Gene Page:TCF4
Summary？
| 基因 | 6925 |
| 象征 | TCF4 |
| Synonyms | e2-2 | fecd3 | itf-2 | itf2 | pths | sef-2 | sef2 | sef2-1 | sef2-1a | sef2-1b | sef2-1d | sef2-1d | tcf-4 | bhlhb19 |
| Description | 转录因子4 |
| Reference | MIM:602272|HGNC:HGNC:11634|Ensembl:ENSG00000196628|HPRD：03780|Vega：Otthumg00000132713 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 18q21.1 |
| pascal p-value | 8.651E-6 |
| 胎儿β | 0.823 |
| 主持人 | Cerebellar Hemisphere |
| Support | CompositeSet Darnell FMRP目标 |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：Gwascat | Genome-wide Association Studies | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
| CV:GWASdb | Genome-wide Association Studies | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
| 简历：PGC128 | Genome-wide Association Study | A multi-stage schizophrenia GWAS of up to 36,989 cases and 113,075 controls. Reported by the Schizophrenia Working Group of PGC. 128 independent associations spanning 108 loci | |
| CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| 表达 | Meta-analysis of gene expression | p价值：2.26 | |
| Literature | High-throughput literature-search | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
简历：PGC128
简历：PGC128| SNP ID | 染色体 | 位置 | Allele | p | 功能 | Gene | 向上/向下距离 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS9636107 | CHR18 | 53200117 | Ag | 9.091E-13 | intronic | TCF4 | |
| rs72934570 | CHR18 | 53533189 | TC | 3.667e-12 | 基因间 | TCF4，LINC01416 | dist=229965;dist=15730 |
| rs78322266 | CHR18 | 53063676 | TG | 1.099E-8 | intronic | TCF4 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
基因表达在devlopment (BrainCloud)
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
No co-expressed genes in brain regions
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| GO:0003700 | transcription factor activity | IDA | 2105528 | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 9824680|10903890|11955446 |16630820 |
|
| GO：0046982 | 蛋白质异二聚化活性 | nas | 2105528 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0045893 | 转录，DNA依赖性的阳性调节 | IDA | 2105528 | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | nucleus | TAS | 1681116 |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| ar | AIS | DHTR | HUMARA | KD | NR3C4 | SBMA | SMAX1 | TFM | 雄激素受体 | - | HPRD,BioGRID | 12799378 |
| ASCL1 | ASH1 | HASH1 | MASH1 | bHLHa46 | Achaete-Scute复合物同源1（果蝇） | - | HPRD,BioGRID | 10903890 |
| ASCL3 | HASH3 | SGN1 | bHLHa42 | achaete-scute complex homolog 3 (Drosophila) | - | HPRD | 11784080 |
| CALM1 | CALML2 | CAMI | DD132 | PHKD | 钙调蛋白1（磷酸化酶激酶，三角洲） | - | HPRD,BioGRID | 10757985 |
| CALM2 | camii |PHKD |PHKD2 | 钙调蛋白2（磷酸化酶激酶，三角洲） | - | HPRD | 10757985 |
| CALM3 | PHKD |pHKD3 | calmodulin 3 (phosphorylase kinase, delta) | - | HPRD | 10757985 |
| CTNNB1 | ctnnb |DKFZP686D02253 |FLJ25606 |FLJ37923 | Catenin（cadherin相关蛋白），β1，88KDA | - | HPRD | 11713476 | 12861022 |
| CTNNB1 | ctnnb |DKFZP686D02253 |FLJ25606 |FLJ37923 | Catenin（cadherin相关蛋白），β1，88KDA | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 共晶结构 重构的复合物 |
Biogrid | 11713475|11713476 |12657632|15331612 |
| HBP1 | FLJ16340 | HMG-box transcription factor 1 | - | HPRD,BioGRID | 11500377 |
| ID1 | ID | bHLHb24 | DNA结合1的抑制剂，显性负螺旋 - 环螺旋蛋白 | Two-hybrid | Biogrid | 9242638|9584154 |
| ID2 | GIG8 | ID2A | ID2H | MGC26389 | bHLHb26 | DNA结合2的抑制剂，显性负螺旋 - 环螺旋蛋白 | - | HPRD,BioGRID | 9242638 |
| ID3 | HEIR-1 | bHLHb25 | DNA结合3的抑制剂，显性负螺旋 - 环螺旋蛋白 | - | HPRD,BioGRID | 8999959 |
| LYL1 | BHLHA18 | lymphoblastic leukemia derived sequence 1 | Two-hybrid | Biogrid | 9242638 |
| MSC | ABF-1 |ABF1 |Myor |BHLHA22 | 肌肉蛋白（活化的B细胞因子1） | Two-hybrid | Biogrid | 9584154 |
| MYOD1 | MYF3 | MYOD | PUM | bHLHc1 | myogenic differentiation 1 | - | HPRD,BioGRID | 8576241|8999959 |
| runx1t1 | AML1T1 | CBFA2T1 | CDR | ETO | MGC2796 | MTG8 | MTG8b | ZMYND2 | 与RUNT相关的转录因子1；易位为1（Cyclin D相关） | ETO与E2-2相互作用。 | 绑定 | 15333839 |
| tal1 | SCL |TCL5 |BHLHA17 |TAL-1 | T-cell acute lymphocytic leukemia 1 | Affinity Capture-MS 重构的复合物 Two-hybrid |
Biogrid | 8576241|9242638 |16407974 |
| TAL2 | BHLHA19 | T-cell acute lymphocytic leukemia 2 | Two-hybrid | Biogrid | 9242638 |
| TCF3 | E2A | ITF1 | MGC129647 | MGC129648 | bHLHb21 | 转录因子3（E2A免疫球蛋白增强子结合因子E12/E47） | - | HPRD | 8999959 |
| TCF4 | E2-2 |itf2 |MGC149723 |MGC149724 |pths |sef2 |sef2-1 |SEF2-1A |sef2-1b |BHLHB19 | 转录因子4 | - | HPRD,BioGRID | 8999959|9668116 |