SZGR2 - Beplay体育中心

Summary？

基因	6722
象征	SRF
同义词	MCM1
描述	serum response factor
参考	MIM：600589\|HGNC：HGNC：11291\|ENSEMBL：ENSG00000112658\|HPRD：02788\|Vega：Otthumg0000000014722
基因类型	蛋白质编码
地图位置	6p21.1
Pascal P值	3.242e-5
Sherlock p-value	0.286
胎儿β	0.645
DMG	1(# studies)
主持人	Myers' cis & trans

Gene in Data Sources

基因集名称	基因组方法	描述	信息
简历：PGCNP	全基因组协会研究	GWAS
DMG：Nishioka_2013	全基因组DNA甲基化分析	作者研究了来自18例第一期精神分裂症（FESZ）和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。	1
PMID：cooccur	高通量文献搜索	PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
gsma_iie	Genome scan meta-analysis (European-ancestry samples)	PSR：0.04433
Literature	高通量文献搜索	与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症	点击显示详细信息

Section I. Genetics and epigenetics annotation

差异甲基化基因

探测	染色体	位置	最近的基因	p（dis）	beta（dis）	fdr（dis）	学习
CG16041611	6	43139680	SRF		-0.087	0.51	DMG：Nishioka_2013

EQTL注释

SNP ID	染色体	位置	主持人	Gene Entrez ID	PVALUE	QVALUE	TSS距离	EQTL类型
RS1578978	CHR8	118196802	SRF	6722		0.02		反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域没有共表达基因

第三节。基因本体论注释

分子功能	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
去：0003700	转录factor activity	IEA		-
去：0003702	RNA聚合酶II转录因子活性	TAS		3203386
去：0008134	转录因子结合	IPI		16054032
GO：0043565	序列特异性DNA结合	IEA		-
生物过程	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
去：0001829	滋养皮肤细胞分化	艾达		17576768
去：0001947	心脏循环	IEA		-
去：0006355	调节转录，DNA依赖性的调节	IEA		-
去：0006350	转录	IEA		-
去：0007165	信号转导	TAS		3203386
去：0007507	心脏发展	IEA		-
去：0007275	多细胞生物发育	IEA		-
GO：0045944	RNA聚合酶II启动子的转录阳性调节	艾达		17576768
GO:0045597	细胞分化的阳性调控	艾达		17576768
GO：0046716	肌肉维护	IEA		-
细胞分量	去学期	证据	神经关键字	PubMed ID
去：0005634	核	IEA		-
去：0005634	核	TAS		3203386
去：0005730	核仁	艾达		18029348
去：0005737	cytoplasm	艾达		18029348
去：0005783	内质网	艾达		18029348

