基因页:Sox11
概括?
基因 | 6664 |
象征 | Sox11 |
同义词 | MRD27 |
描述 | Sry-Box 11 |
参考 | MIM:600898|HGNC:HGNC:11191|ENSEMBL:ENSG00000176887|HPRD:02940|Vega:Otthumg0000000090333 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 2P25 |
Pascal P值 | 0.001 |
胎儿β | 6.165 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中:1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/SOX11_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23岁)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0003677 | DNA结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007399 | 神经系统的发展 | 塔斯 | 神经突(GO期限:5) | 8666406 |
去:0006355 | 调节转录,DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
去:0006350 | 转录 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | 核 | IEA | - | |
去:0005730 | 核仁 | 艾达 | 18029348 | |
去:0005737 | 细胞质 | 艾达 | 18029348 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
PAX FOXO1融合DN的Davicioni目标DN | 68 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Davicioni Rhabdomyosarcoma PAX FOXO1融合DN | 15 | 11 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
KHSV miRNA的Samols目标 | 8 | 7 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Doane乳腺癌ESR1 DN | 48 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mullighan MLL签名1 DN | 242 | 165 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Hummel Burkitts淋巴瘤 | 43 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
纳德里乳腺癌预后 | 50 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
杨乳腺癌ESR1 DN | 25 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schaeffer前列腺开发6小时DN | 514 | 330 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath ES核心九相关 | 100 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Shepard BMYB Morpholino DN | 200 | 112 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Shepard BMYB目标 | 74 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Shepard粉碎和燃烧突变体DN | 185 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
郭十六进制目标 | 81 | 54 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
牙槽横纹肌肉瘤 | 98 | 64 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
McClung Creb1靶向DN | 57 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
CUI TCF21靶向 | 37 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
McClung可卡因奖励4WK | 75 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
CUI TCF21目标2向上 | 428 | 266 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Heller HDAC靶向DN | 292 | 189 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martinez RB1靶向DN | 543 | 317 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martinez TP53靶向 | 602 | 364 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martinez RB1和TP53靶向DN | 591 | 366 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
骨骼DN中的Smid乳腺癌复发 | 315 | 197 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
SMID乳腺癌腔B DN | 564 | 326 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Smid乳腺癌基础 | 648 | 398 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bonome卵巢癌的生存最佳逃亡 | 246 | 152 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Labbe TGFB1靶向 | 102 | 64 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
TGFB1和WNT3A的LABBE目标 | 111 | 70 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Qi Plasmacytoma Up | 259 | 185 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
对Salirasib dn的Blum响应 | 342 | 220 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
甜肺癌Kras DN | 435 | 289 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
池子侵入性乳腺癌 | 288 | 168 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nakayama软组织肿瘤PCA1 DN | 74 | 47 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
verhaak胶质母细胞瘤pro | 177 | 132 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Chicas RB1靶向衰老 | 572 | 352 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
卡mir302a目标 | 77 | 62 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bruins通过TP53组A的UVC响应 | 898 | 516 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
pasini suz12靶向DN | 315 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
拉菲尔Vegfa的目标 | 9 | 8 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Holleman vincristine抗性B | 38 | 22 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
林乳腺干细胞向上 | 489 | 314 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-101 | 1284 | 1291 | 1A,M8 | HSA-MIR-101 | uacaguacugauaacugaag |
