基因页：STX5
Summary？
| GeneID | 6811 |
| Symbol | STX5 |
| 同义词 | SED5 | STX5A |
| 描述 | 语法5 |
| Reference | MIM：603189|HGNC：HGNC：11440|ENSEMBL：ENSG00000162236|HPRD:04426|Vega：Otthumg00000143864 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 11q12.3 |
| Pascal P值 | 0.146 |
| Sherlock p-value | 0.853 |
| 胎儿β | 0.501 |
| DMG | 1(# studies) |
| 支持 | 细胞内贩运 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Vaneijk_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 | 1 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | Hits with neuro-related keywords: 1 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG14519525 | 11 | 62414275 | STX5 | 1.46E-5 | 4.063 | DMG：Vaneijk_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
No co-expressed genes in brain regions
第三节。基因本体论注释
| Molecular function | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005484 | SNAP受体活性 | 艾达 | 15215310 | |
| Biological process | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0006903 | 囊泡靶向 | TAS | 9188044 | |
| 去：0006886 | 细胞内蛋白转运 | IEA | - | |
| GO：0042147 | 逆行运输，内体向高尔基 | 艾达 | 15215310 | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0031201 | 军鼓复合物 | TAS | 神经元，突触（GO期限：6） | 15215310 |
| GO:0000139 | 高尔基膜 | IEA | - | |
| 去：0005794 | 高尔基体 | 艾达 | 15215310 | |
| 去：0005634 | nucleus | 艾达 | 18029348 | |
| 去：0005730 | 核仁 | 艾达 | 18029348 | |
| GO:0016020 | membrane | IEA | - | |
| GO:0016021 | 膜不可或缺 | IEA | - | |
| 去：0033116 | er-golgi中间室膜 | IEA | - |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| Interactors | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| APLP1 | APLP | amyloid beta (A4) precursor-like protein 1 | Two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| BAT3 | Bag-6 |Bag6 |D6S52E |G3 | HLA-B相关的成绩单3 | Two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| BET1 | DKFZp781C0425 | HBET1 | 在运输1同源物（S. cerevisiae）的早期被阻塞 | - | HPRD | 9094723 |
| BET1 | DKFZp781C0425 | HBET1 | 在运输1同源物（S. cerevisiae）的早期被阻塞 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11927603 |
| BET1L | bet1l1 |golim3 |GS15 |HSPC197 | 在运输1同源物（S. cerevisiae）的早期被阻塞 - | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11927603|12388752 |
| C1orf103 | FLJ11269 | RIF1 | RP11-96K19.1 | chromosome 1 open reading frame 103 | Two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| COPS6 | CSN6 |MOV34-34KD | COP9本构型显微类同源物亚基6（拟南芥） | Two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| GOSR1 | GOLIM2 | GOS-28 | GOS28 | GOS28/P28 | GS28 | P28 | golgi SNAP receptor complex member 1 | - | HPRD，Biogrid | 9094723 |
| GOSR2 | BOS1 |GS27 | golgi SNAP receptor complex member 2 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 Co-purification Two-hybrid |
Biogrid | 9094723|9647643 |11927603 |
| GOSR2 | BOS1 |GS27 | golgi SNAP receptor complex member 2 | - | HPRD | 9094723|9647643|11035026 |