Section IV. Protein-protein interaction annotation

互动者	别名b	官方全名b	实验	Source	PubMed ID
ASCC1	ASC1P50 \|CGI-18 \|RP11-150D20.4	激活信号协整1个复合亚基1	重构的复合物 Two-hybrid	Biogrid	12077347
ASCC2	ASC1p100	激活信号协调器1复合亚基2	重构的复合物 Two-hybrid	Biogrid	12077347
ASCC3	ASC1P200 \|DJ467N11.1 \|Helic1 \|MGC26074 \|rnah \|DJ121G13.4	激活信号协整1个复合亚基3	重构的复合物 Two-hybrid	Biogrid	12077347
ATF6	ATF6A	激活转录因子6	-	HPRD，Biogrid	9271374
barx2	MGC133368 \|MGC133369	Barx Homeobox 2	-	HPRD	11278942
CD63	LAMP-3 \| ME491 \| MLA1 \| OMA81H \| TSPAN30	CD63分子	Two-hybrid	Biogrid	9271374
CEBPB	C/EBP-beta \|CRP2 \|IL6DBP \|圈\|MGC32080 \|nf-il6 \|TCF5	CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), beta	-	HPRD	11500490
CEBPB	C/EBP-beta \|CRP2 \|IL6DBP \|圈\|MGC32080 \|nf-il6 \|TCF5	CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), beta	亲和力捕获 - 韦斯特恩重构的复合物 Two-hybrid	Biogrid	9032301\|10318842
克雷布	CBP \|kat3a \|RST	CREB结合蛋白	亲和力捕获 - 韦斯特恩	Biogrid	12622724
CRIP2	crip \|CRP2 \|ESP1	富含半胱氨酸的蛋白2	-	HPRD	12530967
ELK1	-	ELK1, member of ETS oncogene family	-	HPRD，Biogrid	9010223
ELK4	SAP1	ELK4, ETS-domain protein (SRF accessory protein 1)	-	HPRD	11406578\|11846562
ELK4	SAP1	ELK4, ETS-domain protein (SRF accessory protein 1)	-	HPRD，Biogrid	11406578
FHL1	FHL1B \|flh1a \|kyo-t \|MGC111107 \|Slim1 \|XMPMA \|BA535K18.1	四个半域1	SRF与FHL1相互作用。这种相互作用是基于未指定物种的人类SRF和FHL1之间的相互作用进行建模的。	绑定	15610731
FHL2	AAG11 \|Dral \|Slim3	四个半域2	SRF与FHL2相互作用。	绑定	15610731
FHL3	MGC19547 \|MGC23614 \|MGC8696 \|Slim2	四个半域3	SRFinteracts with FHL3. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between human SRF and FHL3 from an unspecified species.	绑定	15610731
FHL5	行为\|FLJ33049 \|KIAA0776 \|RP3-393D12.2 \|DJ393D12.2	四个半域5	SRF与ACT相互作用。这种相互作用是根据人类SRF与来自未指定物种的ACT之间的相互作用进行建模的。	绑定	15610731
FLI1	ewsr2 \|SIC-1	朋友白血病病毒整合1	-	HPRD，Biogrid	9010223\|10606656
fos	AP-1 \|c-fos	V-FOS FBJ鼠骨肉瘤病毒性癌基因同源物	SRF与C-Fos启动子Carg Box相互作用。这种相互作用是在未指定物种的人类SRF和C-FOS启动子盒中的相互作用上建模的。	绑定	15610731
FOSL1	fra \|fra1 \|FRA-1	FOS样抗原1	SRFinteracts with the region of the FRA-1 promoter containing the SRE and ATF sites.	绑定	15806162
GATA4	MGC126629	GATA结合蛋白4	-	HPRD，Biogrid	11158291
GTF2F1	BTF4 \|Rap74 \|TF2F1 \|tfiif	通用转录因子IIF，多肽1，74KDA	-	HPRD，Biogrid	7854423\|8106390
gtf2i	BAP-135 \|BAP135 \|BTKAP1 \|diws \|FLJ38776 \|FLJ56355 \|IB291 \|自旋\|tfii-i \|WBS \| WBSCR6	一般转录因子II，I	-	HPRD，Biogrid	9334314