mir-125/351 | 5225 | 5231 | 1a | HSA-MIR-125B脑 | ucccugagacccuaacuuguga |
HSA-MIR-125A脑 | ucccugagacccuuaaccugug | ||||
HSA-MIR-125B脑 | ucccugagacccuaacuuguga | ||||
HSA-MIR-125A脑 | ucccugagacccuuaaccugug | ||||
mir-128 | 750 | 756 | 1a | HSA-MIR-128A | ucacagugaaccggucuuuu |
HSA-MIR-128B | ucacagugaaccggucuuc | ||||
mir-132/212 | 6635 | 6641 | M8 | HSA-MIR-212SZ | uaacagucuccagucacgccc |
HSA-MIR-132脑 | uaacagucuacccaugggg | ||||
mir-133 | 592 | 598 | M8 | HSA-MIR-133A | uugguccccuucaaccagcugu |
HSA-MIR-133B | uguguccccuucaaccagcua | ||||
mir-137 | 6253 | 6260 | 1A,M8 | HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag |
HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag | ||||
mir-141/200a | 7223 | 7230 | 1A,M8 | HSA-MIR-141 | uaacacugucugugugugugaugg |
HSA-MIR-200A | uaacacugucuguguguguaaacgaugu | ||||
mir-142-3p | 5726 | 5732 | M8 | HSA-MIR-142-3P | uguaguuuccuacuuuaugga |
mir-142-5p | 5074 | 5080 | 1a | HSA-MIR-142-5P | cauaaaguagaaagcacuac |
mir-144 | 1285 | 1291 | 1a | HSA-MIR-144 | uacaguauagauguauguaguag |
mir-145 | 6392 | 6399 | 1A,M8 | HSA-MIR-145 | guccaguuucccaggaaucccuu |
HSA-MIR-145 | guccaguuucccaggaaucccuu | ||||
mir-148/152 | 1496年 | 1502 | M8 | HSA-MIR-148A | ucagugcacuacaacuuugu |
HSA-MIR-152脑 | UCAGUGCAUGACACUUGGG | ||||
HSA-MIR-148B | ucagugcaucacacaacuuugu | ||||
mir-153 | 674 | 680 | M8 | HSA-MIR-153 | Uugcauagucacaaaaguga |
mir-155 | 7104 | 7110 | M8 | HSA-MIR-155 | uuaaugcuaaucgugauagggg |
mir-186 | 4444 | 4451 | 1A,M8 | HSA-MIR-186 | caaagaauuuugggcuu |
mir-196 | 5728 | 5735 | 1A,M8 | HSA-MIR-196A | uagguaguucauguugugug |
HSA-MIR-196B | uagguaguucuuguugg | ||||
mir-204/211 | 985 | 992 | 1A,M8 | HSA-MIR-204脑 | Uucccuuugucauccuaugccu |
HSA-MIR-211 | uucccuuugucauccuucgccu | ||||
HSA-MIR-204脑 | Uucccuuugucauccuaugccu | ||||
HSA-MIR-211 | uucccuuugucauccuucgccu | ||||
HSA-MIR-204脑 | Uucccuuugucauccuaugccu | ||||
HSA-MIR-211 | uucccuuugucauccuucgccu | ||||
mir-217 | 7220 | 7226 | M8 | HSA-MIR-217 | uacugcaucagaacugauuggau |
HSA-MIR-217 | uacugcaucagaacugauuggau | ||||
mir-218 | 5875 | 5882 | 1A,M8 | HSA-MIR-218脑 | uugugcuugaucuaaccaugu |
mir-223 | 756 | 762 | M8 | HSA-MIR-223 | ugucuuugucaauacccc |
mir-224 | 759 | 765 | 1a | HSA-MIR-224 | caagucacuaguguguccuuua |
mir-23 | 810 | 816 | M8 | HSA-MIR-23A脑 | aucacauugccagggauucc |
HSA-MIR-23B脑 | aucacauugccagggauuacc | ||||
mir-25/32/92/363/367 | 1425 | 1432 | 1A,M8 | HSA-MIR-25脑 | Cauugcacuugucucggucuga |
HSA-MIR-32 | uauugcacauacuaaguugc | ||||
HSA-MIR-92 | uauugcacuugucccgcgcug | ||||
HSA-MIR-367 | Aauugcacuuuagcaaugga | ||||
HSA-MIR-92BSZ | uauugcacucgucccgcgcuc | ||||
mir-27 | 6234 | 6240 | 1a | HSA-MIR-27A脑 | uucacaguggcuaaguuccgc |
HSA-MIR-27B脑 | uucacaguggcuaaguucugc | ||||
HSA-MIR-27A脑 | uucacaguggcuaaguuccgc | ||||
HSA-MIR-27B脑 | uucacaguggcuaaguucugc | ||||
mir-323 | 810 | 816 | 1a | HSA-MIR-323脑 | gcacauuacggucgaccucu |
mir-324-3p | 5779 | 5785 | 1a | HSA-MIR-324-3P | ccacugccccaggugcugcugg |
mir-324-5p | 5775 | 5781 | 1a | HSA-MIR-324-5p | CGCAUCCCCUAGGGCAUUGGU |
mir-328 | 5264 | 5271 | 1A,M8 | HSA-MIR-328脑 | cuggcccucugccuuccgu |
mir-33 | 1493 | 1499年 | M8 | HSA-MIR-33 | Gugcauuguuguugcauug |
HSA-MIR-33B | Gugcauugcuguugcauugca | ||||
mir-330 | 4548 | 4554 | M8 | HSA-MIR-330脑 | GCAAAGCACGGCCUGCAGAGA |
mir-376c | 7122 | 7128 | 1a | HSA-MIR-376C | aacauagaggaaauuccacg |
mir-381 | 5315 | 5321 | 1a | HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu |
mir-383 | 7144 | 7150 | 1a | HSA-MIR-383脑 | agaucagaaggugauuguggcu |
mir-421 | 5119 | 5125 | 1a | HSA-MIR-421 | ggccucauaauguuguug |
mir-448 | 4700 | 4706 | M8 | HSA-MIR-448 | uugcauauguaggauguccccau |
mir-455 | 1396年 | 1403 | 1A,M8 | HSA-MIR-455 | Uaugugccuuuggacuacaucg |
mir-485-3p | 7070 | 7076 | M8 | HSA-MIR-485-3P | gucauacgggcucucucucucucu |
mir-490 | 6818 | 6824 | M8 | HSA-MIR-490 | caaccuggaggacuaugcugcug |
mir-493-5p | 725 | 731 | 1a | HSA-MIR-493-5p | uuguacaugguaggcuuucauu |
mir-499 | 4256 | 4262 | M8 | HSA-MIR-499 | uuaagacuugcagugauguuaa |
mir-539 | 1414 | 1420 | 1a | HSA-MIR-539 | ggagaauuauccuuggugugu |
HSA-MIR-539 | ggagaauuauccuuggugugu | ||||
HSA-MIR-539 | ggagaauuauccuuggugugu | ||||
mir-543 | 4673 | 4679 | 1a | HSA-MIR-543 | aaacauucgcggugcacuucu |