hsa-miR-329brain AACACACCUGGUUAACCUCUUU
miR-338 1289 1295 1A hsa-miR-338brain UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGA
miR-34/449 2575 2581 m8 hsa-miR-34abrain UGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUU
hsa-miR-34c AGGCAGUGUAGUUAGCUGAUUGC
hsa-miR-449 uggcaguguauuguagcuggu
hsa-miR-449b AGGCAGUGUAUUGUUAGCUGGC
miR-34b 2576 2582 m8 hsa-miR-34b UAGGCAGUGUCAUUAGCUGAUUG
miR-369-3p 2342 2349 1A,m8 hsa-miR-369-3p AAUAAUACAUGGUUGAUCUUU
mir-374 2343 2350 1A,m8 hsa-miR-374 UUAUAAUACAACCUGAUAAGUG
miR-381 2194 2200 m8 hsa-miR-381 UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU
miR-411 2482 2488 1A hsa-miR-411 AACACGGUCCACUAACCCUCAGU
miR-450 2354 2360 1A hsa-miR-450 UUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUA
hsa-miR-450 UUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUA
hsa-miR-450 UUUUUGCGAUGUGUUCCUAAUA
mir-499 2497 2503 1A hsa-miR-499 UUAAGACUUGCAGUGAUGUUUAA
miR-539 1726 1732 1A hsa-miR-539 GGAGAAAUUAUCCUUGGUGUGU