霍普克斯	客串\|跳\|拉吉\|MGC20820 \|Necc1 \|OB1 \|SMAP31 \|托托	Hop Homeobox	-	HPRD	12297045
MKL1	BSAC \|mal \|MRTF-A	Megakaryoblastic白血病（易位）1	-	HPRD，Biogrid	12397177 \| 14565952
MKL1	BSAC \|mal \|MRTF-A	Megakaryoblastic白血病（易位）1	-	HPRD	14565952
MKL2	DKFZP686J1745 \|FLJ31823 \|FLJ45623 \|MRTF-B \|NPD001	MKL/类似心肌蛋白2	-	HPRD，Biogrid	12397177\|14565952
MYOCD	mocd	心肌素	-	HPRD，Biogrid	11439182\|12397177 \|15014501
MYOD1	myf3 \|Myod \|PUM \|BHLHC1	myogenic differentiation 1	-	HPRD	8617811
myog	myf4 \|肌蛋白\|BHLHC3	肌原（肌原因子4）	-	HPRD，Biogrid	8617811
NCOA1	F-SRC-1 \|kat13a \|MGC129719 \|MGC129720 \|NCOA-1 \|RIP160 \|SRC-1 \|src1 \|Bhlhe42	核受体共激活因子1	-	HPRD	9786846
NCOA6	AIB3 \|antp \|ASC2 \|HOX1.1 \|Hoxa7 \|KIAA0181 \|NRC \|prip \|Rap250 \|trbp	核受体共激活因子6	重构的复合物	Biogrid	10847592
NCOR2	CTG26 \|SMRT \|Smrte \|smrte-tau \|TNRC14 \|TRAC-1 \|trac1	核受体共抑制剂2	-	HPRD，Biogrid	10777532
NFYA	CBF-A \|CBF-B \|FLJ11236 \|hap2 \|nf-ya	核转录因子y，alpha	NF-YA与SRF相互作用。这种相互作用是建立在未指定物种和人类SRF之间的NF-YA之间的相互作用上建模的。	绑定	10571058
NFYA	CBF-A \|CBF-B \|FLJ11236 \|hap2 \|nf-ya	核转录因子y，alpha	重构的复合物 Two-hybrid	Biogrid	10571058
NKX2-3	CSX3 \|NK2.3 \|nkx2.3 \|NKX2C \|NKX4-3	NK2转录因子相关，基因座3（果蝇）	-	HPRD	11457859
NKX2-5	CHNG5 \| CSX \| CSX1 \| NKX2.5 \| NKX2E \| NKX4-1	NK2转录因子相关，基因座5（果蝇）	-	HPRD	8887666
NKX3-1	BAPX2 \|NKX3 \|nkx3.1 \|NKX3A	NK3同胞1	-	HPRD，Biogrid	10993896
PML	myl \|pp8675 \|RNF71 \|TRIM19	Promyelocytic白血病	-	HPRD，Biogrid	12622724
PRRX1	phox1 \|PMX1 \|PRX1	配对相关的同型盒1	-	HPRD	9334314
Pycard	ASC \| CARD5 \| MGC10332 \| TMS \| TMS-1 \| TMS1	PYD和卡域包含	-	HPRD	10847592
rarg	NR1B3 \|rarc	视黄酸受体伽玛	重构的复合物	Biogrid	11641790
rel	C-Rel	V-REL网状内皮症病毒性癌基因同源物（Avian）	重构的复合物	Biogrid	8670842
Rela	MGC131774 \|NFKB3 \|P65	V-REL网状内皮症病毒性癌基因同源物A（Avian）	重构的复合物	Biogrid	8670842
rxra	FLJ00280 \|FLJ00318 \|FLJ16020 \|FLJ16733 \|MGC102720 \|NR2B1	类维生素X受体，α	-	HPRD	11641790
rxrg	NR2B3 \|rxrc	类维生素X受体，伽马	-	HPRD，Biogrid	11641790
SP1	-	SP1转录因子	重构的复合物	Biogrid	10082523
src	ASV \| SRC1 \| c-SRC \| p60-Src	V-SRC肉瘤（Schmidt-Ruppin A-2）病毒癌基因同源物（Avian）	-	HPRD，Biogrid	9786846
SRF	MCM1	血清反应因子（C-FOS血清响应元件结合转录因子）	-	HPRD	11406578
SSRP1	事实\|事实80 \|T160	结构特异性识别蛋白1	-	HPRD，Biogrid	10336466
tead1	AA \|Ref1 \|TCF13 \|TEF-1	茶域家庭成员1 (SV40转录enhancer factor)	-	HPRD，Biogrid	11136726\|12061776

