Gene Page:TCEB1
概括?
| 基因 | 6921 |
| 象征 | TCEB1 |
| Synonyms | siii|eloC |
| Description | 转录伸长因子B亚基1 |
| Reference | MIM:600788|HGNC:HGNC:11617|ENSEMBL：ENSG00000154582|HPRD:02875|Vega:OTTHUMG00000164501 |
| Gene type | protein-coding |
| Map location | 8q21.11 |
| Pascal p-value | 0.562 |
| Sherlock p-value | 0.052 |
| Fetal beta | -0.815 |
| DMG | 2 (# studies) |
数据源中的基因
| Gene set name | Method of gene set | Description | Info |
|---|---|---|---|
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| DMG:Jaffe_2016 | Genome-wide DNA methylation analysis | This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. | 2 |
| DMG:Wockner_2014 | Genome-wide DNA methylation analysis | This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). | 2 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
Differentially methylated gene
Differentially methylated gene| Probe | Chromosome | Position | Nearest gene | P (dis) | Beta (dis) | FDR (dis) | Study |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg17470723 | 8 | 74884337 | TCEB1 | 2.707E-4 | -0.259 | 0.038 | DMG:Wockner_2014 |
| cg23434193 | 8 | 74884752 | TCEB1 | 5.19E-11 | -0.032 | 4.16E-7 | DMG:Jaffe_2016 |
Section II. Transcriptome annotation
General gene expression (GTEx)
Gene expression during devlopment (BrainCloud)
脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)
脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.
No co-expressed genes in brain regions
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| 互动者 | Aliases B | Official full name B | Experimental | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ASB8 | FLJ21255 | MGC5540 | PP14212 | Ankyrin重复和SOCS盒子8 | - | HPRD,BioGRID | 12559969 |
| CUL2 | MGC131970 | 卡林2 | Reconstituted Complex | BioGRID | 11384984 |
| CUL5 | VACM-1 | VACM1 | 卡林5 | Reconstituted Complex | BioGRID | 11384984 |
| EIF1B | GC20 | 真核翻译起始因子1b | 亲和力捕获ms | BioGRID | 17353931 |
| EXT2 | sotv | Exostoses（多个）2 | 亲和力捕获ms | BioGRID | 17353931 |
| LRRC41 | MGC126571 | MGC126573 | MUF1 | PP7759 | RP4-636H5.2 | 含亮氨酸富含41 | - | HPRD | 11384984 |
| SOCS1 | CIS1 | CISH1 | JAB | SOCS-1 | SSI-1 | SSI1 | TIP3 | suppressor of cytokine signaling 1 | - | HPRD,BioGRID | 10051596 |
| SOCS3 | ATOD4 | CIS3 | Cish3 | MGC71791 | SOCS-3 | SSI-3 | SSI3 | 抑制细胞因子信号3 | - | HPRD | 10051596 |
| TCEB2 | Elob |siii | transcription elongation factor B (SIII), polypeptide 2 (18kDa, elongin B) | Elonginb与Elonginc互动。 | BIND | 10205047 |
| TCEB2 | Elob |siii | transcription elongation factor B (SIII), polypeptide 2 (18kDa, elongin B) | Reconstituted Complex 两个杂交 |
BioGRID | 7660129|10587522 |11739384|16189514 |
| TCEB3 | FLJ38760 | FLJ42849 | SIII | TCEB3A | transcription elongation factor B (SIII), polypeptide 3 (110kDa, elongin A) | - | HPRD,BioGRID | 7660129|10587522 |
| USP33 | KIAA1097 | MGC16868 | VDU1 | ubiquitin specific peptidase 33 | - | HPRD,BioGRID | 11739384 |
| VHL | HRCA1 |RCA1 |VHL1 | von Hippel-Lindau tumor suppressor | 亲和力捕获ms Co-crystal Structure Reconstituted Complex 两个杂交 |
BioGRID | 8674032|10587522 |11739384|12004076 |17353931 |
| VHL | HRCA1 |RCA1 |VHL1 | von Hippel-Lindau tumor suppressor | - | HPRD | 7660130|10449727 |12004076 |
V.途径注释
| Pathway name | Pathway size | # SZGR 2.0 genes in pathway | Info |
|---|---|---|---|
| KEGG UBIQUITIN MEDIATED PROTEOLYSIS | 138 | 98 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG PATHWAYS IN CANCER | 328 | 259 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG RENAL CELL CARCINOMA | 70 | 60 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID HIF2PATHWAY | 34 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID HIF1A PATHWAY | 19 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME REGULATION OF HYPOXIA INDUCIBLE FACTOR HIF BY OXYGEN | 25 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME OXYGEN DEPENDENT PROLINE HYDROXYLATION OF HYPOXIA INDUCIBLE FACTOR ALPHA | 18 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome RNA Pol II转录 | 105 | 54 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME TRANSCRIPTION | 210 | 127 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RNA Pol II伸长复合物的反应组形成 | 45 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME ELONGATION ARREST AND RECOVERY | 32 | 14 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME RNA POL II PRE TRANSCRIPTION EVENTS | 61 | 32 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME HIV INFECTION | 207 | 122 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome HIV生命周期 | 125 | 69 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome宿主的艾滋病毒因素的相互作用 | 132 | 81 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME LATE