基因页：TAP1

概括?
GeneID 6890
Symbol TAP1
同义词 ABC17|ABCB2|APT1|D6S114E|PSF-1|PSF1|RING4|TAP1*0102N|TAP1N
描述 转运蛋白1，ATP结合盒，亚家族B（MDR/TAP）
参考 MIM：170260|HGNC：HGNC：43|ENSEMBL：ENSG00000168394|HPRD:01359|Vega:OTTHUMG00000031067
Gene type protein-coding
地图位置 6p21.3
Pascal P值 7.779E-9
Sherlock P值 0.825
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
Meta

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 3
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 3
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.033
文学 高通量文献搜索 Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg12762680 6 32822346 PSMB9; TAP1 2.498E-4 -0.493 0.037 DMG:Wockner_2014
cg18903583 6 32821572 TAP1 1.88E-8 -0.007 6.67E-6 DMG:Jaffe_2016
cg14272068 6 32821742 TAP1 9.8E-8 -0.011 2.18E-5 DMG:Jaffe_2016

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
rs473019 chr1 72296394 TAP1 6890 0.02 trans
rs1342707 chr1 147264296 TAP1 6890 0.02 trans
snp_a-1933592 0 TAP1 6890 0.03 trans
RS17033273 chr3 10676696 TAP1 6890 0.07 trans
rs277655 chr3 100044586 TAP1 6890 0.1 trans
rs6551878 chr4 65690588 TAP1 6890 0.18 trans
RS10515260 chr5 97076547 TAP1 6890 4.561E-4 trans
RS9397692 chr6 154487314 TAP1 6890 0.17 trans
RS7790094 chr7 152786528 TAP1 6890 0.06 trans
rs4410820 chr7 152853659 TAP1 6890 0.17 trans
RS9325708 chr8 12402940 TAP1 6890 0.01 trans
RS10979437 chr9 111430540 TAP1 6890 0.12 trans
RS3802522 chr10 28341865 TAP1 6890 0.05 trans
RS10508730 chr10 28403391 TAP1 6890 0.05 trans
rs11833888 chr12 59350152 TAP1 6890 0.06 trans
rs4303487 chr16 90033254 TAP1 6890 0.02 trans
rs17342476 chrX 102243644 TAP1 6890 0.03 trans
rs17342483 chrX 102250155 TAP1 6890 0.03 trans
rs17342504 chrX 102272107 TAP1 6890 0.03 trans
SNP_A-2138851 0 TAP1 6890 0.03 trans
SNP_A-2059928 0 TAP1 6890 0.03 trans
RS5957194 chrX 118769609 TAP1 6890 0.08 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0005515 protein binding IPI 17055437
GO:0005524 ATP结合 IEA -
GO:0005215 transporter activity IEA -
去:0016887 ATPase活性 IEA -
GO:0015198 oligopeptide transporter activity IEA -
GO:0015197 肽转运蛋白活性 IEA -
GO:0042626 ATPase活性，与物质的跨膜运动耦合 IEA -
GO:0046982 protein heterodimerization activity IPI 11133832
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006955 immune response IEA -
GO:0006952 defense response IEA -
GO:0006857 oligopeptide transport IEA -
GO：0015833 肽运输 IEA -
GO:0015031 protein transport IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane IEA -
GO:0005783 endoplasmic reticulum IEA -
GO:0016020 膜 IEA -
GO:0016021 integral to membrane NAS 1946428

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG ABC TRANSPORTERS 44 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG ANTIGEN PROCESSING AND PRESENTATION 89 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG PRIMARY IMMUNODEFICIENCY 35 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID P53下游途径 137 94 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ANTIGEN PROCESSING CROSS PRESENTATION 76 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome ER吞噬体途径 61 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome免疫系统 933 616 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ADAPTIVE IMMUNE SYSTEM 539 350 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ANTIGEN PRESENTATION FOLDING ASSEMBLY AND PEPTIDE LOADING OF CLASS I MHC 21 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CLASS I MHC MEDIATED ANTIGEN PROCESSING PRESENTATION 251 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bertucci髓质与导管乳腺癌 206 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CASTELLANO NRAS TARGETS UP 68 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARKEY RB1 ACUTE LOF UP 215 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲基化调节的米西亚利亚 126 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMUNDSON RESPONSE TO ARSENITE 217 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTORIATI MDM4 TARGETS NEUROEPITHELIUM UP 176 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martoriati MDM4靶向胎儿肝 227 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS UP 769 437 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS UP 1037 673 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN METASTASIS DN 261 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOYAMA SEMA3B TARGETS DN 411 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH EED TARGETS 1062 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG RESPONSE TO IKK INHIBITOR AND TNF UP 223 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DER IFN ALPHA RESPONSE UP 74 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
der ifn beta响应 102 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
彭谷氨酰胺剥夺DN 337 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
der ifn伽马响应 71 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NEMETH INFLAMMATORY RESPONSE LPS UP 88 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Affar YY1目标 214 133 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bennett系统性狼疮红斑 31 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Basso CD40信号向上 101 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
URS ADIPOCYTE DIFFERENTIATION UP 74 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
葡萄病毒感染的Debiasi凋亡 314 201 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线低剂量 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ongusaha TP53目标 38 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG SMARCE1 TARGETS DN 371 218 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE INTERFERON RESPONSIVE GENES 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRASNOSELSKAYA ILF3 TARGETS UP 38 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RHODES UNDIFFERENTIATED CANCER 69 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU CMV ALL UP 120 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染18小时 178 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SESTO RESPONSE TO UV C0 107 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德韦尔老化的肾脏 487 303 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEISS RESPONSE TO DSRNA UP 38 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU CMV 24 HR UP 93 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 12HR UP 111 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KYNG RESPONSE TO H2O2 71 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP 953 554 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Krige对Tosedostat的反应24小时 783 442 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim LRC3B目标 30 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PELLICCIOTTA HDAC IN ANTIGEN PRESENTATION DN 49 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY E2F4 UNSTIMULATED 728 415 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WALLACE PROSTATE CANCER RACE UP 299 167 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿塞维多肝癌 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP 863 514 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌萧述三腔的DN 564 326 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Labbe TGFB1靶向DN 108 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ichiba移植与宿主疾病D7 UP 107 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ichiba移植与宿主疾病35D UP 131 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDSTEDT DENDRITIC CELL MATURATION B 53 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HINATA NFKB TARGETS KERATINOCYTE UP 91 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 36HR UP 221 150 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张TLX目标60小时 293 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS UP 108 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAN SATB1 TARGETS DN 442 275 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER BRAIN HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU VAV3 PROSTATE CARCINOGENESIS UP 89 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JISON SICKLE CELL DISEASE UP 181 106 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAUS TFF2 TARGETS UP 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HIRSCH CELLULAR TRANSFORMATION SIGNATURE UP 242 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1靶向 682 433 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YANG BCL3 TARGETS UP 364 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KUMAR PATHOGEN LOAD BY MACROPHAGES 275 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因