Section V. Pathway annotation

路径名	路径大小	＃szgr 2.0基因	信息
kegg mapk信号通路	267	205	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Biocarta EGF途径	31	25	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Biocarta GH途径	28	22	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Biocarta IGF1途径	21	16	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Biocarta IL6途径	22	16	All SZGR 2.0 genes in this pathway
生物卡塔胰岛素途径	22	16	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Biocarta PDGF途径	32	25	All SZGR 2.0 genes in this pathway
BIOCARTA MAL PATHWAY	19	17	All SZGR 2.0 genes in this pathway
ST P38 MAPK途径	37	28	All SZGR 2.0 genes in this pathway
St GA13途径	37	32	All SZGR 2.0 genes in this pathway
pid rhoa途径	45	33	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID HDAC Classii途径	34	27	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID AR途径	61	46	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID ERBB1下游途径	105	78	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID PDGFRB途径	129	103	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID P38 MK2途径	21	19	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID PDGFRA途径	22	18	All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID MAPK TRK途径	34	31	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Liu Sox4靶向DN	309	191	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mullighan mll签名1	380	236	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nagashima NRG1信号向上发出	176	123	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Kim WT1靶向	214	155	All SZGR 2.0 genes in this pathway
ENK UV响应角质形成细胞DN	485	334	All SZGR 2.0 genes in this pathway
yemelyanov gr目标dn	10	8	All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿霉素的Graessmann凋亡	1142	669	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Graessmann对MC和阿霉素的反应	612	367	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Darwiche皮肤肿瘤启动子DN	185	115	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Darwiche Papilloma风险低DN	165	107	All SZGR 2.0 genes in this pathway
DARWICHE PAPILLOMA RISK HIGH DN	180	110	All SZGR 2.0 genes in this pathway
DARWICHE SQUAMOUS CELL CARCINOMA DN	181	107	All SZGR 2.0 genes in this pathway
马丁与HDAC互动	44	31	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Spielman淋巴细胞欧洲vs亚洲	479	299	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nuytten EZH2靶向DN	1024	594	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Buytaert光动力疗法应力DN	637	377	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath循环基因	648	385	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath ES核心九相关	100	68	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Collis PrkDC底物	20	15	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Magrangeas多发性骨髓瘤IgG与IgA	22	12	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Flechner PBL肾脏移植被拒绝与OK	63	48	All SZGR 2.0 genes in this pathway
伊万诺娃造血早期祖先	532	309	All SZGR 2.0 genes in this pathway
TBH和H2O2的Weigel氧化应激	36	24	All SZGR 2.0 genes in this pathway
外邦紫外线响应集群D5	39	26	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zhu CMV全部	120	89	All SZGR 2.0 genes in this pathway
外邦紫外线高剂量DN	312	203	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zhu CMV 24小时	93	65	All SZGR 2.0 genes in this pathway
道格拉斯BMI1靶向	566	371	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Ouyang前列腺癌进展DN	21	16	All SZGR 2.0 genes in this pathway
ACEVEDO NORMAL TISSUE ADJACENT TO LIVER TUMOR DN	354	216	All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿塞维多肝癌DN	540	340	All SZGR 2.0 genes in this pathway
肝癌DN中的阿塞维多甲基化	940	425	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Qi Plasmacytoma Up	259	185	All SZGR 2.0 genes in this pathway
公园APL发病机理DN	50	35	All SZGR 2.0 genes in this pathway
HOFFMANN LARGE TO SMALL PRE BII LYMPHOCYTE DN	72	47	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Shedden肺癌良好生存A12	317	177	All SZGR 2.0 genes in this pathway
惠特菲尔德细胞周期g2 m	216	124	All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zwang 1类由EGF瞬时诱导	516	308	All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族	目标位置			miRNA ID	mirna seq
mirna家族	UTR开始	UTR结束	匹配方法	miRNA ID	mirna seq
mir-101	1315	1321	1a	hsa-miR-101	uacaguacugauaacugaag
miR-122	145	151	1a	HSA-MIR-122A	uggagugugacaaugguuuugu
miR-125/351	470	476	M8	hsa-miR-125b^脑	ucccugagacccuaacuuguga
miR-125/351	470	476	M8	hsa-miR-125a^脑	ucccugagacccuuaaccugug
mir-142-5p	1360	1366	M8	HSA-MIR-142-5P	cauaaaguagaaagcacuac
miR-144	1315	1321	1a	HSA-MIR-144	uacaguauagauguauguaguag
miR-150	2036	2042	M8	HSA-MIR-150	UCUCCCAACCCUUGUACCAGUG
mir-186	69	75	1a	HSA-MIR-186	caaagaauuuugggcuu
MiR-200BC/429	1384	1390	M8	hsa-miR-200b	uaauacugccugguaaugaugac
				hsa-miR-200c	uaauacugccggguaaugaugg
				hsa-miR-429	uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
				hsa-miR-200b	uaauacugccugguaaugaugac
				hsa-miR-200c	uaauacugccggguaaugaugg
				hsa-miR-429	uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
mir-22	1310	1316	1a	HSA-MIR-22^脑	Aagcugccaguugaagaacugu
mir-28	531	537	M8	HSA-MIR-28^脑	Aaggagcucacagucuauugag
miR-377	2021	2027	M8	HSA-MIR-377	aucacacaaaggaacuuuuugu
mir-485-5p	398	404	M8	hsa-miR-485-5p	aggcuggccgugaugauuc
miR-486	1401	1407	M8	HSA-MIR-486	uccuguacugagcugcccccgag
mir-7	659	665	M8	HSA-MIR-7^SZ	Uggaagacuaguuuuuguug
mir-9	153	159	1a	HSA-MIR-9^SZ	ucuuuguuaucuagcuguauga

SZ：在精神分裂症患者的脑皮质中差异表达的miRNA与使用微阵列进行对照样品进行比较。点击hereto see the list of SZ related miRNAs.
大脑：基于miRNA微阵列表达研究在大脑中表达的miRNA。点击here查看与大脑相关的miRNA列表。

基因页：SRF