| hap1 | hap2 |hip5 |HLP |HHLP1 | huntingtin-associated protein 1 | Two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| IMMT | DKFZp779P1653|HMP | MGC111146 | P87 | P87/89 | P89 | PIG4 | PIG52 | 内膜蛋白，线粒体（线粒体） | Two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| 纳帕 | Snapa | N-乙基马来酰亚胺敏感因子附着蛋白，α | 重构的复合物 Two-hybrid |
Biogrid | 9506515|16189514 |
| NSFL1C | MGC3347 |ubx1 |ubxd10 |ubxn2c |DJ776F14.1 |P47 | NSFL1（P97）辅因子（P47） | - | HPRD | 9506515 |
| NSFL1C | MGC3347 |ubx1 |ubxd10 |ubxn2c |DJ776F14.1 |P47 | NSFL1（P97）辅因子（P47） | - | HPRD，Biogrid | 9506515 | 12473691 |
| PSEN1 | ad3 |时尚|PS1 |S182 | Presenilin 1 | The full-length PS1 holoprotein interacts with Syntaxin 5. | 绑定 | 15109302 |
| SCFD1 | C14orf163 |KIAA0917 |RA410 |sly1 |STXBP1L2 | Sec1家族域包含1 | - | HPRD | 12506202|14565970 |
| SEC22A | SEC22L2 | Sec22囊泡运输蛋白同源物A（酿酒酵母） | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11927603 |
| SEC22B | ERS-24 |SEC22L1 | Sec22囊泡运输蛋白同源物B（酿酒酵母） | - | HPRD | 11035026 |
| SEC22B | ERS-24 |SEC22L1 | Sec22囊泡运输蛋白同源物B（酿酒酵母） | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 15029241 |
| SNAP23 | HST17016 |snap23a |snap23b | synaptosomal-associated protein, 23kDa | 重构的复合物 | Biogrid | 12651853 |
| SNAP25 | FLJ23079 | RIC-4 | RIC4 | SEC9 | SNAP | SNAP-25 | bA416N4.2 | dJ1068F16.2 | 突触小体相关蛋白，25KDA | 重构的复合物 | Biogrid | 9325254 |
| STX17 | FLJ20651 |MGC102796 |MGC126613 |MGC126615 | 语法17 | Co-purification | Biogrid | 9094723 |
| TP53 | FLJ92943 | LFS1 | TRP53 | p53 | 肿瘤蛋白p53 | Two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| USO1 | P115 |点击|VDP | USO1同源物，囊泡对接蛋白（酵母） | - | HPRD，Biogrid | 11927603 |
| VAPB | ALS8 | VAMP-B | VAMP-C | VAP-B | VAP-C | VAMP (vesicle-associated membrane protein)-associated protein B and C | 重构的复合物 | Biogrid | 12651853 |
| VCP | IBMPFD |MGC131997 |MGC148092 |MGC8560 |tera |P97 | 含瓣膜蛋白 | - | HPRD | 9506515 |
| VCPIP1 | DKFZP686G038 |duba3 |FLJ23132 |FLJ60694 |KIAA1850 |VCIP135 | 含有蛋白质（p97）/p47复合蛋白1的瓣膜蛋白1 | - | HPRD | 12473691 |
| VTI1B | VTI1 |vti1 like |VTI1L |VTI2 | vesicle transport through interaction with t-SNAREs homolog 1B (yeast) | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11927603 |
| YKT6 | - | YKT6 v-SNARE同族体(酵母) | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 | Biogrid | 11927603 |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| miRNA family | 目标位置 | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-133 | 404 | 411 | 1A，M8 | HSA-MIR-133A | uugguccccuucaaccagcugu |
| HSA-MIR-133B | uguguccccuucaaccagcua | ||||
| miR-150 | 91 | 98 | 1A，M8 | HSA-MIR-150 | UCUCCCAACCCUUGUACCAGUG |
| mir-182 | 518 | 524 | 1a | HSA-MIR-182 | UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA |
| mir-24 | 72 | 78 | m8 | hsa-miR-24SZ | uggcucucagagcaggaagag |
| hsa-miR-24SZ | uggcucucagagcaggaagag | ||||
| mir-27 | 232 | 238 | 1a | HSA-MIR-27Abrain | uucacaguggcuaaguuccgc |
| HSA-MIR-27Bbrain | uucacaguggcuaaguucugc | ||||
| mir-431 | 555 | 561 | m8 | HSA-MIR-431 | uguugcaggccguauga |
| mir-485-5p | 565 | 571 | m8 | hsa-miR-485-5p | aggcuggccgugaugauuc |
| miR-96 | 518 | 524 | 1a | HSA-MIR-96brain | uuuggcacuagcacauuuuugc |