基因Page:TAGLN

概括?
基因ID 6876
Symbol TAGLN
同义词 SM22|SMCC|TAGLN1|WS3-10
描述 transgelin
参考 MIM:600818|HGNC:HGNC:11553|运用:ENSG00000149591|HPRD:02891|Vega:OTTHUMG00000167067
基因type protein-coding
地图位置 11q23.2
Pascal p-value 0.266
Sherlock P值 0.011
Fetal beta -1.823
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.006

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene 基因Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs10502229 chr11 117979969 TAGLN 6876 0.12 cis
rs4846803 chr1 217202134 TAGLN 6876 0.08 trans
rs7522101 chr1 217204605 TAGLN 6876 0.06 trans
RS1566993 chr2 117105059 TAGLN 6876 0.06 trans
rs6434664 chr2 195031931 TAGLN 6876 0.14 trans
rs16868907 chr4 19933369 TAGLN 6876 0.18 trans
rs16868984 chr4 19963186 TAGLN 6876 0.12 trans
rs2579326 chr4 72131304 TAGLN 6876 0.16 trans
rs317971 chr5 66688724 TAGLN 6876 0.07 trans
rs317986 chr5 66734664 TAGLN 6876 0.12 trans
RS248049 chr5 126489320 TAGLN 6876 0.17 trans
rs2066902 chr7 126181046 TAGLN 6876 7.862E-4 trans
rs12706740 chr7 126296427 TAGLN 6876 0.1 trans
rs2402820 chr7 126297697 TAGLN 6876 0.11 trans
RS16907489 chr9 23656537 TAGLN 6876 0.2 trans
rs17135547 chr11 77037398 TAGLN 6876 0.03 trans
rs10879027 chr12 70237156 TAGLN 6876 0.02 trans
rs6095741 chr20 48666589 TAGLN 6876 0.17 trans
rs2838518 chr21 45614801 TAGLN 6876 0.15 trans

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
C3AR1 0.88 0.83
Alox5ap 0.87 0.83
C1QC 0.86 0.85
ADORA3 0.84 0.84
LAPTM5 0.84 0.84
C3 0.82 0.83
CTSS 0.82 0.78
HCLS1 0.82 0.81
RNASE6 0.82 0.82
CD37 0.82 0.78
Top 10 negatively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
SH3BP2 -0.37 -0.45
KIAA1949 -0.37 -0.33
UPF3A -0.37 -0.45
AC004017.1 -0.36 -0.28
AC005921.3 -0.36 -0.56
ZNF551 -0.36 -0.26
mycn -0.36 -0.22
ZNF311 -0.36 -0.30
ZNF300 -0.36 -0.24
SH2B2 -0.36 -0.46

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0003779 actin binding IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 17353931
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007517 muscle development IEA -
GO:0007517 muscle development 塔斯 9615232
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005737 细胞质 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID PDGFRB PATHWAY 129 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PICCALUGA ANGIOIMMUNOBLASTIC LYMPHOMA UP 205 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU PROSTATE CANCER DN 481 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERTUCCI MEDULLARY VS DUCTAL BREAST CANCER DN 169 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TURASHVILI BREAST DUCTAL CARCINOMA VS DUCTAL NORMAL DN 198 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
turashvili乳房导管癌与小叶正常DN 69 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HORIUCHI WTAP TARGETS UP 306 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS DN 232 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC2 TARGETS DN 133 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SENESE HDAC3 TARGETS DN 536 332 该途径中的所有SZGR 2.0基因
tien肠益生菌24小时 557 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION DN 329 219 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED DN 805 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA REVERSIBLY DN 29 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA UP 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 6 7WK DN 79 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL TGFB1 TARGETS UP 169 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX3 FOXO1融合的Ebauer目标 207 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EBAUER MYOGENIC TARGETS OF PAX3 FOXO1 FUSION 50 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martoriati MDM4靶向胎儿肝 227 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
maina vhl目标 10 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SASAI RESISTANCE TO NEOPLASTIC TRANSFROMATION 50 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HATADA METHYLATED IN LUNG CANCER UP 390 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM2 153 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
COWLING MYCN TARGETS 43 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BUYTAERT PHOTODYNAMIC THERAPY STRESS DN 637 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOUYER TATI TARGETS DN 17 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PETRETTO CARDIAC HYPERTROPHY 34 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT EGF RESPONSE 120 HELA 69 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 2 UP 256 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 SIGNALING VIA CTNNB1 83 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROZANOV MMP14 TARGETS UP 266 171 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lei Hoxc8靶向DN 17 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BECKER TAMOXIFEN RESISTANCE UP 50 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET KRAS TARGETS UP 84 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMITH TERT TARGETS DN 87 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GILDEA METASTASIS 30 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NGUYEN NOTCH1 TARGETS UP 29 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PETROVA ENDOTHELIUM LYMPHATIC VS BLOOD DN 162 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAAB FAILED HEART ATRIUM DN 141 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HARRIS HYPOXIA 81 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kaab心脏中心与心室 249 170 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANG IMMORTALIZED BY HPV31 DN 65 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 48HR DN 504 323 该途径中的所有SZGR 2.0基因
APRELIKOVA BRCA1 TARGETS 49 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
dazard对紫外线nhek的反应 244 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhu CMV 24小时DN 91 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY NO BLOOD UP 222 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY UP 487 303 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU CMV ALL DN 128 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU SMARCA4 TARGETS 64 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIELSEN LEIOMYOSARCOMA CNN1 UP 19 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG SMARCE1 TARGETS UP 280 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAMASHITA METHYLATED IN PROSTATE CANCER 57 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASRI RESISTANCE TO TAMOXIFEN AND AROMATASE INHIBITORS DN 20 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌萧述三腔的DN 564 326 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL TUMOR DN 546 362 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLEBREKERS SILENCED DURING TUMOR ANGIOGENESIS 80 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANG CORE SERUM RESPONSE UP 212 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SWEET LUNG CANCER KRAS DN 435 289 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOSHIDA LIVER CANCER SUBCLASS S1 237 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ADULT TISSUE STEM MODULE 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STAMBOLSKY TARGETS OF MUTATED TP53 DN 50 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHICAS RB1 TARGETS CONFLUENT 567 365 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应24小时DN 505 328 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PASINI SUZ12 TARGETS DN 315 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pedrioli mir31靶向 221 120 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO FGFR1 TARGETS IN PROSTATE CANCER MODEL DN 308 187 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY STEM CELL UP 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG CLASS 2 TRANSIENTLY INDUCED BY EGF 51 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-22 149 155 m8 HSA-MIR-22脑 AAGCUGCCAGUUGAAGAACUGU
miR-485-5p 170 177 1A,m8 HSA-MIR-485-5p AGAGGCUGGCCGUGAUGAAUUC