PHASE OF HIV LIFE CYCLE | 104 | 61 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME IMMUNE SYSTEM | 933 | 616 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME ADAPTIVE IMMUNE SYSTEM | 539 | 350 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME CLASS I MHC MEDIATED ANTIGEN PROCESSING PRESENTATION | 251 | 156 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME ANTIGEN PROCESSING UBIQUITINATION PROTEASOME DEGRADATION | 212 | 129 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| REACTOME VIF MEDIATED DEGRADATION OF APOBEC3G | 52 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ONKEN UVEAL MELANOMA UP | 783 | 507 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SOTIRIOU BREAST CANCER GRADE 1 VS 3 UP | 151 | 84 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GAZDA钻石黑芬贫血祖先DN | 66 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP | 1382 | 904 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Borczuk恶性间皮瘤 | 305 | 185 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MULLIGHAN NPM1 MUTATED SIGNATURE 1 DN | 126 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MULLIGHAN NPM1 MUTATED SIGNATURE 2 DN | 77 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MULLIGHAN NPM1 SIGNATURE 3 DN | 162 | 116 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LEE NEURAL CREST STEM CELL DN | 118 | 79 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION UP | 1278 | 748 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 多德鼻咽癌DN | 1375 | 806 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED UP | 633 | 376 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LI AMPLIFIED IN LUNG CANCER | 178 | 108 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SCHLOSSER SERUM RESPONSE DN | 712 | 443 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LIANG HEMATOPOIESIS STEM CELL NUMBER LARGE VS TINY DN | 45 | 24 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PUJANA BRCA1 PCC NETWORK | 1652 | 1023 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PUJANA CHEK2 PCC网络 | 779 | 480 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NUYTTEN NIPP1 TARGETS DN | 848 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| WEI MYCN TARGETS WITH E BOX | 795 | 478 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GARCIA TARGETS OF FLI1 AND DAX1 DN | 176 | 104 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| STARK PREFRONTAL CORTEX 22Q11 DELETION DN | 517 | 309 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NIKOLSKY BREAST CANCER 8Q12 Q22 AMPLICON | 132 | 82 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BASSO B LYMPHOCYTE NETWORK | 143 | 96 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PENG LEUCINE DEPRIVATION DN | 187 | 122 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TARTE PLASMA CELL VS PLASMABLAST DN | 309 | 206 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 彭谷氨酰胺剥夺DN | 337 | 230 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FERRANDO T ALL WITH MLL ENL FUSION DN | 87 | 57 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KAAB FAILED HEART ATRIUM DN | 141 | 99 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kayo衰老肌肉DN | 123 | 76 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZHANG PROLIFERATING VS QUIESCENT | 51 | 41 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SESTO RESPONSE TO UV C0 | 107 | 72 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| STEARMAN LUNG CANCER EARLY VS LATE UP | 125 | 89 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTINEZ RB1 TARGETS UP | 673 | 430 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTINEZ TP53 TARGETS UP | 602 | 364 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS UP | 601 | 369 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ACEVEDO LIVER CANCER UP | 973 | 570 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP | 863 | 514 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ALONSO METASTASIS UP | 198 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHANG CORE SERUM RESPONSE UP | 212 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BOYAULT LIVER CANCER SUBCLASS G3 UP | 188 | 121 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KIM ALL DISORDERS OLIGODENDROCYTE NUMBER CORR UP | 756 | 494 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PILON KLF1 TARGETS UP | 504 | 321 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 DN | 918 | 550 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BRUINS UVC RESPONSE LATE | 1137 | 655 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LEE BMP2 TARGETS DN | 882 | 538 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |